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万見
- EMDB-22688: cryo-EM map of di-chromatosome containing H1.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22688
タイトルcryo-EM map of di-chromatosome containing H1.4
マップデータcryo-EM map of di-chromatosome containing human linker histone H1.4
試料
  • 複合体: di-chromatosome containing human linker histone H1.4
    • タンパク質・ペプチド: human histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: human histone H4
    • タンパク質・ペプチド: human histone H2A1
    • タンパク質・ペプチド: human histone H2B1J
    • タンパク質・ペプチド: DNA (394-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNA(394-MER)
    • タンパク質・ペプチド: scFv20
    • タンパク質・ペプチド: human histone H1.4
生物種human (ヒト) / Homo sapiens (ヒト) / Mougeotia scalaris (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.73 Å
データ登録者Zhou B-R / Bai Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Distinct Structures and Dynamics of Chromatosomes with Different Human Linker Histone Isoforms.
著者: Bing-Rui Zhou / Hanqiao Feng / Seyit Kale / Tara Fox / Htet Khant / Natalia de Val / Rodolfo Ghirlando / Anna R Panchenko / Yawen Bai /
要旨: The repeating structural unit of metazoan chromatin is the chromatosome, a nucleosome bound to a linker histone, H1. There are 11 human H1 isoforms with diverse cellular functions, but how they ...The repeating structural unit of metazoan chromatin is the chromatosome, a nucleosome bound to a linker histone, H1. There are 11 human H1 isoforms with diverse cellular functions, but how they interact with the nucleosome remains elusive. Here, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of chromatosomes containing 197 bp DNA and three different human H1 isoforms, respectively. The globular domains of all three H1 isoforms bound to the nucleosome dyad. However, the flanking/linker DNAs displayed substantial distinct dynamic conformations. Nuclear magnetic resonance (NMR) and H1 tail-swapping cryo-EM experiments revealed that the C-terminal tails of the H1 isoforms mainly controlled the flanking DNA orientations. We also observed partial ordering of the core histone H2A C-terminal and H3 N-terminal tails in the chromatosomes. Our results provide insights into the structures and dynamics of the chromatosomes and have implications for the structure and function of chromatin.
履歴
登録2020年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月25日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2021年1月20日-
現状2021年1月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22688.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22688.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map of di-chromatosome containing human linker histone H1.4
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.75 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.48836753 - 2.4284444
平均 (標準偏差)-0.00044692206 (±0.05986313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 608.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.754.754.75
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z608.000608.000608.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ180180180
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.4882.428-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : di-chromatosome containing human linker histone H1.4

全体名称: di-chromatosome containing human linker histone H1.4
要素
  • 複合体: di-chromatosome containing human linker histone H1.4
    • タンパク質・ペプチド: human histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: human histone H4
    • タンパク質・ペプチド: human histone H2A1
    • タンパク質・ペプチド: human histone H2B1J
    • タンパク質・ペプチド: DNA (394-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNA(394-MER)
    • タンパク質・ペプチド: scFv20
    • タンパク質・ペプチド: human histone H1.4

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超分子 #1: di-chromatosome containing human linker histone H1.4

超分子名称: di-chromatosome containing human linker histone H1.4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: human (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: human histone H3.1

分子名称: human histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRK Q LATKAARK SA PATGGVK KPH RYRPGT VALR EIRRY QKSTE LLIR KLPFQR LVR EIAQDFK TD LRFQSSAV M ALQEACEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVT I MPKDIQLA RR IRGERA

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分子 #2: human histone H4

分子名称: human histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRH R KVLRDNIQ GI TKPAIRR LAR RGGVKR ISGL IYEET RGVLK VFLE NVIRDA VTY TEHAKRK TV TAMDVVYA L KRQGRTLYG FGG

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分子 #3: human histone H2A1

分子名称: human histone H2A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRS S RAGLQFPV GR VHRLLRK GNY SERVGA GAPV YLAAV LEYLT AEIL ELAGNA ARD NKKTRII PR HLQLAIRN D EELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPK K TESHHKAK GK

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分子 #4: human histone H2B1J

分子名称: human histone H2B1J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAP A PKKGSKKA VT KAQKKDG KKR KRSRKE SYSI YVYKV LKQVH PDTG ISSKAM GIM NSFVNDI FE RIAGEASR L AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAK H AVSEGTKA VT KYTSAK

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分子 #5: DNA (394-MER)

分子名称: DNA (394-MER) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GGGCTGGACC CTATACGCGG CCGCCCTGGA GAATCCCGGT GCCGAGGCCG CTCAATTGGT CGTAGACAGC TCTAGCACCG CTTAAACGCA CGTACGCGCT GTCCCCCGCG TTTTAACCGC CAAGGGGATT ACTCCCTAGT CTCCAGGCAC GTGTCAGATA TATACATCCT ...文字列:
GGGCTGGACC CTATACGCGG CCGCCCTGGA GAATCCCGGT GCCGAGGCCG CTCAATTGGT CGTAGACAGC TCTAGCACCG CTTAAACGCA CGTACGCGCT GTCCCCCGCG TTTTAACCGC CAAGGGGATT ACTCCCTAGT CTCCAGGCAC GTGTCAGATA TATACATCCT GTGCATGTAT TGAACAGCGA CCACAGTACT CTGGACCCTA TACGCGGCCG CCCTGGAGAA TCCCGGTGCC GAGGCCGCTC AATTGGTCGT AGACAGCTCT AGCACCGCTT AAACGCACGT ACGCGCTGTC CCCCGCGTTT TAACCGCCAA GGGGATTACT CCCTAGTCTC CAGGCACGTG TCAGATATAT ACATCCTGTG CATGTATTGA ACAGCGACCA CCCC

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分子 #6: DNA(394-MER)

分子名称: DNA(394-MER) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GGGGTGGTCG CTGTTCAATA CATGCACAGG ATGTATATAT CTGACACGTG CCTGGAGACT AGGGAGTAAT CCCCTTGGCG GTTAAAACGC GGGGGACAGC GCGTACGTGC GTTTAAGCGG TGCTAGAGCT GTCTACGACC AATTGAGCGG CCTCGGCACC GGGATTCTCC ...文字列:
GGGGTGGTCG CTGTTCAATA CATGCACAGG ATGTATATAT CTGACACGTG CCTGGAGACT AGGGAGTAAT CCCCTTGGCG GTTAAAACGC GGGGGACAGC GCGTACGTGC GTTTAAGCGG TGCTAGAGCT GTCTACGACC AATTGAGCGG CCTCGGCACC GGGATTCTCC AGGGCGGCCG CGTATAGGGT CCAGAGTACT GTGGTCGCTG TTCAATACAT GCACAGGATG TATATATCTG ACACGTGCCT GGAGACTAGG GAGTAATCCC CTTGGCGGTT AAAACGCGGG GGACAGCGCG TACGTGCGTT TAAGCGGTGC TAGAGCTGTC TACGACCAAT TGAGCGGCCT CGGCACCGGG ATTCTCCAGG GCGGCCGCGT ATAGGGTCCA GCCC

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分子 #7: scFv20

分子名称: scFv20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mougeotia scalaris (植物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM DIKMTQSPSS MHASLGERVT ITCKASQDIR SYLSWYQQKP WKSPKTLIYY ATSLADGVPS RFSGSGSGQD FSLTINNLES DDTATYYCLQ HGESPYTFGS GTKLEIKRAG GGGSGGGGSG GGGSGGGGSM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM ...文字列:
MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM DIKMTQSPSS MHASLGERVT ITCKASQDIR SYLSWYQQKP WKSPKTLIYY ATSLADGVPS RFSGSGSGQD FSLTINNLES DDTATYYCLQ HGESPYTFGS GTKLEIKRAG GGGSGGGGSG GGGSGGGGSM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKATL TSDKSSSTVY MELSSLTSED SAVYYCARKS SRLRSTLDYW GQGTSVTVSS

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分子 #8: human histone H1.4

分子名称: human histone H1.4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSETAPAAPA APAPAEKTP V KKKARKSA GA AKRKASG PPV SELITK AVAA SKERS GVSLA ALKK ALAAAG YDV EKNNSRI KL GLKSLVSK G TLVQTKGTG ASGSFKLNKK AASGEAKPK A KKAGAAKA KK PAGAAKK PKK ATGAAT PKKS AKKTP ...文字列:
MSETAPAAPA APAPAEKTP V KKKARKSA GA AKRKASG PPV SELITK AVAA SKERS GVSLA ALKK ALAAAG YDV EKNNSRI KL GLKSLVSK G TLVQTKGTG ASGSFKLNKK AASGEAKPK A KKAGAAKA KK PAGAAKK PKK ATGAAT PKKS AKKTP KKAKK PAAA AGAKKA KSP KKAKAAK PK KAPKSPAK A KAVKPKAAK PKTAKPKAAK PKKAAAKKK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 10876
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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