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万見
- EMDB-22339: The cryo-EM map of Aureococcus anophagefferens Virus (AaV) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22339
タイトルThe cryo-EM map of Aureococcus anophagefferens Virus (AaV)
マップデータMap of the capsid of Aureococcus anophagefferens Virus
試料
  • ウイルス: Aureococcus anophagefferens virus (ファージ)
生物種Aureococcus anophagefferens virus (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Gann ER / Xian Y / Abraham PE / Hettich RL / Reynolds TB / Xiao C / Wilhelm SW
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural and Proteomic Studies of the Virus Demonstrate a Global Distribution of Virus-Encoded Carbohydrate Processing.
著者: Eric R Gann / Yuejiao Xian / Paul E Abraham / Robert L Hettich / Todd B Reynolds / Chuan Xiao / Steven W Wilhelm /
要旨: Viruses modulate the function(s) of environmentally relevant microbial populations, yet considerations of the metabolic capabilities of individual virus particles themselves are rare. We used shotgun ...Viruses modulate the function(s) of environmentally relevant microbial populations, yet considerations of the metabolic capabilities of individual virus particles themselves are rare. We used shotgun proteomics to quantitatively identify 43 virus-encoded proteins packaged within purified Virus (AaV) particles, normalizing data to the per-virion level using a 9.5-Å-resolution molecular reconstruction of the 1900-Å (AaV) particle that we generated with cryogenic electron microscopy. This packaged proteome was used to determine similarities and differences between members of different giant virus families. We noted that proteins involved in sugar degradation and binding (e.g., carbohydrate lyases) were unique to AaV among characterized giant viruses. To determine the extent to which this virally encoded metabolic capability was ecologically relevant, we examined the TARA Oceans dataset and identified genes and transcripts of viral origin. Our analyses demonstrated that putative giant virus carbohydrate lyases represented up to 17% of the marine pool for this function. In total, our observations suggest that the AaV particle has potential prepackaged metabolic capabilities and that these may be found in other giant viruses that are widespread and abundant in global oceans.
履歴
登録2020年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2020年10月21日-
現状2020年10月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0168
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0168
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  • 表面レベル: 0.0168
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22339.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the capsid of Aureococcus anophagefferens Virus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.68 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0168 / ムービー #1: 0.0168
最小 - 最大-0.0059061274 - 0.03415135
平均 (標準偏差)0.00027662326 (±0.002022592)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ102410241024
Spacing102410241024
セルA=B=C: 2744.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.682.682.68
M x/y/z102410241024
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2744.3202744.3202744.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ304304304
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS102410241024
D min/max/mean-0.0060.0340.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Aureococcus anophagefferens virus

全体名称: Aureococcus anophagefferens virus (ファージ)
要素
  • ウイルス: Aureococcus anophagefferens virus (ファージ)

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超分子 #1: Aureococcus anophagefferens virus

超分子名称: Aureococcus anophagefferens virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1474867 / 生物種: Aureococcus anophagefferens virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aureococcus anophagefferens (真核生物)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1900.0 Å / T番号(三角分割数): 169

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris base, 250 mM sodium chloride, 5 mM magnesium chloride
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 6.842 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.493 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 570
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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