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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22713 | |||||||||||||||
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タイトル | Subtomogram average of flagellar axoneme doublet from the Tetrahymena thermophila Fap115 knockout mutant | |||||||||||||||
マップデータ | Subtomogram average of flagellar axoneme doublet from the Tetrahymena thermophila mutant Fap115 knockout | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Fabritius AS / Bayless BA / Li S / Stoddard D / Heydeck W / Ebmeier CC / Anderson L / Gunnels T / Nachiappan C / Whitall J ...Fabritius AS / Bayless BA / Li S / Stoddard D / Heydeck W / Ebmeier CC / Anderson L / Gunnels T / Nachiappan C / Whitall J / Old W / Agard DA / Nicastro D / Winey M | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2021 タイトル: Proteomic analysis of microtubule inner proteins (MIPs) in Rib72 null cells reveals functional MIPs. 著者: Amy S Fabritius / Brian A Bayless / Sam Li / Daniel Stoddard / Westley Heydeck / Christopher C Ebmeier / Lauren Anderson / Tess Gunnels / Chidambaram Nachiappan / Justen B Whittall / William ...著者: Amy S Fabritius / Brian A Bayless / Sam Li / Daniel Stoddard / Westley Heydeck / Christopher C Ebmeier / Lauren Anderson / Tess Gunnels / Chidambaram Nachiappan / Justen B Whittall / William Old / David A Agard / Daniela Nicastro / Mark Winey / 要旨: The core structure of motile cilia and flagella, the axoneme, is built from a stable population of doublet microtubules. This unique stability is brought about, at least in part, by a network of ...The core structure of motile cilia and flagella, the axoneme, is built from a stable population of doublet microtubules. This unique stability is brought about, at least in part, by a network of microtubule inner proteins (MIPs) that are bound to the luminal side of the microtubule walls. Rib72A and Rib72B were identified as MIPs in the motile cilia of the protist . Loss of these proteins leads to ciliary defects and loss of additional MIPs. We performed mass spectrometry coupled with proteomic analysis and bioinformatics to identify the MIPs lost in knockout axonemes. We identified a number of candidate MIPs and pursued one, Fap115, for functional characterization. We find that loss of Fap115 results in disrupted cell swimming and aberrant ciliary beating. Cryo-electron tomography reveals that Fap115 localizes to MIP6a in the A-tubule of the doublet microtubules. Overall, our results highlight the complex relationship between MIPs, ciliary structure, and ciliary function. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22713.map.gz | 6.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22713-v30.xml emd-22713.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22713.png | 80.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22713 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22713_validation.pdf.gz | 332.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22713_full_validation.pdf.gz | 332.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22713_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22713_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22713 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of flagellar axoneme doublet from the Tetrahymena thermophila mutant Fap115 knockout | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : flagellum
全体 | 名称: flagellum |
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要素 |
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-超分子 #1: flagellum
超分子 | 名称: flagellum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: flagellar axoneme isolated from Tetrahymena thermophila |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: Fap115 knockout / Organelle: flagellum |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 33000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 2.4) / 使用したサブトモグラム数: 5926 |
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抽出 | トモグラム数: 5926 / 使用した粒子像数: 5926 |
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: TOMOCTF |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 2.4) |