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万見
- PDB-7jrj: Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck (recombinant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jrj
タイトルChlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck (recombinant)
要素
  • (Flagellar radial spoke protein ...) x 10
  • (Radial spoke protein ...) x 2
  • Nucleoside diphosphate kinase 6
  • unknown protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cilia / Radial spoke / Mechano-regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


radial spoke head / radial spoke / positive regulation of cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / motile cilium assembly / 酸化還元酵素 / Set1C/COMPASS complex / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process ...radial spoke head / radial spoke / positive regulation of cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / motile cilium assembly / 酸化還元酵素 / Set1C/COMPASS complex / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / motile cilium / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / axoneme / cilium assembly / calmodulin binding / cytoskeleton / oxidoreductase activity / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase 6 / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / Sdc1/DPY30 / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif ...Nucleoside diphosphate kinase 6 / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / Sdc1/DPY30 / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / IQ calmodulin-binding motif / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / IQ motif profile. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar radial spoke protein 3 / Flagellar radial spoke protein 4 / Flagellar radial spoke protein 6 / Flagellar radial spoke protein 1 / Radial spoke protein 10 / Radial spoke head protein 9 homolog / Flagellar radial spoke protein 5 / Nucleoside diphosphate kinase 6 / Flagellar radial spoke protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Grossman-Haham, I. / Coudray, N. / Yu, Z. / Wang, F. / Zhang, N. / Bhabha, G. / Vale, R.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118106 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the radial spoke head and insights into its role in mechanoregulation of ciliary beating.
著者: Iris Grossman-Haham / Nicolas Coudray / Zanlin Yu / Feng Wang / Nan Zhang / Gira Bhabha / Ronald D Vale /
要旨: Motile cilia power cell locomotion and drive extracellular fluid flow by propagating bending waves from their base to tip. The coordinated bending of cilia requires mechanoregulation by the radial ...Motile cilia power cell locomotion and drive extracellular fluid flow by propagating bending waves from their base to tip. The coordinated bending of cilia requires mechanoregulation by the radial spoke (RS) protein complexes and the microtubule central pair (CP). Despite their importance for ciliary motility across eukaryotes, the molecular function of the RSs is unknown. Here, we reconstituted the Chlamydomonas reinhardtii RS head that abuts the CP and determined its structure using single-particle cryo-EM to 3.1-Å resolution, revealing a flat, negatively charged surface supported by a rigid core of tightly intertwined proteins. Mutations in this core, corresponding to those involved in human ciliopathies, compromised the stability of the recombinant complex, providing a molecular basis for disease. Partially reversing the negative charge on the RS surface impaired motility in C. reinhardtii. We propose that the RS-head architecture is well-suited for mechanoregulation of ciliary beating through physical collisions with the CP.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22446
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Radial spoke protein 10
F: Flagellar radial spoke protein 1
K: Nucleoside diphosphate kinase 6
I: Flagellar radial spoke protein 2
J: unknown protein
G: Flagellar radial spoke protein 3
H: Flagellar radial spoke protein 5
A: Radial spoke protein 9
B: Radial spoke protein 9
C: Flagellar radial spoke protein 4
D: Flagellar radial spoke protein 6
L: Flagellar radial spoke protein 6
M: Flagellar radial spoke protein 10
N: Flagellar radial spoke protein 1
O: Flagellar radial spoke protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,32815
ポリマ－518,32815
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Radial spoke protein ... , 2種, 3分子 EAB

#1: タンパク質 Radial spoke protein 10


分子量: 23553.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RSP10, CHLRE_01g005450v5, CHLREDRAFT_185792
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q27YU4
#8: タンパク質 Radial spoke protein 9


分子量: 29572.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RSP9, CHLRE_07g330200v5, CHLREDRAFT_182960
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q27YU5

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Flagellar radial spoke protein ... , 10種, 10分子 FIGHCDLMNO

#2: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 1


分子量: 87873.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RSP1, CHLREDRAFT_196412
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q27YU0
#4: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 2


分子量: 77445.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RSP2, CHLREDRAFT_186281
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6UBQ3
#6: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 3


分子量: 39361.293 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 159-516 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RSP3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12759
#7: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 5


分子量: 55928.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RSP5, CHLREDRAFT_190792
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q27YU7, 酸化還元酵素
#9: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 4


分子量: 49900.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RSP4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q01656
#10: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 6


分子量: 48884.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RSP6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q01657
#11: タンパク質・ペプチド Flagellar radial spoke protein 6


分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#12: タンパク質・ペプチド Flagellar radial spoke protein 10


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#13: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 1


分子量: 7592.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#14: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 2


分子量: 5890.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 KJ

#3: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase 6 / radial spoke protein 23


分子量: 61422.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: RSP23, CHLRE_16g654300v5, CHLREDRAFT_139197
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q69B19, nucleoside-diphosphate kinase
#5: タンパク質・ペプチド unknown protein


分子量: 358.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chlamydomonas reinhardtii radial spoke head and neck
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 30 mM HEPES, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7572
画像スキャン動画フレーム数/画像: 35

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.9粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9cryoSPARC2.9初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
19PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 942591
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136659 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7JR9

7jr9


Accession code: 7JR9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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