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- EMDB-21958: The negative stain EM structure of the human DNA LigI-PCNA-DNA complex -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21958 | |||||||||
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タイトル | The negative stain EM structure of the human DNA LigI-PCNA-DNA complex | |||||||||
![]() | Refined 3D map of full-length human DNA LigI with human PCNA and 32bp non-ligatable nicked DNA. | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å | |||||||||
![]() | Sverzhinsky A / Pascal JM | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dynamic DNA-bound PCNA complexes co-ordinate Okazaki fragment synthesis, processing and ligation. 著者: Yoshihiro Matsumoto / Rhys C Brooks / Aleksandr Sverzhinsky / John M Pascal / Alan E Tomkinson / ![]() ![]() 要旨: More than a million Okazaki fragments are synthesized, processed and joined during replication of the human genome. After synthesis of an RNA-DNA oligonucleotide by DNA polymerase α holoenzyme, ...More than a million Okazaki fragments are synthesized, processed and joined during replication of the human genome. After synthesis of an RNA-DNA oligonucleotide by DNA polymerase α holoenzyme, proliferating cell nuclear antigen (PCNA), a homotrimeric DNA sliding clamp and polymerase processivity factor, is loaded onto the primer-template junction by replication factor C (RFC). Although PCNA interacts with the enzymes DNA polymerase δ (Pol δ), flap endonuclease 1 (FEN1) and DNA ligase I (LigI) that complete Okazaki fragment processing and joining, it is not known how the activities of these enzymes are coordinated. Here we describe a novel interaction between Pol δ and LigI that is critical for Okazaki fragment joining in vitro. Both LigI and FEN1 associate with PCNA-Pol δ during gap-filling synthesis, suggesting that gap-filling synthesis is carried out by a complex of PCNA, Pol δ, FEN1 and LigI. Following ligation, PCNA and LigI remain on the DNA, indicating that Pol δ and FEN1 dissociate during 5' end processing and that LigI engages PCNA at the DNA nick generated by FEN1 and Pol δ. Thus, dynamic PCNA complexes coordinate Okazaki fragment synthesis and processing with PCNA and LigI forming a terminal structure of two linked protein rings encircling the ligated DNA. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 740 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 53.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Refined 3D map of full-length human DNA LigI with human PCNA and 32bp non-ligatable nicked DNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Full-length DNA LigI in complex with nicked duplex DNA and PCNA
全体 | 名称: Full-length DNA LigI in complex with nicked duplex DNA and PCNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Full-length DNA LigI in complex with nicked duplex DNA and PCNA
超分子 | 名称: Full-length DNA LigI in complex with nicked duplex DNA and PCNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 実験値: 220 KDa |
-超分子 #2: DNA ligase I
超分子 | 名称: DNA ligase I / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Proliferating Cell Nuclear Antigen
超分子 | 名称: Proliferating Cell Nuclear Antigen / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #4: Nicked DNA duplex
超分子 | 名称: Nicked DNA duplex / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: synthetic (人工物) |
-分子 #1: DNA ligase I
分子 | 名称: DNA ligase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA ligase (ATP) |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MtRSIMSFFH PKKEGKAKKP EKEASNSSRE TEPPPKAALK EWNGVVSES DSPVKRPGRK AARVLGSEGE EEDEALSPAK GQKPALDCSQ VSPPRPATSP E NNASLSDT SPMDSSPSGI PKRRTARKQL PKRTIQEVLE EQSEDEDREA ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MtRSIMSFFH PKKEGKAKKP EKEASNSSRE TEPPPKAALK EWNGVVSES DSPVKRPGRK AARVLGSEGE EEDEALSPAK GQKPALDCSQ VSPPRPATSP E NNASLSDT SPMDSSPSGI PKRRTARKQL PKRTIQEVLE EQSEDEDREA KRKKEEEEEE TP KESLTEA EVATEKEGED GDQPTTPPKP LKTSKAETPT ESVSEPEVAT KQELQEEEEQ TKP PRRAPK TLSSFFTPRK PAVKKEVKEE EPGAPGKEGA AEGPLDPSGY NPAKNNYHPV EDAC WKPGQ KVPYLAVART FEKIEEVSAR LRMVETLSNL LRSVVALSPP DLLPVLYLSL NHLGP PQQG LELGVGDGVL LKAVAQATGR QLESVRAEAA EKGDVGLVAE NSRSTQRLML PPPPLT ASG VFSKFRDIAR LTGSASTAKK IDIIKGLFVA CRHSEARFIA RSLSGRLRLG LAEQSVL AA LSQAVSLTPP GQEFPPAMVD AGKGKTAEAR KTWLEEQGMI LKQTFCEVPD LDRIIPVL L EHGLERLPEH CKLSPGIPLK PMLAHPTRGI SEVLKRFEEA AFTCEYKYDG QRAQIHALE GGEVKIFSRN QEDNTGKYPD IISRIPKIKL PSVTSFILDT EAVAWDREKK QIQPFQVLTT RKRKEVDAS EIQVQVCLYA FDLIYLNGES LVREPLSRRR QLLRENFVET EGEFVFATSL D TKDIEQIA EFLEQSVKDS CEGLMVKTLD VDATYEIAKR SHNWLKLKKD YLDGVGDTLD LV VIGAYLG RGKRAGRYGG FLLASYDEDS EELQAICKLG TGFSDEELEE HHQSLKALVL PSP RPYVRI DGAVIPDHWL DPSAVWEVKC ADLSLSPIYP AARGLVDSDK GISLRFPRFI RVRE DKQPE QATTSAQVAC LYRKQSQIQN QQGEDSGSDP EDTY |
-分子 #2: Proliferating Cell Nuclear Antigen
分子 | 名称: Proliferating Cell Nuclear Antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIDDD DKHTSLEVVF QGPHMFEARL VQGSILKKVL EALKDLINEA CWDISSSGVN LQSMDSSHVS LVQLTLRSEG FDTYRCDRNL AMGVNLTSMS KILKCAGNED IITLRAEDNA DTLALVFEAP NQEKVSDYEM KLMD LDVEQ LGIPEQEYSC ...文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIDDD DKHTSLEVVF QGPHMFEARL VQGSILKKVL EALKDLINEA CWDISSSGVN LQSMDSSHVS LVQLTLRSEG FDTYRCDRNL AMGVNLTSMS KILKCAGNED IITLRAEDNA DTLALVFEAP NQEKVSDYEM KLMD LDVEQ LGIPEQEYSC VVKMPSGEFA RICRDLSHIG DAVVISCAKD GVKFSASGEL GNGNI KLSQ TSNVDKEEEA VTIEMNEPVQ LTFALRYLNF FTKATPLSST VTLSMSADVP LVVEYK IAD MGHLKYYLAP KIEDEEGS |
-分子 #3: Nicked DNA duplex
分子 | 名称: Nicked DNA duplex / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GGTTCAGTCC GACGACGCAT CAGCACAGAA GC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 67000 |