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- EMDB-21998: EM structure of human tumor suppressor bound to human DSS1 protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21998
タイトルEM structure of human tumor suppressor bound to human DSS1 protein and ssDNA with crosslinking
マップデータHuman BRCA2-DSS1-ssDNA complex with crosslinking
試料
  • 複合体: BRCA2-DSS1-ssDNA
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.6 Å
データ登録者Le HP / Ma X / Vaquero J / Brinkmeyer M / Guo F / Heyer W-D / Liu J
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA187561 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM58015 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA92267 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: DSS1 and ssDNA regulate oligomerization of BRCA2.
著者: Hang Phuong Le / Xiaoyan Ma / Jorge Vaquero / Megan Brinkmeyer / Fei Guo / Wolf-Dietrich Heyer / Jie Liu /
要旨: The tumor suppressor BRCA2 plays a key role in initiating homologous recombination by facilitating RAD51 filament formation on single-stranded DNA. The small acidic protein DSS1 is a crucial partner ...The tumor suppressor BRCA2 plays a key role in initiating homologous recombination by facilitating RAD51 filament formation on single-stranded DNA. The small acidic protein DSS1 is a crucial partner to BRCA2 in this process. In vitro and in cells (1,2), BRCA2 associates into oligomeric complexes besides also existing as monomers. A dimeric structure was further characterized by electron microscopic analysis (3), but the functional significance of the different BRCA2 assemblies remains to be determined. Here, we used biochemistry and electron microscopic imaging to demonstrate that the multimerization of BRCA2 is counteracted by DSS1 and ssDNA. When validating the findings, we identified three self-interacting regions and two types of self-association, the N-to-C terminal and the N-to-N terminal interactions. The N-to-C terminal self-interaction of BRCA2 is sensitive to DSS1 and ssDNA. The N-to-N terminal self-interaction is modulated by ssDNA. Our results define a novel role of DSS1 to regulate BRCA2 in an RPA-independent fashion. Since DSS1 is required for BRCA2 function in recombination, we speculate that the monomeric and oligomeric forms of BRCA2 might be active for different cellular events in recombinational DNA repair and replication fork stabilization.
履歴
登録2020年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2020年8月26日-
現状2020年8月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0063
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0063
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human BRCA2-DSS1-ssDNA complex with crosslinking
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.48 Å/pix.
x 256 pix.
= 378.88 Å		1.48 Å/pix.
x 256 pix.
= 378.88 Å		1.48 Å/pix.
x 256 pix.
= 378.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0063 / ムービー #1: 0.0063
最小 - 最大-0.009578008 - 0.06953412
平均 (標準偏差)0.0001805619 (±0.0017589984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 378.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.481.481.48
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.880378.880378.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0100.0700.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BRCA2-DSS1-ssDNA

全体名称: BRCA2-DSS1-ssDNA
要素
  • 複合体: BRCA2-DSS1-ssDNA

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超分子 #1: BRCA2-DSS1-ssDNA

超分子名称: BRCA2-DSS1-ssDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Full-length human tumor suppressor BRCA2 protein in complex with DSS1 and dT100 oligo with crosslinking
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293
分子量実験値: 474 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% uranyl acetate
詳細: BRCA2 complex was applied to glow-discharged continuous carbon copper grids and incubated for 2 min. Grids were washed briefly with 5 mM Mg(Acet)2 for three times to remove buffer, sucrose, ...詳細: BRCA2 complex was applied to glow-discharged continuous carbon copper grids and incubated for 2 min. Grids were washed briefly with 5 mM Mg(Acet)2 for three times to remove buffer, sucrose, and glycerol. Samples were then stained with 2% uranyl acetate, blotted with filter paper, and air dried.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5120 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.4 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1359 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 37.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

粒子像選択選択した数: 80985
CTF補正ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.2) / 使用した粒子像数: 18429
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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