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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22710 | ||||||||||||
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タイトル | BMV VLP assembled on polyA with D5 symmetry | ||||||||||||
マップデータ | BMV VLP assembled on polyA with D5 symmetry | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Brome mosaic virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bond KM / Tsvetkova IB / Wang JC-Y / Jarrold MF / Dragnea B | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Small / 年: 2020 タイトル: Virus Assembly Pathways: Straying Away but Not Too Far. 著者: Kevin Bond / Irina B Tsvetkova / Joseph Che-Yen Wang / Martin F Jarrold / Bogdan Dragnea / 要旨: Non-enveloped RNA viruses pervade all domains of life. In a cell, they co-assemble from viral RNA and capsid proteins. Virus-like particles can form in vitro where virtually any non-cognate ...Non-enveloped RNA viruses pervade all domains of life. In a cell, they co-assemble from viral RNA and capsid proteins. Virus-like particles can form in vitro where virtually any non-cognate polyanionic cargo can be packaged. How only viral RNA gets selected for packaging in vivo, in presence of myriad other polyanionic species, has been a puzzle. Through a combination of charge detection mass spectrometry and cryo-electron microscopy, it is determined that co-assembling brome mosaic virus (BMV) coat proteins and nucleic acid oligomers results in capsid structures and stoichiometries that differ from the icosahedral virion. These previously unknown shell structures are strained and less stable than the native one. However, they contain large native structure fragments that can be recycled to form BMV virions, should a viral genome become available. The existence of such structures suggest the possibility of a previously unknown regulatory pathway for the packaging process inside cells. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22710.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22710-v30.xml emd-22710.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22710.png | 97 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22710 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22710 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22710_validation.pdf.gz | 383.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22710_full_validation.pdf.gz | 383.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22710_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22710 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22710 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22710.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BMV VLP assembled on polyA with D5 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.686 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Brome mosaic virus
全体 | 名称: Brome mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Brome mosaic virus
超分子 | 名称: Brome mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: The purified BMV was disassembled and the RNA precipitated. The capsid protein was then assembled with 52 nt of polyA. NCBI-ID: 12302 / 生物種: Brome mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
分子量 | 実験値: 3.4 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 265.0 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 4.5 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 名称: Ammonium acetate 詳細: 100 mM ammonium acetate that was pH adjusted to 4.5 with acetic acid |
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グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 15 s blotting time, 0 blotting force, and 100% humidity in Mark IV.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |