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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22096 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of Full-length Influenza Hemagglutinin (A/Vietnam/1203/2004) in complex with 1C4 Fab Fragment | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
![]() | Qiu Y / Zhou Y | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Broad neutralization of H1 and H3 viruses by adjuvanted influenza HA stem vaccines in nonhuman primates. 著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai ...著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai / Anthony Moody / Kevin O Saunders / Michelle C Crank / John R Mascola / Barney S Graham / Chih-Jen Wei / Gary J Nabel / ![]() 要旨: Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most ...Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most of the seasonal epidemics observed in humans and are the major drivers of influenza A virus-associated mortality. The consequences of pandemic spread of COVID-19 underscore the public health importance of prospective vaccine development. Here, we show that headless hemagglutinin (HA) stabilized-stem immunogens presented on ferritin nanoparticles elicit broadly neutralizing antibody (bnAb) responses to diverse H1 and H3 viruses in nonhuman primates (NHPs) when delivered with a squalene-based oil-in-water emulsion adjuvant, AF03. The neutralization potency and breadth of antibodies isolated from NHPs were comparable to human bnAbs and extended to mismatched heterosubtypic influenza viruses. Although NHPs lack the immunoglobulin germline VH1-69 residues associated with the most prevalent human stem-directed bnAbs, other gene families compensated to generate bnAbs. Isolation and structural analyses of vaccine-induced bnAbs revealed extensive interaction with the fusion peptide on the HA stem, which is essential for viral entry. Antibodies elicited by these headless HA stabilized-stem vaccines neutralized diverse H1 and H3 influenza viruses and shared a mode of recognition analogous to human bnAbs, suggesting that these vaccines have the potential to confer broadly protective immunity against diverse viruses responsible for seasonal and pandemic influenza infections in humans. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 25.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 57.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 300.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 300.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.75 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Influenza hemagglutinin A/Vietnam/1203/2004 in complex with 1C4 Fab
全体 | 名称: Influenza hemagglutinin A/Vietnam/1203/2004 in complex with 1C4 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Influenza hemagglutinin A/Vietnam/1203/2004 in complex with 1C4 Fab
超分子 | 名称: Influenza hemagglutinin A/Vietnam/1203/2004 in complex with 1C4 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 336 KDa |
-超分子 #2: Hemagglutinin
超分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: 1C4 Fab
超分子 | 名称: 1C4 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Influenza Hemagglutinin (A/Vietnam/1203/2004)
分子 | 名称: Influenza Hemagglutinin (A/Vietnam/1203/2004) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MEKIVLLFAI VSLVKSDQIC IGYHANNSTE QVDTIMEKNV TVTHAQDILE KKHNGKLCDL DGVKPLILRD CSVAGWLLGN PMCDEFINVP EWSYIVEKAN PVNDLCYPGD FNDYEELKHL LSRINHFEKI QIIPKSSWSS HEASLGVSSA CPYQGKSSFF RNVVWLIKKN ...文字列: MEKIVLLFAI VSLVKSDQIC IGYHANNSTE QVDTIMEKNV TVTHAQDILE KKHNGKLCDL DGVKPLILRD CSVAGWLLGN PMCDEFINVP EWSYIVEKAN PVNDLCYPGD FNDYEELKHL LSRINHFEKI QIIPKSSWSS HEASLGVSSA CPYQGKSSFF RNVVWLIKKN STYPTIKRSY NNTNQEDLLV LWGIHHPNDA AEQTKLYQNP TTYISVGTST LNQRLVPRIA TRSKVNGQSG RMEFFWTILK PNDAINFESN GNFIAPEYAY KIVKKGDSTI MKSELEYGNC NTKCQTPMGA INSSMPFHNI HPLTIGECPK YVKSNRLVLA TGLRNSPQRE RRRKKRGLFG AIAGFIEGGW QGMVDGWYGY HHSNEQGSGY AADKESTQKA IDGVTNKVNS IIDKMNTQFE AVGREFNNLE RRIENLNKKM EDGFLDVWTY NAELLVLMEN ERTLDFHDSN VKNLYDKVRL QLRDNAKELG NGCFEFYHKC DNECMESVRN GTYDYPQYSE EARLKREEIS GVKLESIGIY QILSIYSTVA SSLALAIMVA GLSLWMCSNG SLQCRICI |
-分子 #2: Cyno antibody light chain
分子 | 名称: Cyno antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLQGGVPS RFSGSGSGSD FTLTISSLQS EDFATYYCQ QYSGRPPTFG QGTKVEIKRA VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLQGGVPS RFSGSGSGSD FTLTISSLQS EDFATYYCQ QYSGRPPTFG QGTKVEIKRA VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS KDNTYSLSST LTLSSTDYQS HNVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #3: Cyno antibody heavy chain
分子 | 名称: Cyno antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGTFS AYYWGWIRQP PGKGLEWIGS ISGGSGSTDY SPSLKSRATI SRDTSKNQFS LKLTSVTAA DTAVYYCVRK YWGDYYANWF DVWGPGVLVT VSSASTKGPS VFPLAPCSRS TSESTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGSL ...文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGTFS AYYWGWIRQP PGKGLEWIGS ISGGSGSTDY SPSLKSRATI SRDTSKNQFS LKLTSVTAA DTAVYYCVRK YWGDYYANWF DVWGPGVLVT VSSASTKGPS VFPLAPCSRS TSESTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGSL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYVCNVN HKPSNTKVDK RVEIKTCGGG SKPPT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 506644 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |