[日本語] English
万見
- EMDB-2242: The Cryo-EM structure of Arabis mosaic virus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2242
タイトルThe Cryo-EM structure of Arabis mosaic virus
マップデータ3D cryo-EM map of ArMV
試料
  • 試料: Purified ArMV particle containing its RNA
  • ウイルス: Arabis mosaic virus (ウイルス)
キーワードArabis mosaic virus / Nepovirus / cryo-electron microscopy / image processing / molecular dynamics flexible fitting / nematode transmission
生物種Arabis mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Lai-Kee-Him J / Schellenberger P / Dumas C / Richard E / Trapani S / Komar V / Demangeat G / Ritzenthaler C / Bron P
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013
タイトル: The backbone model of the Arabis mosaic virus reveals new insights into functional domains of Nepovirus capsid.
著者: Joséphine Lai-Kee-Him / Pascale Schellenberger / Christian Dumas / Eric Richard / Stefano Trapani / Véronique Komar / Gerard Demangeat / Christophe Ritzenthaler / Patrick Bron /
要旨: Arabis mosaic virus (ArMV) and Grapevine fanleaf virus (GFLV) are two picorna-like viruses from the genus Nepovirus, consisting in a bipartite RNA genome encapsidated into a 30 nm icosahedral viral ...Arabis mosaic virus (ArMV) and Grapevine fanleaf virus (GFLV) are two picorna-like viruses from the genus Nepovirus, consisting in a bipartite RNA genome encapsidated into a 30 nm icosahedral viral particle formed by 60 copies of a single capsid protein (CP). They are responsible for a severe degeneration of grapevines that occurs in most vineyards worldwide. Although sharing a high level of sequence identity between their CP, ArMV is transmitted exclusively by the ectoparasitic nematode Xiphinema diversicaudatum whereas GFLV is specifically transmitted by the nematode X. index. The structural determinants involved in the transmission specificity of both viruses map solely to their respective CP. Recently, reverse genetic and crystallographic studies on GFLV revealed that a positively charged pocket in the CP B domain located at the virus surface may be responsible for vector specificity. To go further into delineating the coat protein determinants involved in transmission specificity, we determined the 6.5 Å resolution cryo-electron microscopy structure of ArMV and used homology modeling and flexible fitting approaches to build its pseudo-atomic structure. This study allowed us to resolve ArMV CP architecture and delineate connections between ArMV capsid shell and its RNA. Comparison of ArMV and GFLV CPs reveals structural differences in the B domain pocket, thus strengthening the hypothesis of a key role of this region in the viral transmission specificity and identifies new potential functional domains of Nepovirus capsid.
履歴
登録2012年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年1月9日-
マップ公開2013年2月13日-
更新2013年3月27日-
現状2013年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 50.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 50.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2242.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2242.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 82.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D cryo-EM map of ArMV
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.49 Å
密度
表面レベル登録者による: 50.299999999999997 / ムービー #1: 50.3
最小 - 最大0.0 - 100.0
平均 (標準偏差)38.964431759999997 (±7.54202795)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ281281281
Spacing281281281
セルA=B=C: 418.69 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.491.491.49
M x/y/z281281281
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z418.690418.690418.690
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS281281281
D min/max/mean0.000100.00038.964

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Purified ArMV particle containing its RNA

全体名称: Purified ArMV particle containing its RNA
要素
  • 試料: Purified ArMV particle containing its RNA
  • ウイルス: Arabis mosaic virus (ウイルス)

-
超分子 #1000: Purified ArMV particle containing its RNA

超分子名称: Purified ArMV particle containing its RNA / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

-
超分子 #1: Arabis mosaic virus

超分子名称: Arabis mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: ArMV
詳細: The virion is purified from infected plants and contains its RNA
NCBI-ID: 12271 / 生物種: Arabis mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: ArMV
宿主生物種: Chenopodium quinoa (植物) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 300 Å / T番号(三角分割数): 3

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 15 mM sodium phosphate and 5 mM potassium phosphate pH 7.0
グリッド詳細: Quantifoil R 2/2 grids (Quantifoil Micro Tools GmbH, Jena, Germany)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 103.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
手法: blotted for 1s and then flash frozen in liquid ethane

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度平均: 93.15 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2011年9月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 400 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 46980 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

-
画像解析

詳細Image processing was performed using AUTO3DEM package
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: BOXER, CTFFIND3, CTFMIX, AUTO3DEM
使用した粒子像数: 7009

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る