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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22055 | |||||||||
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タイトル | Negative stain EM map of SUDV GPdMuc in complex with EB46 Fab | |||||||||
マップデータ | Negative stain EM map of SUDV GPdMuc in complex with EB 46 Fab | |||||||||
試料 | SUDV GPdMuc in complex with EB46 Fab != SUDV GPdMuc Trimer SUDV GPdMuc in complex with EB46 Fab
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生物種 | Sudan ebolavirus (エボラウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Turner HL / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2021 タイトル: Prominent Neutralizing Antibody Response Targeting the Glycoprotein Subunit Interface Elicited by Immunization. 著者: Yimeng Wang / Katie A Howell / Jennifer Brannan / Krystle N Agans / Hannah L Turner / Ariel S Wirchnianski / Shweta Kailasan / Marnie Fusco / Andrey Galkin / Chi-I Chiang / Xuelian Zhao / ...著者: Yimeng Wang / Katie A Howell / Jennifer Brannan / Krystle N Agans / Hannah L Turner / Ariel S Wirchnianski / Shweta Kailasan / Marnie Fusco / Andrey Galkin / Chi-I Chiang / Xuelian Zhao / Erica Ollmann Saphire / Kartik Chandran / Andrew B Ward / John M Dye / M Javad Aman / Thomas W Geisbert / Yuxing Li / 要旨: The severe death toll caused by the recent outbreak of Ebola virus disease reinforces the importance of developing ebolavirus prevention and treatment strategies. Here, we have explored the ...The severe death toll caused by the recent outbreak of Ebola virus disease reinforces the importance of developing ebolavirus prevention and treatment strategies. Here, we have explored the immunogenicity of a novel immunization regimen priming with vesicular stomatitis virus particles bearing Sudan Ebola virus (SUDV) glycoprotein (GP) that consists of GP1 & GP2 subunits and boosting with soluble SUDV GP in macaques, which developed robust neutralizing antibody (nAb) responses following immunizations. Moreover, EB46, a protective nAb isolated from one of the immune macaques, is found to target the GP1/GP2 interface, with GP-binding mode and neutralization mechanism similar to a number of ebolavirus nAbs from human and mouse, indicating that the ebolavirus GP1/GP2 interface is a common immunological target in different species. Importantly, selected immune macaque polyclonal sera showed nAb specificity similar to EB46 at substantial titers, suggesting that the GP1/GP2 interface region is a viable target for ebolavirus vaccine. The elicitation of sustained neutralizing antibody (nAb) responses against diverse ebolavirus strains remains as a high priority for the vaccine field. The most clinically advanced rVSV-ZEBOV vaccine could elicit moderate nAb responses against only one ebolavirus strain, EBOV, among the five ebolavirus strains, which last less than 6 months. Boost immunization strategies are desirable to effectively recall the rVSV vector-primed nAb responses to prevent infections in prospective epidemics, while an in-depth understanding of the specificity of immunization-elicited nAb responses is essential for improving vaccine performance. Here, using non-human primate animal model, we demonstrated that booster immunization with a stabilized trimeric soluble form of recombinant glycoprotein derived from the ebolavirus Sudan strain following the priming rVSV vector immunization led to robust nAb responses that substantially map to the subunit interface of ebolavirus glycoprotein, a common B cell repertoire target of multiple species including primates and rodents. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22055.map.gz | 4.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22055-v30.xml emd-22055.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22055.png | 72.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22055 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22055_validation.pdf.gz | 296.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22055_full_validation.pdf.gz | 296 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22055_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22055 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain EM map of SUDV GPdMuc in complex with EB 46 Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SUDV GPdMuc in complex with EB46 Fab
全体 | 名称: SUDV GPdMuc in complex with EB46 Fab |
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要素 |
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-超分子 #2: SUDV GPdMuc Trimer
超分子 | 名称: SUDV GPdMuc Trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Sudan ebolavirus (エボラウイルス) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-超分子 #3: EB46 Antibody
超分子 | 名称: EB46 Antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #1: SUDV GPdMuc in complex with EB46 Fab
超分子 | 名称: SUDV GPdMuc in complex with EB46 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate |
グリッド | 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 20764 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |