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- EMDB-22040: Asterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound to co-purify... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22040
タイトルAsterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound to co-purifying tRNA
マップデータAsterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound to co-purifying tRNA
試料
  • 複合体: Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound to co-purifying tRNA
    • 複合体: Gametocyte-specific factor 1
      • タンパク質・ペプチド: Gametocyte-specific factor 1
    • 細胞: tRNA (heterogeneous population)
      • RNA: tRNA
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Ipsaro JJ / Joshua-Tor L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM097888 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Asterix/Gtsf1 links tRNAs and piRNA silencing of retrotransposons.
著者: Jonathan J Ipsaro / Paul A O'Brien / Shibani Bhattacharya / Arthur G Palmer / Leemor Joshua-Tor /
要旨: The Piwi-interacting RNA (piRNA) pathway safeguards genomic integrity by silencing transposable elements (transposons) in the germline. While Piwi is the central piRNA factor, others including ...The Piwi-interacting RNA (piRNA) pathway safeguards genomic integrity by silencing transposable elements (transposons) in the germline. While Piwi is the central piRNA factor, others including Asterix/Gtsf1 have also been demonstrated to be critical for effective silencing. Here, using enhanced crosslinking and immunoprecipitation (eCLIP) with a custom informatic pipeline, we show that Asterix/Gtsf1 specifically binds tRNAs in cellular contexts. We determined the structure of mouse Gtsf1 by NMR spectroscopy and identified the RNA-binding interface on the protein's first zinc finger, which was corroborated by biochemical analysis as well as cryo-EM structures of Gtsf1 in complex with co-purifying tRNA. Consistent with the known dependence of long terminal repeat (LTR) retrotransposons on tRNA primers, we demonstrate that LTR retrotransposons are, in fact, preferentially de-repressed in Asterix mutants. Together, these findings link Asterix/Gtsf1, tRNAs, and LTR retrotransposon silencing and suggest that Asterix exploits tRNA dependence to identify transposon transcripts and promote piRNA silencing.
履歴
登録2020年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22040.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22040.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound to co-purifying tRNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.63 Å/pix.
x 300 pix.
= 187.86 Å		0.63 Å/pix.
x 300 pix.
= 187.86 Å		0.63 Å/pix.
x 300 pix.
= 187.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6262 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大0.017668411 - 1.5232673
平均 (標準偏差)0.04056054 (±0.08181212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 187.86 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.62620.62620.6262
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z187.860187.860187.860
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean0.0181.5230.041

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound t...

全体名称: Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound to co-purifying tRNA
要素
  • 複合体: Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound to co-purifying tRNA
    • 複合体: Gametocyte-specific factor 1
      • タンパク質・ペプチド: Gametocyte-specific factor 1
    • 細胞: tRNA (heterogeneous population)
      • RNA: tRNA

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超分子 #1: Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound t...

超分子名称: Complex of Asterix/Gtsf1 from mouse (full-length protein) bound to co-purifying tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Co-purifying RNA in this sample was derived from the expression host (Sf9) and represents a heterogenous population. For more details on the identities of these nucleic acids, please see the original publication.
分子量理論値: 45 KDa

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超分子 #2: Gametocyte-specific factor 1

超分子名称: Gametocyte-specific factor 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: tRNA (heterogeneous population)

超分子名称: tRNA (heterogeneous population) / タイプ: cell / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Gametocyte-specific factor 1

分子名称: Gametocyte-specific factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEDTYIDSLD PEKLLQCPYD KNHQIRACRF PYHLIKCRKN HPDVANKLAT CPFNARHQVP RAEISHHISS CDDKSCIEQD VVNQTRNLGQ ETLAESTWQC PPCDEDWDKD LWEQTSTPFV WGTASFCGNN SPANNIVMEH KSNLASGMRV PKSLPYVLPW KNNGNAQENL ...文字列:
MEDTYIDSLD PEKLLQCPYD KNHQIRACRF PYHLIKCRKN HPDVANKLAT CPFNARHQVP RAEISHHISS CDDKSCIEQD VVNQTRNLGQ ETLAESTWQC PPCDEDWDKD LWEQTSTPFV WGTASFCGNN SPANNIVMEH KSNLASGMRV PKSLPYVLPW KNNGNAQENL YFQGASAWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEK

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分子 #2: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 2
詳細: The sequence above represents the most abundant RNA as assessed by next-generation sequencing. This sequence made up approximately 15% of the sequencing library, with additional sequences ...詳細: The sequence above represents the most abundant RNA as assessed by next-generation sequencing. This sequence made up approximately 15% of the sequencing library, with additional sequences only 1 nucleotide different making up approximately 10% more of the library.
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織: ovary
配列文字列:
TCTTCGGTAG TATAGTGGTC AGTATCCCCG CCTGTCACGC GGGAGACCGG GGTTCGATTC CCCGCCGGAG AGCCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
100.0 mMKClpotassium chloride
5.0 mMC10H18N2O3d-desthiobiotin
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 4.0 kPa
詳細: Grids were purchased from Electron Microscopy Sciences. Lacey carbon film, 300 mesh.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotted for 2.5 seconds before plunging..
詳細Monodisperse complex with an apparent stoichometry of 1:1 protein:RNA based on gel filtration.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4849 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 76.4 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 215000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 495299
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.6)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
詳細: The resolution estimate by FSC is likely higher than the actual model. Visual inspection of the map suggests a resolution closer to 15-20 Angstroms.
使用した粒子像数: 346643
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0-beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0-beta)
最終 3次元分類クラス数: 17 / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0-beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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