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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2208 | |||||||||
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タイトル | Negative stained electron microscopy reconstruction of the viral polymerase of influenza A virus ribonucleoprotein isolated from virions. Conformation 2. | |||||||||
マップデータ | Influeza virus polymerase. Conformation 2. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Influenza / RNA polymerase / ribonucleoprotein / nucleoprotein / nucleocapsid / RNA | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Arranz R / Coloma R / Chichon FJ / Conesa JJ / Carrascosa JL / Valpuesta JM / Ortin J / Martin-Benito J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: The structure of native influenza virion ribonucleoproteins. 著者: Rocío Arranz / Rocío Coloma / Francisco Javier Chichón / José Javier Conesa / José L Carrascosa / José M Valpuesta / Juan Ortín / Jaime Martín-Benito / 要旨: The influenza viruses cause annual epidemics of respiratory disease and occasional pandemics, which constitute a major public-health issue. The segmented negative-stranded RNAs are associated with ...The influenza viruses cause annual epidemics of respiratory disease and occasional pandemics, which constitute a major public-health issue. The segmented negative-stranded RNAs are associated with the polymerase complex and nucleoprotein (NP), forming ribonucleoproteins (RNPs), which are responsible for virus transcription and replication. We describe the structure of native RNPs derived from virions. They show a double-helical conformation in which two NP strands of opposite polarity are associated with each other along the helix. Both strands are connected by a short loop at one end of the particle and interact with the polymerase complex at the other end. This structure will be relevant for unraveling the mechanisms of nuclear import of parental virus RNPs, their transcription and replication, and the encapsidation of progeny RNPs into virions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2208.map.gz | 951.2 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2208-v30.xml emd-2208.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 2208_image_EM2208.tif | 201.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2208 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2208 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2208_validation.pdf.gz | 228.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2208_full_validation.pdf.gz | 227.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2208_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2208 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2208 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2208.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Influeza virus polymerase. Conformation 2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1...
全体 | 名称: Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1). Polymerase end. Conformation 2. |
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要素 |
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-超分子 #1000: Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1...
超分子 | 名称: Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1). Polymerase end. Conformation 2. タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5 |
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-分子 #1: PB1
分子 | 名称: PB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PB1 / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/WSN/33 (H1N1) |
分子量 | 実験値: 86 KDa / 理論値: 86 KDa |
-分子 #2: PA
分子 | 名称: PA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PA / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/WSN/33 (H1N1) |
分子量 | 実験値: 83 KDa / 理論値: 83 KDa |
-分子 #3: PB2
分子 | 名称: PB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: PB2 / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/WSN/33 (H1N1) |
分子量 | 実験値: 86 KDa / 理論値: 86 KDa |
-分子 #4: nucleoprotein
分子 | 名称: nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: nucleoprotein / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/WSN/33 (H1N1) |
分子量 | 理論値: 56 KDa |
-分子 #5: RNA
分子 | 名称: RNA / タイプ: rna / ID: 5 / Name.synonym: RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 50mM Tris-HCl,100mM KCl,5mM MgCl2,0.5% Igepal,150mM imidazole |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Samples were applied to one side of a carbon coated Cu/Rh grid and stained on 2% w/v uranyl acetate for 90 seconds. |
グリッド | 詳細: Freshly carbon coated, glow discharged for 15 seconds. |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2011年5月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1024 / 詳細: downsampling factor 2. / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 65000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each plate |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 使用した粒子像数: 8938 |