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- EMDB-22187: Cryo-EM structure of octadecameric TF55 (beta-only) complex from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22187
タイトルCryo-EM structure of octadecameric TF55 (beta-only) complex from S. solfataricus bound to ATP
マップデータTF55 (beta-only) complex from S. solfataricus bound to ATP
試料
  • 複合体: ATP-bound Octadecameric TF55 beta-subunit chaperonin
    • タンパク質・ペプチド: Thermosome subunit beta
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードChaperonin / Complex / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Thermosome, archaeal / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily ...Thermosome, archaeal / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Thermosome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Zeng YC / Sobti M
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1159347 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1146403 オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the Sulfolobus solfataricus TF55β chaperonin by cryo-electron microscopy.
著者: Yi Cheng Zeng / Meghna Sobti / Alastair G Stewart /
要旨: Chaperonins are biomolecular complexes that assist in protein folding. Thermophilic factor 55 (TF55) is a group II chaperonin found in the archaeal genus Sulfolobus that has α, β and γ subunits. ...Chaperonins are biomolecular complexes that assist in protein folding. Thermophilic factor 55 (TF55) is a group II chaperonin found in the archaeal genus Sulfolobus that has α, β and γ subunits. Using cryo-electron microscopy, structures of the β-only complex of S. solfataricus TF55 (TF55β) were determined to 3.6-4.2 Å resolution. The structures of the TF55β complexes formed in the presence of ADP or ATP highlighted an open state in which nucleotide exchange can occur before progressing in the refolding cycle.
履歴
登録2020年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xhj
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6xhj
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22187.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22187.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TF55 (beta-only) complex from S. solfataricus bound to ATP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 440 pix.
= 431.2 Å		0.98 Å/pix.
x 440 pix.
= 431.2 Å		0.98 Å/pix.
x 440 pix.
= 431.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-3.8209743 - 6.6888137
平均 (標準偏差)-0.0005225963 (±0.1427733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 431.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.980.980.98
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z431.200431.200431.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-3.8216.689-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ATP-bound Octadecameric TF55 beta-subunit chaperonin

全体名称: ATP-bound Octadecameric TF55 beta-subunit chaperonin
要素
  • 複合体: ATP-bound Octadecameric TF55 beta-subunit chaperonin
    • タンパク質・ペプチド: Thermosome subunit beta
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: ATP-bound Octadecameric TF55 beta-subunit chaperonin

超分子名称: ATP-bound Octadecameric TF55 beta-subunit chaperonin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
分子量理論値: 1.08 MDa

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分子 #1: Thermosome subunit beta

分子名称: Thermosome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
分子量理論値: 60.035891 KDa
配列文字列: MATATVATTP EGIPVIILKE GSSRTYGKEA LRANIAAVKA IEEALKSTYG PRGMDKMLVD SLGDITITND GATILDKMDL QHPTGKLLV QIAKGQDEET ADGTKTAVIL AGELAKKAED LLYKEIHPTI IVSGYKKAEE IALKTIQEIA QPVTINDTDV L RKVALTSL ...文字列:
MATATVATTP EGIPVIILKE GSSRTYGKEA LRANIAAVKA IEEALKSTYG PRGMDKMLVD SLGDITITND GATILDKMDL QHPTGKLLV QIAKGQDEET ADGTKTAVIL AGELAKKAED LLYKEIHPTI IVSGYKKAEE IALKTIQEIA QPVTINDTDV L RKVALTSL GSKAVAGARE YLADLVVKAV AQVAELRGDK WYVDLDNVQI VKKHGGSVND TQLVYGIVVD KEVVHPGMPK RI ENAKIAL LDASLEVEKP ELDAEIRIND PTQMHKFLEE EENILKEKVD KIAATGANVV ICQKGIDEVA QHYLAKKGIL AVR RAKKSD LEKLARATGG RVISNIDELT SQDLGYAALV EERKVGEDKM VFVEGAKNPK SVSILIRGGL ERVVDETERA LRDA LGTVA DVIRDGRAVA GGGAVEIEIA KRLRKYAPQV GGKEQLAIEA YANAIEGLIM ILAENAGLDP IDKLMQLRSL HENET NKWY GLNLFTGNPE DMWKLGVIEP ALVKMNAVKA ATEAVTLVLR IDDIVAAGKK SGSEPSGKKE KDKEEKSSED

UniProtKB: Thermosome subunit beta

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris.HCl
2.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
1.0 mMEDTA
100.0 mMSodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3.5 uL drop with 5 s blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1641 / 平均露光時間: 61.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 213286
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Stochastic Gradient Descent (ab initio reconstruction in cryoSPARC)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D9 (2回x9回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.0) / 使用した粒子像数: 53777
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4xcd


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6xhj:
Cryo-EM structure of octadecameric TF55 (beta-only) complex from S. solfataricus bound to ATP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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