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- EMDB-21953: Downsampled and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21953
タイトルDownsampled and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-generated lamellae of yeast cells under heat shock stress showing large protein aggregates
マップデータBinned-by-8 and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-generated lamellae of yeast cells under heat shock stress showing large protein aggregates.
試料
  • 細胞: Downsamples and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-generated lamellae of yeast cells under heat shock stress showing large protein aggregates
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Wu GH / Mitchell PG / Galaz-Montoya JG / Hecksel CW / Sontag EM / Gangadharan V / Marshman J / Mankus D / Bisher ME / Lytton-Jean AKR ...Wu GH / Mitchell PG / Galaz-Montoya JG / Hecksel CW / Sontag EM / Gangadharan V / Marshman J / Mankus D / Bisher ME / Lytton-Jean AKR / Frydman J / Czymmek K / Chiu W
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)P01NS092525 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)PO1AG054407 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)F32NS086253 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021600 米国
Department of Energy (DOE, United States)BERFWP 100463 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Multi-scale 3D Cryo-Correlative Microscopy for Vitrified Cells.
著者: Gong-Her Wu / Patrick G Mitchell / Jesus G Galaz-Montoya / Corey W Hecksel / Emily M Sontag / Vimal Gangadharan / Jeffrey Marshman / David Mankus / Margaret E Bisher / Abigail K R Lytton-Jean ...著者: Gong-Her Wu / Patrick G Mitchell / Jesus G Galaz-Montoya / Corey W Hecksel / Emily M Sontag / Vimal Gangadharan / Jeffrey Marshman / David Mankus / Margaret E Bisher / Abigail K R Lytton-Jean / Judith Frydman / Kirk Czymmek / Wah Chiu /
要旨: Three-dimensional (3D) visualization of vitrified cells can uncover structures of subcellular complexes without chemical fixation or staining. Here, we present a pipeline integrating three imaging ...Three-dimensional (3D) visualization of vitrified cells can uncover structures of subcellular complexes without chemical fixation or staining. Here, we present a pipeline integrating three imaging modalities to visualize the same specimen at cryogenic temperature at different scales: cryo-fluorescence confocal microscopy, volume cryo-focused ion beam scanning electron microscopy, and transmission cryo-electron tomography. Our proof-of-concept benchmark revealed the 3D distribution of organelles and subcellular structures in whole heat-shocked yeast cells, including the ultrastructure of protein inclusions that recruit fluorescently-labeled chaperone Hsp104. Since our workflow efficiently integrates imaging at three different scales and can be applied to other types of cells, it could be used for large-scale phenotypic studies of frozen-hydrated specimens in a variety of healthy and diseased conditions with and without treatments.
履歴
登録2020年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月2日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
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ムービービューア
添付画像

emd_21953.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21953.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 174.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Binned-by-8 and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-generated lamellae of yeast cells under heat shock stress showing large protein aggregates.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
27.66 Å/pix.
x 206 pix.
= 5698.783 Å		27.66 Å/pix.
x 463 pix.
= 12808.43 Å		27.66 Å/pix.
x 479 pix.
= 13251.054 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 27.664 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-2.9999998 - 2.9999998
平均 (標準偏差)-0.00015260548 (±0.9856359)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-103
サイズ463479206
Spacing479463206
セルA: 13251.054 Å / B: 12808.43 Å / C: 5698.783 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z27.66399582463527.66399568034627.663995145631
M x/y/z479463206
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z13251.05412808.4305698.783
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-103
NC/NR/NS479463206
D min/max/mean-3.0003.000-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Downsamples and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-...

全体名称: Downsamples and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-generated lamellae of yeast cells under heat shock stress showing large protein aggregates
要素
  • 細胞: Downsamples and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-generated lamellae of yeast cells under heat shock stress showing large protein aggregates

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超分子 #1: Downsamples and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-...

超分子名称: Downsamples and filtered tomogram of a region from a cryoFIB-SEM-generated lamellae of yeast cells under heat shock stress showing large protein aggregates
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 20 nA / 集束イオンビーム - 時間: 60 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 520 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam 540 FIB-SEM. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so ...集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam 540 FIB-SEM. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.8264 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: The SIRT, downsampled, and filtered tomogram was computed for visualization only. The related EMDB entry showcasing a ribosome subtomogram average used similar tomograms but reconstructed ...詳細: The SIRT, downsampled, and filtered tomogram was computed for visualization only. The related EMDB entry showcasing a ribosome subtomogram average used similar tomograms but reconstructed with weighted-back-projection, at full-size, and unfiltered.
使用した粒子像数: 121
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD / 詳細: 3D CTF correction

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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