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- EMDB-2210: The cryo-EM structure of a 3D DNA-origami object -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2210
タイトルThe cryo-EM structure of a 3D DNA-origami object
マップデータA 3D-origami object
試料
  • 試料: A pointer-shaped 3D DNA-origami object, for convenience termed "pointer"
  • DNA: M13 phage genome
  • DNA: synthetic DNA segments
キーワードDNA-templated design / Synthetic biology / 3D DNA origami
生物種Enterobacteria phage M13 (ファージ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å
データ登録者Bai XC / Martin TG / Scheres SHW / Dietz H
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Cryo-EM structure of a 3D DNA-origami object.
著者: Xiao-Chen Bai / Thomas G Martin / Sjors H W Scheres / Hendrik Dietz /
要旨: A key goal for nanotechnology is to design synthetic objects that may ultimately achieve functionalities known today only from natural macromolecular complexes. Molecular self-assembly with DNA has ...A key goal for nanotechnology is to design synthetic objects that may ultimately achieve functionalities known today only from natural macromolecular complexes. Molecular self-assembly with DNA has shown potential for creating user-defined 3D scaffolds, but the level of attainable positional accuracy has been unclear. Here we report the cryo-EM structure and a full pseudoatomic model of a discrete DNA object that is almost twice the size of a prokaryotic ribosome. The structure provides a variety of stable, previously undescribed DNA topologies for future use in nanotechnology and experimental evidence that discrete 3D DNA scaffolds allow the positioning of user-defined structural motifs with an accuracy that is similar to that observed in natural macromolecules. Thereby, our results indicate an attractive route to fabricate nanoscale devices that achieve complex functionalities by DNA-templated design steered by structural feedback.
履歴
登録2012年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月24日-
マップ公開2012年11月28日-
更新2012年12月12日-
現状2012年12月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v5x
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 19 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A 3D-origami object
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.55 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.31412318 - 0.50923872
平均 (標準偏差)0.00337955 (±0.03246282)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ172172172
Spacing172172172
セルA=B=C: 610.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.553.553.55
M x/y/z172172172
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z610.600610.600610.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS172172172
D min/max/mean-0.3140.5090.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : A pointer-shaped 3D DNA-origami object, for convenience termed "p...

全体名称: A pointer-shaped 3D DNA-origami object, for convenience termed "pointer"
要素
  • 試料: A pointer-shaped 3D DNA-origami object, for convenience termed "pointer"
  • DNA: M13 phage genome
  • DNA: synthetic DNA segments

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超分子 #1000: A pointer-shaped 3D DNA-origami object, for convenience termed "p...

超分子名称: A pointer-shaped 3D DNA-origami object, for convenience termed "pointer"
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: A highly pure and monodisperse sample was obtained in a one-pot overnight reaction, followed by molecular weight cut-off filtration (with 100kDa filters)
集合状態: monomer / Number unique components: 164
分子量実験値: 4.8 MDa / 理論値: 4.8 MDa / 手法: Calculation

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分子 #1: M13 phage genome

分子名称: M13 phage genome / タイプ: dna / ID: 1 / Name.synonym: Scaffold strand / 詳細: isolated M13 phage genome / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage M13 (ファージ) / 別称: M13 phage
分子量実験値: 2.4 MDa / 理論値: 2.4 MDa
配列文字列: TGATAGACGG TTTTTCGCCC TTTGACGTTG GAGTCCACGT TCTTTAATAG TGGACTCTTG TTCCAAACTG GAACAACACT CAACCCTATC TCGGGCTATT CTTTTGATTT ATAAGGGATT TTGCCGATTT CGGAACCACC ATCAAACAGG ATTTTCGCCT GCTGGGGCAA ...文字列:
TGATAGACGG TTTTTCGCCC TTTGACGTTG GAGTCCACGT TCTTTAATAG TGGACTCTTG TTCCAAACTG GAACAACACT CAACCCTATC TCGGGCTATT CTTTTGATTT ATAAGGGATT TTGCCGATTT CGGAACCACC ATCAAACAGG ATTTTCGCCT GCTGGGGCAA ACCAGCGTGG ACCGCTTGCT GCAACTCTCT CAGGGCCAGG CGGTGAAGGG CAATCAGCTG TTGCCCGTCT CACTGGTGAA AAGAAAAACC ACCCTGGCGC CCAATACGCA AACCGCCTCT CCCCGCGCGT TGGCCGATTC ATTAATGCAG CTGGCACGAC AGGTTTCCCG ACTGGAAAGC GGGCAGTGAG CGCAACGCAA TTAATGTGAG TTAGCTCACT CATTAGGCAC CCCAGGCTTT ACACTTTATG CTTCCGGCTC GTATGTTGTG TGGAATTGTG AGCGGATAAC AATTTCACAC AGGAAACAGC TATGACCATG ATTACGAATT CGAGCTCGGT ACCCGGGGAT CCTCTAGAGT CGACCTGCAG GCATGCAAGC TTGGCACTGG CCGTCGTTTT ACAACGTCGT GACTGGGAAA ACCCTGGCGT TACCCAACTT AATCGCCTTG CAGCACATCC CCCTTTCGCC AGCTGGCGTA ATAGCGAAGA GGCCCGCACC GATCGCCCTT CCCAACAGTT GCGCAGCCTG AATGGCGAAT GGCGCTTTGC CTGGTTTCCG GCACCAGAAG CGGTGCCGGA AAGCTGGCTG GAGTGCGATC TTCCTGAGGC CGATACTGTC GTCGTCCCCT CAAACTGGCA GATGCACGGT TACGATGCGC CCATCTACAC CAACGTGACC TATCCCATTA CGGTCAATCC GCCGTTTGTT CCCACGGAGA ATCCGACGGG TTGTTACTCG CTCACATTTA ATGTTGATGA AAGCTGGCTA CAGGAAGGCC AGACGCGAAT TATTTTTGAT GGCGTTCCTA TTGGTTAAAA AATGAGCTGA TTTAACAAAA ATTTAATGCG AATTTTAACA AAATATTAAC GTTTACAATT TAAATATTTG CTTATACAAT CTTCCTGTTT TTGGGGCTTT TCTGATTATC AACCGGGGTA CATATGATTG ACATGCTAGT TTTACGATTA CCGTTCATCG ATTCTCTTGT TTGCTCCAGA CTCTCAGGCA ATGACCTGAT AGCCTTTGTA GATCTCTCAA AAATAGCTAC CCTCTCCGGC ATTAATTTAT CAGCTAGAAC GGTTGAATAT CATATTGATG GTGATTTGAC TGTCTCCGGC CTTTCTCACC CTTTTGAATC TTTACCTACA CATTACTCAG GCATTGCATT TAAAATATAT GAGGGTTCTA AAAATTTTTA TCCTTGCGTT GAAATAAAGG CTTCTCCCGC AAAAGTATTA CAGGGTCATA ATGTTTTTGG TACAACCGAT TTAGCTTTAT GCTCTGAGGC TTTATTGCTT AATTTTGCTA ATTCTTTGCC TTGCCTGTAT GATTTATTGG ATGTTAATGC TACTACTATT AGTAGAATTG ATGCCACCTT TTCAGCTCGC GCCCCAAATG AAAATATAGC TAAACAGGTT ATTGACCATT TGCGAAATGT ATCTAATGGT CAAACTAAAT CTACTCGTTC GCAGAATTGG GAATCAACTG TTATATGGAA TGAAACTTCC AGACACCGTA CTTTAGTTGC ATATTTAAAA CATGTTGAGC TACAGCATTA TATTCAGCAA TTAAGCTCTA AGCCATCCGC AAAAATGACC TCTTATCAAA AGGAGCAATT AAAGGTACTC TCTAATCCTG ACCTGTTGGA GTTTGCTTCC GGTCTGGTTC GCTTTGAAGC TCGAATTAAA ACGCGATATT TGAAGTCTTT CGGGCTTCCT CTTAATCTTT TTGATGCAAT CCGCTTTGCT TCTGACTATA ATAGTCAGGG TAAAGACCTG ATTTTTGATT TATGGTCATT CTCGTTTTCT GAACTGTTTA AAGCATTTGA GGGGGATTCA ATGAATATTT ATGACGATTC CGCAGTATTG GACGCTATCC AGTCTAAACA TTTTACTATT ACCCCCTCTG GCAAAACTTC TTTTGCAAAA GCCTCTCGCT ATTTTGGTTT TTATCGTCGT CTGGTAAACG AGGGTTATGA TAGTGTTGCT CTTACTATGC CTCGTAATTC CTTTTGGCGT TATGTATCTG CATTAGTTGA ATGTGGTATT CCTAAATCTC AACTGATGAA TCTTTCTACC TGTAATAATG TTGTTCCGTT AGTTCGTTTT ATTAACGTAG ATTTTTCTTC CCAACGTCCT GACTGGTATA ATGAGCCAGT TCTTAAAATC GCATAAGGTA ATTCACAATG ATTAAAGTTG AAATTAAACC ATCTCAAGCC CAATTTACTA CTCGTTCTGG TGTTTCTCGT CAGGGCAAGC CTTATTCACT GAATGAGCAG CTTTGTTACG TTGATTTGGG TAATGAATAT CCGGTTCTTG TCAAGATTAC TCTTGATGAA GGTCAGCCAG CCTATGCGCC TGGTCTGTAC ACCGTTCATC TGTCCTCTTT CAAAGTTGGT CAGTTCGGTT CCCTTATGAT TGACCGTCTG CGCCTCGTTC CGGCTAAGTA ACATGGAGCA GGTCGCGGAT TTCGACACAA TTTATCAGGC GATGATACAA ATCTCCGTTG TACTTTGTTT CGCGCTTGGT ATAATCGCTG GGGGTCAAAG ATGAGTGTTT TAGTGTATTC TTTTGCCTCT TTCGTTTTAG GTTGGTGCCT TCGTAGTGGC ATTACGTATT TTACCCGTTT AATGGAAACT TCCTCATGAA AAAGTCTTTA GTCCTCAAAG CCTCTGTAGC CGTTGCTACC CTCGTTCCGA TGCTGTCTTT CGCTGCTGAG GGTGACGATC CCGCAAAAGC GGCCTTTAAC TCCCTGCAAG CCTCAGCGAC CGAATATATC GGTTATGCGT GGGCGATGGT TGTTGTCATT GTCGGCGCAA CTATCGGTAT CAAGCTGTTT AAGAAATTCA CCTCGAAAGC AAGCTGATAA ACCGATACAA TTAAAGGCTC CTTTTGGAGC CTTTTTTTTG GAGATTTTCA ACGTGAAAAA ATTATTATTC GCAATTCCTT TAGTTGTTCC TTTCTATTCT CACTCCGCTG AAACTGTTGA AAGTTGTTTA GCAAAATCCC ATACAGAAAA TTCATTTACT AACGTCTGGA AAGACGACAA AACTTTAGAT CGTTACGCTA ACTATGAGGG CTGTCTGTGG AATGCTACAG GCGTTGTAGT TTGTACTGGT GACGAAACTC AGTGTTACGG TACATGGGTT CCTATTGGGC TTGCTATCCC TGAAAATGAG GGTGGTGGCT CTGAGGGTGG CGGTTCTGAG GGTGGCGGTT CTGAGGGTGG CGGTACTAAA CCTCCTGAGT ACGGTGATAC ACCTATTCCG GGCTATACTT ATATCAACCC TCTCGACGGC ACTTATCCGC CTGGTACTGA GCAAAACCCC GCTAATCCTA ATCCTTCTCT TGAGGAGTCT CAGCCTCTTA ATACTTTCAT GTTTCAGAAT AATAGGTTCC GAAATAGGCA GGGGGCATTA ACTGTTTATA CGGGCACTGT TACTCAAGGC ACTGACCCCG TTAAAACTTA TTACCAGTAC ACTCCTGTAT CATCAAAAGC CATGTATGAC GCTTACTGGA ACGGTAAATT CAGAGACTGC GCTTTCCATT CTGGCTTTAA TGAGGATTTA TTTGTTTGTG AATATCAAGG CCAATCGTCT GACCTGCCTC AACCTCCTGT CAATGCTGGC GGCGGCTCTG GTGGTGGTTC TGGTGGCGGC TCTGAGGGTG GTGGCTCTGA GGGTGGCGGT TCTGAGGGTG GCGGCTCTGA GGGAGGCGGT TCCGGTGGTG GCTCTGGTTC CGGTGATTTT GATTATGAAA AGATGGCAAA CGCTAATAAG GGGGCTATGA CCGAAAATGC CGATGAAAAC GCGCTACAGT CTGACGCTAA AGGCAAACTT GATTCTGTCG CTACTGATTA CGGTGCTGCT ATCGATGGTT TCATTGGTGA CGTTTCCGGC CTTGCTAATG GTAATGGTGC TACTGGTGAT TTTGCTGGCT CTAATTCCCA AATGGCTCAA GTCGGTGACG GTGATAATTC ACCTTTAATG AATAATTTCC GTCAATATTT ACCTTCCCTC CCTCAATCGG TTGAATGTCG CCCTTTTGTC TTTGGCGCTG GTAAACCATA TGAATTTTCT ATTGATTGTG ACAAAATAAA CTTATTCCGT GGTGTCTTTG CGTTTCTTTT ATATGTTGCC ACCTTTATGT ATGTATTTTC TACGTTTGCT AACATACTGC GTAATAAGGA GTCTTAATCA TGCCAGTTCT TTTGGGTATT CCGTTATTAT TGCGTTTCCT CGGTTTCCTT CTGGTAACTT TGTTCGGCTA TCTGCTTACT TTTCTTAAAA AGGGCTTCGG TAAGATAGCT ATTGCTATTT CATTGTTTCT TGCTCTTATT ATTGGGCTTA ACTCAATTCT TGTGGGTTAT CTCTCTGATA TTAGCGCTCA ATTACCCTCT GACTTTGTTC AGGGTGTTCA GTTAATTCTC CCGTCTAATG CGCTTCCCTG TTTTTATGTT ATTCTCTCTG TAAAGGCTGC TATTTTCATT TTTGACGTTA AACAAAAAAT CGTTTCTTAT TTGGATTGGG ATAAATAATA TGGCTGTTTA TTTTGTAACT GGCAAATTAG GCTCTGGAAA GACGCTCGTT AGCGTTGGTA AGATTCAGGA TAAAATTGTA GCTGGGTGCA AAATAGCAAC TAATCTTGAT TTAAGGCTTC AAAACCTCCC GCAAGTCGGG AGGTTCGCTA AAACGCCTCG CGTTCTTAGA ATACCGGATA AGCCTTCTAT ATCTGATTTG CTTGCTATTG GGCGCGGTAA TGATTCCTAC GATGAAAATA AAAACGGCTT GCTTGTTCTC GATGAGTGCG GTACTTGGTT TAATACCCGT TCTTGGAATG ATAAGGAAAG ACAGCCGATT ATTGATTGGT TTCTACATGC TCGTAAATTA GGATGGGATA TTATTTTTCT TGTTCAGGAC TTATCTATTG TTGATAAACA GGCGCGTTCT GCATTAGCTG AACATGTTGT TTATTGTCGT CGTCTGGACA GAATTACTTT ACCTTTTGTC GGTACTTTAT ATTCTCTTAT TACTGGCTCG AAAATGCCTC TGCCTAAATT ACATGTTGGC GTTGTTAAAT ATGGCGATTC TCAATTAAGC CCTACTGTTG AGCGTTGGCT TTATACTGGT AAGAATTTGT ATAACGCATA TGATACTAAA CAGGCTTTTT CTAGTAATTA TGATTCCGGT GTTTATTCTT ATTTAACGCC TTATTTATCA CACGGTCGGT ATTTCAAACC ATTAAATTTA GGTCAGAAGA TGAAATTAAC TAAAATATAT TTGAAAAAGT TTTCTCGCGT TCTTTGTCTT GCGATTGGAT TTGCATCAGC ATTTACATAT AGTTATATAA CCCAACCTAA GCCGGAGGTT AAAAAGGTAG TCTCTCAGAC CTATGATTTT GATAAATTCA CTATTGACTC TTCTCAGCGT CTTAATCTAA GCTATCGCTA TGTTTTCAAG GATTCTAAGG GAAAATTAAT TAATAGCGAC GATTTACAGA AGCAAGGTTA TTCACTCACA TATATTGATT TATGTACTGT TTCCATTAAA AAAGGTAATT CAAATGAAAT TGTTAAATGT AATTAATTTT GTTTTCTTGA TGTTTGTTTC ATCATCTTCT TTTGCTCAGG TAATTGAAAT GAATAATTCG CCTCTGCGCG ATTTTGTAAC TTGGTATTCA AAGCAATCAG GCGAATCCGT TATTGTTTCT CCCGATGTAA AAGGTACTGT TACTGTATAT TCATCTGACG TTAAACCTGA AAATCTACGC AATTTCTTTA TTTCTGTTTT ACGTGCAAAT AATTTTGATA TGGTAGGTTC TAACCCTTCC ATTATTCAGA AGTATAATCC AAACAATCAG GATTATATTG ATGAATTGCC ATCATCTGAT AATCAGGAAT ATGATGATAA TTCCGCTCCT TCTGGTGGTT TCTTTGTTCC GCAAAATGAT AATGTTACTC AAACTTTTAA AATTAATAAC GTTCGGGCAA AGGATTTAAT ACGAGTTGTC GAATTGTTTG TAAAGTCTAA TACTTCTAAA TCCTCAAATG TATTATCTAT TGACGGCTCT AATCTATTAG TTGTTAGTGC TCCTAAAGAT ATTTTAGATA ACCTTCCTCA ATTCCTTTCA ACTGTTGATT TGCCAACTGA CCAGATATTG ATTGAGGGTT TGATATTTGA GGTTCAGCAA GGTGATGCTT TAGATTTTTC ATTTGCTGCT GGCTCTCAGC GTGGCACTGT TGCAGGCGGT GTTAATACTG ACCGCCTCAC CTCTGTTTTA TCTTCTGCTG GTGGTTCGTT CGGTATTTTT AATGGCGATG TTTTAGGGCT ATCAGTTCGC GCATTAAAGA CTAATAGCCA TTCAAAAATA TTGTCTGTGC CACGTATTCT TACGCTTTCA GGTCAGAAGG GTTCTATCTC TGTTGGCCAG AATGTCCCTT TTATTACTGG TCGTGTGACT GGTGAATCTG CCAATGTAAA TAATCCATTT CAGACGATTG AGCGTCAAAA TGTAGGTATT TCCATGAGCG TTTTTCCTGT TGCAATGGCT GGCGGTAATA TTGTTCTGGA TATTACCAGC AAGGCCGATA GTTTGAGTTC TTCTACTCAG GCAAGTGATG TTATTACTAA TCAAAGAAGT ATTGCTACAA CGGTTAATTT GCGTGATGGA CAGACTCTTT TACTCGGTGG CCTCACTGAT TATAAAAACA CTTCTCAGGA TTCTGGCGTA CCGTTCCTGT CTAAAATCCC TTTAATCGGC CTCCTGTTTA GCTCCCGCTC TGATTCTAAC GAGGAAAGCA CGTTATACGT GCTCGTCAAA GCAACCATAG TACGCGCCCT GTAGCGGCGC ATTAAGCGCG GCGGGTGTGG TGGTTACGCG CAGCGTGACC GCTACACTTG CCAGCGCCCT AGCGCCCGCT CCTTTCGCTT TCTTCCCTTC CTTTCTCGCC ACGTTCGCCG GCTTTCCCCG TCAAGCTCTA AATCGGGGGC TCCCTTTAGG GTTCCGATTT AGTGCTTTAC GGCACCTCGA CCCCAAAAAA CTTGATTTGG GTGATGGTTC ACGTAGTGGG CCATCGCCC

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分子 #2: synthetic DNA segments

分子名称: synthetic DNA segments / タイプ: dna / ID: 2 / Name.synonym: staple strands
詳細: 163 smaller DNA segments with the following sequences: CAAAGGGCGGGTGCCTCGCTCACTGCTTAATGTTGCATGCGGTCACGTTG ATTGTTGTTCCGGCCAACCAGGGTGGTGCCAAGCGACAGGAAGCCGGA ...詳細: 163 smaller DNA segments with the following sequences: CAAAGGGCGGGTGCCTCGCTCACTGCTTAATGTTGCATGCGGTCACGTTG ATTGTTGTTCCGGCCAACCAGGGTGGTGCCAAGCGACAGGAAGCCGGA TTTTTTTTTTGGGTGAGACGGGCGAGTTTTTTTTTTAAAGGGTCGTGCCGAGGATCCCCGGGTTTTT AGCGAAATCGCCTGGCCCTTGCCCCAGAGTAAAATAACATCACTT AAAATCAGCCCCCGGCAGGCGAAAATCCTGACGCTGGTTGAGAGAGGG GGGCCGTAAAGCACTAAATTTTTTTTTTTCGGAACCGGAAAGCCGGCGATTTTT TTTTTAGCGGTCCTTTTTTTTTTTTTGATGGTGGTTCAATAGCCCTTGGGC TTTTTACGTGGCAACAGCTGAGAAGTTTTCCTTTTTTTTTTCAGTCACGACGTTGT GCGCGCGGGGACGTGCTTCGCCGCTACAGCTTTCAATAGGAATTGCGG AGGCGGTTTTTTTTTTTTTGCGTAGAGTTTTTTTTTTATAGGGTTGAGTAAAGAACTT AACCTAAGGGTTTTTTTTTTAAGAAAGCGAAAGGTCACGCTAGCTCTTTTTTTTTTGAATTCGTAAT GCGTTGAATGAGTGTAAAGTGTAATTGTTAAGGAAGATGATAATCATG AACCCGCCGCGCCCGCTTTAATGAATCAGTTTGGCCTTATAAATCAAA TTTAACTCGCGTCTTTTTTTTTTTGAAATGGATCACCATCAACTGTTTTTTTTTTATAGCAAACAT CAAAACGTTAAAACTAGCTTGAGAGATCTGGAGCTCATTGAATCCCCCTCGAATCG ACTCTAAGCTGCATTCCAGTCGCGTGAACCGTCTATCAGGGCGATGTTTTTTTTTTGCCCACTAGGA TTTTTTACCGGCGCGTAAACAACCCGAAATTTTTTAAAAATTCTGAGT CAGTGTAGCGGAGCGGGCGCTAGGGCGAAAAACCAACAAGAGTCCACT ATTTTATCCTCGTTCGTGCATCTGGTGTAGCACCAGCACTCAGAGCAA TTTTTAACCAGAGGAATTTTTTTTTTAAACGCTCCATCACCTCATTAG GAGTAGAAGGTTGGGTAACGCCTTTTTTTTTTAGGGTGTTTTTATCCA TCTTTGATTAGTAAGAGTCTGTGGGCGATCCCAGGCAACAATAACCCA GCTGGCAGCTTTCGCGCGAGCAACACCGCTCCTGATTTAGAACCTGA ATTACGAATCAGTGCAGAATCCTGATTGCCTTCACCAGGTCGAGGTATCACCCAAATCAAGTTTTTT TTTTTGCAACGCTAGTTTGACATATCTTTTTTTTTTTGGTCAGTTGGCACCG GCGATTAATAGCTCAACTGGAAGTCTTTTGATCTATTATACCATCCTAGTCCTG GCTGGTAATATCCGAATTGAGCCAATTCTAGGTCAGGAAAAAGATGC ATCGGCCGGCGGATTCAGTATTGGCAAAGAGATGATGATTAACAATAA GACTTCTGGTCGGTACGCAGGCCACCATTTAGAGCTTGACGGCTAAAG CCAGTTCTGAGAGCTGTTTAGCATTGCATCATTAGAGAAA GCCGAAAGGGTACGGTGTCATGTTTTGCGGATGGCTTAGAGCTT AAGGTGCGGGGTTGATTCGAAGGTTACTTTAGGAGCACTAACGTTTTA TTAGGAGGCCCAAATTAACCGTTTTTTTTTTTTGCAGCCATTTTTTT AATGTGATGGGATACTGCAGGTACGGCCAGTTTTTCTTCTTCACCGGC CAACATAATAAAGCGAAGATAATTGCACGTGATGATGGCATCGGAAGT GCCAGGGCGCCGGAAGCAAGCTAACTTTTTTTTTTTCACATTAAGTGTTTTTTTTTTGACTCCAACGT TTTTTTCAATCGTTGTACCAACCTAATTTTTTTTTTAACATCGCCATTAAGATTTTCGAGCGG GTTGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAAAGCCTGTTTTAACCAT TATAAGCAAAAGGGGAAGCCTTTTTTTAATATTTCAATCATATGCGGG ACAAAATAATATACGAGCGTACTATGGTTTTTTTTTTTTGCTTTTGACGCTTTTT CCATCACCAAAAACTCCGCTCACAATTCCACACTTTTTTT GGCCAACAGATACGTGGTAATGCCGGGGAAGAAGG CGATTAGTCTTTAATTTTTTTTTTTGCGCGAATATGATAACGGAACTGACGAGAAACACCAGTCAATA CTATTTATGTCAATCCCTTCTGAAACAAGAGAATCGATCCTGAG ATAAATCACAGACACCACATTCAACTAATGAT TTTTTGGTCATTGGAATTTTTTTTTTCGGTAATCGTAATATTTTGTGCAATGCTT AGTCTACAAAAAGAACTGTTGTGAATTACCTTATAGAAATTTTT TTTTTGAATGGCTACCAGTAAATTGGCAGATTCACCATTTTTTTTTTGTCACA TAGAACAATTACATAACAAACAATCATAATAGTACCGACAAAA GATGAGAAAGGTAAATTGAAATCTACAAAAGAAGAGCAACACTATCAT TATGTGAGTGAAGTTACAAGCCAACGATTTAACATAAATTGTAA AATTATTTTTTTTTTAAATTCGCATTTCGGATTCACAGGCAATAGCATTAGG AATTTAATCAGCTCATTAAATGTTTAATAAATATAAAGGAAT TTTTTTAAATCATTCCTTTTTTTTTTGTGGGAACAAACTCAGGAAAATAGTAGTGAAAA GGTACCCTGAAAGAGGTCTAAACCAATTATTTTTTTTTTAATCAAGAT AATGGTAGCGCCATATCGTAACAGAATCAGCACGTATAAG ATAGACTTCAACCAGACCACCGCGCCTCCGGTATCTAACGAGCGTCT GCAACATGAGGCGGTGACCGTAAGCGAGTACCACCA GCAGCAGATTATCAAAAACAGATAGGCAGATTATACAAGACCTAAACTATATGTATCAATAG CAAATATTTTTTTTTTTTTCAAACCCTCAATCATGCTGAACACCAGAAGAGGTTTAAAT GAAAGAGAACAATGTTGGGAACCATCACGGATTAAAGTTGCAGCATTTTT ATTTTTTTTTTTTTAAATATGCTTTTTTTTTTAACTAAAGGGATTTTTTTTTTTGTGCTGCAAG TTGCTCTTCATTCCCATTTGGGCGGCACCGCGACGACAGTAAAACGCG TCAATAGATAATAAAGGCTTACAATAGCAGCGAATAAACAGCTTGATAATAAGTA TTTGAGTCGAGCTTCAAAGCGAAATATCGCCTGAGGCTACTAAAGAAG AACTTTTTTTTTTAATTCGACAACTTTTAAAACATCGC ATCAAAGCGGTATATTTTATATAACACCTCTTCGCTATCGGCCTTGCCT AACTTTGAGGTGCAGGGATTTCTTAATAATTTTTAAAGTCAGATTTAT TTTTTAAAATCAGGTCTTTGGCATCATTTTTTTTTTATTCTACTGATTTTTTTTTTTCGCACTCCA CCCGAAACATTTCGGTAGATTTGCGCAACTATTACCGCTAGCAATACT CGAACGTTATTAATCGTATTATAAACAACTGAATTTTGTCGTCTTTCCAGACG GTTTTTTTTTTTTTGAGTAACATTTACCTTTTGAGGCG TTATTCGGAAACAGTTAGATTAAGACGCTGTTATATAATTTAATGGGG AAGGGTGTTTGGATATAGATAAATTTACGAGCATGTTTTTTTTTTTAGAAACCAATCAACGGGTAT CATATCCAAAAGAAATTAGCAACGCAAGGAGTTAAATCTAAATT AGATCATTTTTTTCCATTACGCATAACGACAATGTAGAAAGGAG ACATTTTTTTTTTTCGGGAGAAACTCATTACCGTAATCTTGACAAGAACTGACCTTGTACAG CTTGAGATGGTTTAAATTACCTTATTTCAAAATTAAGCTA TTTTTACGAGACAAAATTCCTCATATTTTTTTTTTTATTTTA AAAACGAGTAGCCGGAGAGTTCTAGCGAAAAGCCTAAAAGGGACATTCT TATGACCCTGAAATCGGTCTGGCCTTACCTACATTTGACGAGAGCGGGAGCTATTTTT TAACCTTCCCTTAGAATCCTTGCCAATCGCATATTTTAAGTACC AATCGTCCGGATATAATAACGGACTGACCAGACGGTCAGTTACT CAATTTTTTTTTTATCAACGTAACAAAGCTGCTCATTCAGTA CTTTAAACTTTTTTTTTTAGTTCGCGATTTTGGCTATCATTTTT ACGCCAACCTGAAAGCGTAAGAAGATAGAACATATGTACCCCGGTTTG TTTTTAGGTAGAAAGATTCATCAGTACCAGACGACGATTTTTTTTTTTAAAAAC CAAAATAGCGAGAGGCTTTTGCGTTAATAATAGGAATAATA TCGACTGGATAGCGTCCATTTTTTTTTTATACTGCGAAATG TACGAGGCCAGATACAAGGACGTTGAGAGGGTTAAAGATTCAAATATTAGCTCATTGCTGGC AGTAAGTTTTGCCAGAGGGGGTAATAGTAATACCAGTCTA AACCCTCGTTTTGAGATTAACGAACTATTCAACCCAGTCAAATTATTT 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分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 2.4 MDa / 理論値: 2.4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度48 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 10 mM TRIS-HCl, 20 mM MgCl2, 5 mM NaCl, 1 mM EDTA
グリッド詳細: glow-discharged holey carbon grids with an ultrathin carbon film on top (Agar Scientific, catalog no. S187-4)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 39,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2012年4月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 283 / 平均電子線量: 10 e/Å2
詳細: Every image is the average of sixteen frames recorded by the direct electron detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39436 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.41 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.82 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were manually selected. CTF parameters were estimated using CTFFIND3. An initial model was obtained by DNA origami structure prediction software, and the refinement was performed using the 3D auto-refine option in RELION.
CTF補正詳細: each image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION
詳細: RELION (= FREALIGN = XMIPP = 3DEM-convention). The final map is a composite map, which consists of maps filtered at different resolutions ranging from 14A at the periphery to 9A at the core ...詳細: RELION (= FREALIGN = XMIPP = 3DEM-convention). The final map is a composite map, which consists of maps filtered at different resolutions ranging from 14A at the periphery to 9A at the core of the object. See publication for more details.
使用した粒子像数: 28502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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