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- EMDB-22446: Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck (recombinant) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22446
タイトルChlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck (recombinant)
マップデータ
試料
  • 複合体: Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
キーワードCilia / Radial spoke / Mechano-regulation / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


radial spoke head / radial spoke / positive regulation of cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / motile cilium assembly / 酸化還元酵素 / Set1C/COMPASS complex / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process ...radial spoke head / radial spoke / positive regulation of cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / motile cilium assembly / 酸化還元酵素 / Set1C/COMPASS complex / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / motile cilium / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / axoneme / cilium assembly / cytoskeleton / oxidoreductase activity / calmodulin binding / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase 6 / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / Sdc1/DPY30 / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif ...Nucleoside diphosphate kinase 6 / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / Sdc1/DPY30 / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / IQ calmodulin-binding motif / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / IQ motif profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar radial spoke protein 3 / Flagellar radial spoke protein 4 / Flagellar radial spoke protein 6 / Flagellar radial spoke protein 1 / Radial spoke protein 10 / Radial spoke head protein 9 homolog / Flagellar radial spoke protein 5 / Nucleoside diphosphate kinase 6 / Flagellar radial spoke protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Grossman-Haham I / Coudray N
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118106 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the radial spoke head and insights into its role in mechanoregulation of ciliary beating.
著者: Iris Grossman-Haham / Nicolas Coudray / Zanlin Yu / Feng Wang / Nan Zhang / Gira Bhabha / Ronald D Vale /
要旨: Motile cilia power cell locomotion and drive extracellular fluid flow by propagating bending waves from their base to tip. The coordinated bending of cilia requires mechanoregulation by the radial ...Motile cilia power cell locomotion and drive extracellular fluid flow by propagating bending waves from their base to tip. The coordinated bending of cilia requires mechanoregulation by the radial spoke (RS) protein complexes and the microtubule central pair (CP). Despite their importance for ciliary motility across eukaryotes, the molecular function of the RSs is unknown. Here, we reconstituted the Chlamydomonas reinhardtii RS head that abuts the CP and determined its structure using single-particle cryo-EM to 3.1-Å resolution, revealing a flat, negatively charged surface supported by a rigid core of tightly intertwined proteins. Mutations in this core, corresponding to those involved in human ciliopathies, compromised the stability of the recombinant complex, providing a molecular basis for disease. Partially reversing the negative charge on the RS surface impaired motility in C. reinhardtii. We propose that the RS-head architecture is well-suited for mechanoregulation of ciliary beating through physical collisions with the CP.
履歴
登録2020年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7jrj
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22446.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22446.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 540 pix.
= 450.9 Å		0.84 Å/pix.
x 540 pix.
= 450.9 Å		0.84 Å/pix.
x 540 pix.
= 450.9 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.035352327 - 0.0930655
平均 (標準偏差)0.0001230415 (±0.0018453321)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 450.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8350.8350.835
M x/y/z540540540
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z450.900450.900450.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS540540540
D min/max/mean-0.0350.0930.000

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添付データ

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追加マップ: Focused map for the RSP1 protrusion

ファイルemd_22446_additional_1.map
注釈Focused map for the RSP1 protrusion
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map for the RSP3 protrusion

ファイルemd_22446_additional_2.map
注釈Focused map for the RSP3 protrusion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map for the RSP2 protrusion

ファイルemd_22446_additional_3.map
注釈Focused map for the RSP2 protrusion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map for the RSP10 protrusion

ファイルemd_22446_additional_4.map
注釈Focused map for the RSP10 protrusion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map for the radial spoke arm region

ファイルemd_22446_additional_5.map
注釈Focused map for the radial spoke arm region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: composite map

ファイルemd_22446_additional_6.map
注釈composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck

全体名称: Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck
要素
  • 複合体: Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 10
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoside diphosphate kinase 6
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 2
    • タンパク質・ペプチド: unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 9
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 10
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 2

+
超分子 #1: Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck

超分子名称: Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: Radial spoke protein 10

分子名称: Radial spoke protein 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.553943 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MADDELPPQP VWEGPLDEDG KPHGLGKMEY PPPPMGEDDE EEKPGDKFEG TMEHGVRTGK GTYTWGVSGA VYTGDYVNGK KHGKGKMVY PDKGVYEGDW VEDVMQGQGT YTYPNGDIYQ GAFWAGKRHG KGMYHYKGPC CQLVGDWADG GFTYGRWVYA D GSMFMGKF ...文字列:
MADDELPPQP VWEGPLDEDG KPHGLGKMEY PPPPMGEDDE EEKPGDKFEG TMEHGVRTGK GTYTWGVSGA VYTGDYVNGK KHGKGKMVY PDKGVYEGDW VEDVMQGQGT YTYPNGDIYQ GAFWAGKRHG KGMYHYKGPC CQLVGDWADG GFTYGRWVYA D GSMFMGKF GGAAADSKPT AGSYFYSSSS LVQEGHFAKD GSWVGHRDPA VGKEFSVA

UniProtKB: Radial spoke protein 10

+
分子 #2: Flagellar radial spoke protein 1

分子名称: Flagellar radial spoke protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 87.873445 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MALGPFVLPF RGDQYSFGIN FKSSPEEKLN FDLSCVAFDV KGQLHDTLHA RKPTALDGAL VKGFEKQALP EETVQVEGDD VIYMFPKKF ERQVEVLLFV ASAPSIPGKK HDLDSSSKLE FAVSYSDVGG QAFNQSFDLK PLAAQGGVSS IIVAVMYLQA E GGWTLRSV ...文字列:
MALGPFVLPF RGDQYSFGIN FKSSPEEKLN FDLSCVAFDV KGQLHDTLHA RKPTALDGAL VKGFEKQALP EETVQVEGDD VIYMFPKKF ERQVEVLLFV ASAPSIPGKK HDLDSSSKLE FAVSYSDVGG QAFNQSFDLK PLAAQGGVSS IIVAVMYLQA E GGWTLRSV GDCHPFDSPG LIVPELKQTI LNLRDHHGVQ LDAADAIQAI DPAERVPVTR QFQDQSLDEA SAGRAAEPAP VK KLRIDLS WTFWPPPPPT EEGEEPPEEP ALEYNLVMYN KDGEEVQSIS TGNREATGAR AGRPEPEEDE EEEKEEEKEE PEE GEEGEE GEGGEPKEPP PPPPAPKVDP YEFKERDVIY LDVPDLPAEV RSMVLLVTNY DEENGFTRVR TVRCRLVDVS NGEA PLPGS KAAVAAAAAA AEQGLAAPPN PERVLADYGV LSKYEDDKAT TQVALMKLYK EYADSAFNVF RGAGVDNVAA FIGQE PDTI INQLKAYLEA TKKQKAAEAA AAAAAEESGE EITADPKPHV WRFRALGLNF GGDSLEAIEH DLKNLFAFDG DLAPGA ARD SDTSRSSFPN GDTYFGSYAD DVKHGPGLYA FATGAGYAGE YAGGKRHGRG VMVFPDGGTY VGEFVADKFE GQGQYRY PD GSVYTGSWAA GQKHGPGVYW DTARGCLRGE WKKGLLVGKG TYEQPALRFE GEFVRGMPAG TATYTLTGHR TLDMPCFA A QHIQAEEGPT LALPCAYGIP PGSGDEPQLD EEGQPIEDTD KPPLPAHPKY EGLTFTAEQL PGAAPDTVFP PEEGKPVPI TAVPAFSVST GLVA

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 1

+
分子 #3: Nucleoside diphosphate kinase 6

分子名称: Nucleoside diphosphate kinase 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nucleoside-diphosphate kinase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 61.422211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAELEKTFAL IKPDAVRAGK AQEIMQLIEL NGFTIIAKQK LQLTRARAEE FYGEHKGKEF FPKLVNFMTS GPIWALVLAK PGAILAWRA LMGPTNVFKA RAEQPKCLRA LYGTDGTQNA THGSDSPISA AREIKFFFPT LSGDPTIYAE PTAAAEYITK R IQPALAKA ...文字列:
MAELEKTFAL IKPDAVRAGK AQEIMQLIEL NGFTIIAKQK LQLTRARAEE FYGEHKGKEF FPKLVNFMTS GPIWALVLAK PGAILAWRA LMGPTNVFKA RAEQPKCLRA LYGTDGTQNA THGSDSPISA AREIKFFFPT LSGDPTIYAE PTAAAEYITK R IQPALAKA LAALAREKPS ADKFEAITFV AGYLLQNNPN KPKVLMPDEW DPALMGDDED DEADFINARL AAPTGNDGAT KA EFDAMVE AAKADTGGAA PAQEFVYPDS KPTTPVVPAP PAPGSKPPSA SGARPQSARP TSARPPSASA APPAPLAPVP PPA SSSRPA SGSGRPPSAT ARPPSATPPP PPPAVELEEA DDPAQLDEAA TKVQAAFRGY QARKEVAVMR SEAQPGEAAA EPEQ EAELQ PEAEPEPQPE GEQEPQPQAS ASSSFLPDGV TEEMAAEAAT RVQAHMRGHL ARKQVAAIKA QQAAPAVAES SEALA EPEP QPEAEAEPQP QASVSSSFLP DGVTEEMAAE AATLVQAHMR GHLARKQVAA IKAQQAAPAV AESSEAQAEA EQTEAE AEP QPDAEAEAGA AEGEAEPEPE AAE

UniProtKB: Nucleoside diphosphate kinase 6

+
分子 #4: Flagellar radial spoke protein 2

分子名称: Flagellar radial spoke protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 77.445297 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAPTQAGHDT AYLKETVGEA LARGCAAAIS AQPNDPVEYL GLWLLKYVKN AEVEGNFYRE RQQDLQKKKD RLVKEAQSEQ AAKSVALTR KEAADALALV TAEPRELLEA AVKLVKQHTA AGAAYAAVVA EPEEPDWVAP EDDEAAAVET EDEAAGGAAL A EGEEPPPE ...文字列:
MAPTQAGHDT AYLKETVGEA LARGCAAAIS AQPNDPVEYL GLWLLKYVKN AEVEGNFYRE RQQDLQKKKD RLVKEAQSEQ AAKSVALTR KEAADALALV TAEPRELLEA AVKLVKQHTA AGAAYAAVVA EPEEPDWVAP EDDEAAAVET EDEAAGGAAL A EGEEPPPE PEPEPEAAPE DGEGDAPAPK IPRPVDYSKK YFAYVAASAG QEHVLEADLY RPAPPPEDAD EDFKPEPLPY SF RVLDEKL PMLYVPNVAA EERVKFFRKF PKIGSYQACG VALPASGEFK ALLAADTLFP EGSGQPLSAD DRDFVWEVSQ SLS RALEAV QARAAEALAA TSAAEAVEEL KAKVAELREQ AAAEAAAAAP PPPAEGEEGE GEAPPAEEEP PAEEEAEEEE EEAE EGAEE GAEEGEEGEE APPKPKKKKK VFNPIPGLQA AIEKLTAAAE AATEADARAQ AAVALEKQAL DEVVALASSH SDATL SSLR NMLSVPQGTY HVVKALLHLL GRPAASFSTW KRAHSHFSPR LFEDMAAYDA TAERDMAVWG RVRSCYKAAP AAKKLD AEM PNTLFGSVAL MYIKQVRRVA RKAVLQRELA AKLAKAQQDL ADKQAALVEA ERVKAEREAE EARLAAEAEA AAAAEAE AA ARAAAEAEAA AAAEAAAEAA AEAAAAAAEA AAEAGEGEAV AEREAAPAEA EAAPAEGEAA PPAEGEGEAQ PAQEGSNS S SSSSDSSSSE ESKAAAE

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 2

+
分子 #5: unknown protein

分子名称: unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 358.434 Da
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #6: Flagellar radial spoke protein 3

分子名称: Flagellar radial spoke protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.361293 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GAAAEPILEV LVGKVLEQGL MEVLEEEELA AMRAHQEHFE QIRNAELVAT QRMEAAERRK LEEKERRMQQ ERERVERERV VRQKVAASA FARGYLSGIV NTVFDRLVSS GYIYDPVMRE VETAFMPWLK EQAIGYLARG VVARRVVDKL VEDAAAALAA N RSTLADKA ...文字列:
GAAAEPILEV LVGKVLEQGL MEVLEEEELA AMRAHQEHFE QIRNAELVAT QRMEAAERRK LEEKERRMQQ ERERVERERV VRQKVAASA FARGYLSGIV NTVFDRLVSS GYIYDPVMRE VETAFMPWLK EQAIGYLARG VVARRVVDKL VEDAAAALAA N RSTLADKA ASTAATVDAW AERQAKMEAE LQGKELEAVR RRPTFVLREL KPAVASADAV EAAAAELTAQ AEEAANAKWE AD KAEAAEK ARAEAEAAAE EQKALLEELA ATAAAEAEER GEEPPAEPPS LPDGVEPVDV EAEVAKAVEA VPKPPVKEVT DID ILSYMM DKGAITKDAI IQALAVHALG DKAYTNHPAF AEAEGA

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 3

+
分子 #7: Flagellar radial spoke protein 5

分子名称: Flagellar radial spoke protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸化還元酵素
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 55.92818 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSEPGEEPVA APAGPAPDPV LNELYGSERP AVELLPGVPL SPIVNSCWLP ADAKAMLAES WIPVPPEDAG EEAGPPPPAF EAAAPEYNE LVRRLAKTAP FRKWNELTIQ AKQLEQEVAG LKGPDAEAKQ AELENVKVQI ADAEAAVAEV KQSFSDDPLS L TGWMQALT ...文字列:
MSEPGEEPVA APAGPAPDPV LNELYGSERP AVELLPGVPL SPIVNSCWLP ADAKAMLAES WIPVPPEDAG EEAGPPPPAF EAAAPEYNE LVRRLAKTAP FRKWNELTIQ AKQLEQEVAG LKGPDAEAKQ AELENVKVQI ADAEAAVAEV KQSFSDDPLS L TGWMQALT DLADGGMTTF EVSGQGWPYC SLRQLFGEMP SAAPPAGFFD GVERVLGTFK RRYEKERGPG SVQLMLKLAP NV FSDAWST GGAPAAVAAV EAYVERARAN VFGPDGGVTP EGVPEPLDLV QLVWWDFAAA DPLPVLKALQ RMATDQLQVD EDS GEVSVS EPKKIRGIGL VDFPADRLKA AIQAGVPITC VQVEHSVLVR SAQPVLDLCA KYGIKVLARG GTLGGLLSAK YLGA PPPDP VRGDADLDSV PGCLDAVNNV GGWARLQAAL AVIKGIADKH GVKPETVALR WQIDAGCFPL VTTRWSSRVW RQFGY EGWS SFEVSGGRPG VDGPLFQVES FLDVEDVRAL AGLAAVHLGP KAG

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 5

+
分子 #8: Radial spoke protein 9

分子名称: Radial spoke protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 29.572348 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVQLEPNITL VLKHLASCGA VVSAEQQAAL DHSIPIKRIE AGLRSLTLWG RLTTLNGKDY LVAEGYNVAS SKEGAAVYET KYFYSQDGA RWSDLQPVDS ETATRCARIK GMLSGDPAKN YELEEKDPNA PEPSPEAEEE VKPLVFQIPE LAVLRCRVDA I ATATSVIP ...文字列:
MVQLEPNITL VLKHLASCGA VVSAEQQAAL DHSIPIKRIE AGLRSLTLWG RLTTLNGKDY LVAEGYNVAS SKEGAAVYET KYFYSQDGA RWSDLQPVDS ETATRCARIK GMLSGDPAKN YELEEKDPNA PEPSPEAEEE VKPLVFQIPE LAVLRCRVDA I ATATSVIP TDSTILNAAS QVVPNRLFAG AAYPEKLESY QHRFSLPGSG VTLSQDLRGT WAVQYDAFKG VAQVRSLLFP GY FFYYAAN ELTWGSLYVG DGLRNNDLIF ML

UniProtKB: Radial spoke head protein 9 homolog

+
分子 #9: Flagellar radial spoke protein 4

分子名称: Flagellar radial spoke protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.90082 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GMAAVDSVAQ ALAYLQVHSP QDGTSMYDHL VKLVSKVLED QPKNAVDLLE TSLLVKKSTF DPKESSPLVP IPVAPDATQT QAAVSIFGD PELPINPATG EPVPADPPNE FEAENMLGAA AVLDCLGVGL GRELGVNIAL AAKRIGEDPK LAVRSVRFFG K FLGLYSDY ...文字列:
GMAAVDSVAQ ALAYLQVHSP QDGTSMYDHL VKLVSKVLED QPKNAVDLLE TSLLVKKSTF DPKESSPLVP IPVAPDATQT QAAVSIFGD PELPINPATG EPVPADPPNE FEAENMLGAA AVLDCLGVGL GRELGVNIAL AAKRIGEDPK LAVRSVRFFG K FLGLYSDY FVFEVAFKKE AAKEAAPAAP APERVEGEAA SSSAPEVPVE EPGKGANKFT YLVCSSLGGP LTRLPDVTPA QV KASRRIK KLLTGRLTSH VSTYPAFPGN EANYLRALIA RISAATVVAP SDLFSLNDET GELERAEDWE PPAGREMAAP TAW VHVRPH LKSQGRCEVH KRELPEDADE DEFYNEDELE EGPDLLAALE EDAQLPGEQA AWTPIYSSAS EAVKTQAGGL RSLV WPGAV CGGRGSEWTC VYVGWGVKNA PFVPLPPPPV AQEFAWGEVE TQELELKPAP PPPEEEAEAD E

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 4

+
分子 #10: Flagellar radial spoke protein 6

分子名称: Flagellar radial spoke protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 48.884551 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAADVGQALA FLQQVKTTQG ASIYEGLKAA LAKVLEDRPV NAVEALETSV LSTPPAANLS VPLVPAASAA AAAAAVAKAS LFGDPEPVL DPESGEPIDP DAPNEFECED VEGDGDLLDG LGVGLGRQEM YAAMLAVKRL GEDAKRGVST VRFFGKFFGT Q ADYYVFET ...文字列:
MAADVGQALA FLQQVKTTQG ASIYEGLKAA LAKVLEDRPV NAVEALETSV LSTPPAANLS VPLVPAASAA AAAAAVAKAS LFGDPEPVL DPESGEPIDP DAPNEFECED VEGDGDLLDG LGVGLGRQEM YAAMLAVKRL GEDAKRGVST VRFFGKFFGT Q ADYYVFET TLQSNPDMPE APEGTIPLEP YGEGVNAYIY FVSNTLGGPL QQLPYVTPEQ IKASRLLRRY LTGRLDAPVS AF PAFPGNE ANYLRALIAR ISAATVCCPR GFFTADDDSA ELSANDEWVP LKGREMALPV NWSHRYAHLK GQGRTVTHKR DPP DEEEEP EKNFWTAEEM EAGPPPLATL DTDAPLPAAT GDKVPPPAWS PVFASASVTT RNQVAGVRSN RWPGAVCACA GRHF TSMYV GWGIKAGGEW SPCPPPPPVP QWGAPAAGVE GGQQLLLECN DLPPKPAPPE EEDE

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 6

+
分子 #11: Flagellar radial spoke protein 6

分子名称: Flagellar radial spoke protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 528.644 Da
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #12: Flagellar radial spoke protein 10

分子名称: Flagellar radial spoke protein 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 443.539 Da
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #13: Flagellar radial spoke protein 1

分子名称: Flagellar radial spoke protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 7.59235 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #14: Flagellar radial spoke protein 2

分子名称: Flagellar radial spoke protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 5.890252 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 30 mM HEPES, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7572 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 942591
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: A model for radial spoke protein 23 (chain K) was generated in Phyre2. The rest was built de-novo.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 136659
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 100000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7jr9


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7jrj:
Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck (recombinant)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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