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- EMDB-22708: BMV VLP assembled on oligoB with D5 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22708
タイトルBMV VLP assembled on oligoB with D5 symmetry
マップデータBMV VLP assembled on oligonucleotides with D5 symmetry
試料
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)
生物種Brome mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Bond KM / Tsvetkova IB / Wang JC-Y / Jarrold MF / Dragnea B
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)W911NF-17-1-0329 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1RO1AI118933 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CBET 1803440 米国
引用ジャーナル: Small / 年: 2020
タイトル: Virus Assembly Pathways: Straying Away but Not Too Far.
著者: Kevin Bond / Irina B Tsvetkova / Joseph Che-Yen Wang / Martin F Jarrold / Bogdan Dragnea /
要旨: Non-enveloped RNA viruses pervade all domains of life. In a cell, they co-assemble from viral RNA and capsid proteins. Virus-like particles can form in vitro where virtually any non-cognate ...Non-enveloped RNA viruses pervade all domains of life. In a cell, they co-assemble from viral RNA and capsid proteins. Virus-like particles can form in vitro where virtually any non-cognate polyanionic cargo can be packaged. How only viral RNA gets selected for packaging in vivo, in presence of myriad other polyanionic species, has been a puzzle. Through a combination of charge detection mass spectrometry and cryo-electron microscopy, it is determined that co-assembling brome mosaic virus (BMV) coat proteins and nucleic acid oligomers results in capsid structures and stoichiometries that differ from the icosahedral virion. These previously unknown shell structures are strained and less stable than the native one. However, they contain large native structure fragments that can be recycled to form BMV virions, should a viral genome become available. The existence of such structures suggest the possibility of a previously unknown regulatory pathway for the packaging process inside cells.
履歴
登録2020年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2020年12月30日-
現状2020年12月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22708.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BMV VLP assembled on oligonucleotides with D5 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.68 Å/pix.
x 256 pix.
= 430.08 Å		1.68 Å/pix.
x 256 pix.
= 430.08 Å		1.68 Å/pix.
x 256 pix.
= 430.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.037047498 - 0.060570963
平均 (標準偏差)0.00030027618 (±0.0030927097)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-127-127-127
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 430.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.681.681.68
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.080430.080430.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-127-127-127
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0370.0610.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Brome mosaic virus

全体名称: Brome mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)

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超分子 #1: Brome mosaic virus

超分子名称: Brome mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The purified BMV was disassembled and the RNA precipitated. The capsid protein was then assembled with 52 nt from a T-like region of the BMV RNA.
NCBI-ID: 12302 / 生物種: Brome mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
分子量実験値: 3.4 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 265.0 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 4.5 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 名称: Ammonium acetate
詳細: 100 mM ammonium acetate that was pH adjusted to 4.5 with acetic acid
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 15 s blotting time, 0 blotting force, and 100% humidity in Mark IV..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial model was built de novo using the SGD algorithm implemented in Relion 3.0.8 with C1 symmetry
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 35621
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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