+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22592 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HSV-1 virion, UL25-GFP | ||||||||||||
マップデータ | GFP_UL25 | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
生物種 | Escherichia virus HK97 (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Huet A / Huffman JB / Conway JF / Homa FL | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2020 タイトル: Role of the Herpes Simplex Virus CVSC Proteins at the Capsid Portal Vertex. 著者: Alexis Huet / Jamie B Huffman / James F Conway / Fred L Homa / 要旨: The packaging of DNA into preformed capsids is a critical step during herpesvirus infection. For herpes simplex virus, this process requires the products of seven viral genes: the terminase proteins ...The packaging of DNA into preformed capsids is a critical step during herpesvirus infection. For herpes simplex virus, this process requires the products of seven viral genes: the terminase proteins pUL15, pUL28, and pUL33; the capsid vertex-specific component (CVSC) proteins pUL17 and pUL25; and the portal proteins pUL6 and pUL32. The pUL6 portal dodecamer is anchored at one vertex of the capsid by interactions with the adjacent triplexes as well as helical density attributed to the pUL17 and pUL25 subunits of the CVSC. To define the roles and structures of the CVSC proteins in virus assembly and DNA packaging, we isolated a number of recombinant viruses expressing pUL25, pUL17, and pUL36 fused with green or red fluorescent proteins as well as viruses with specific deletions in the CVSC genes. Biochemical and structural studies of these mutants demonstrated that (i) four of the helices in the CVSC helix bundle can be attributed to two copies each of pUL36 and pUL25, (ii) pUL17 and pUL6 are required for capsid binding of the terminase complex in the nucleus, (iii) pUL17 is important for determining the site of the first cleavage reaction generating replicated genomes with termini derived from the long-arm component of the herpes simplex virus 1 (HSV-1) genome, (iv) pUL36 serves no direct role in cleavage/packaging, (v) cleavage and stable packaging of the viral genome involve an ordered interaction of the terminase complex and pUL25 with pUL17 at the portal vertex, and (vi) packaging of the viral genome results in a dramatic displacement of the portal. Herpes simplex virus 1 (HSV-1) is the causative agent of several pathologies ranging in severity from the common cold sore to life-threatening encephalitic infection. A critical step during productive HSV-1 infection is the cleavage and packaging of replicated, concatemeric viral DNA into preformed capsids. A key knowledge gap is how the capsid engages the replicated viral genome and the subsequent packaging of a unit-length HSV genome. Here, biochemical and structural studies focused on the unique portal vertex of wild-type HSV and packaging mutants provide insights into the mechanism of HSV genome packaging. The significance of our research is in identifying the portal proteins pUL6 and pUL17 as key viral factors for engaging the terminase complex with the capsid and the subsequent cleavage, packaging, and stable incorporation of the viral genome in the HSV-1 capsid. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22592.map.gz | 129 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-22592-v30.xml emd-22592.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22592_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22592.png | 442.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22592 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22592 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22592_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_22592_full_validation.pdf.gz | 77.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22592_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22592 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22592 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 254.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | GFP_UL25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia virus HK97
全体 | 名称: Escherichia virus HK97 (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Escherichia virus HK97
超分子 | 名称: Escherichia virus HK97 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 37554 / 生物種: Escherichia virus HK97 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
Host system | 生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 組換細胞: vero / 組換プラスミド: BAC |
分子量 | 理論値: 145 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1250.0 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: 8 sec blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4574 / 平均露光時間: 1.65 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 78000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |