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万見
- EMDB-21928: Structure of VcINDY-Na-Fab84 in nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21928
タイトルStructure of VcINDY-Na-Fab84 in nanodisc
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Complex of VcINDY and Fab84
    • タンパク質・ペプチド: DASS family sodium-coupled anion symporter
    • タンパク質・ペプチド: Fab84 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab84 Light Chain
  • リガンド: 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
  • リガンド: HEXANE
  • リガンド: N-OCTANE
キーワードTransporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Citrate transporter-like domain / Citrate transporter / Sodium/sulphate symporter, conserved site / Sodium:sulfate symporter family signature. / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
Transporter, NadC family / Transporter, NadC family
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Sauer DB / Marden J
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS108151 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121994 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK099023 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the reaction cycle of DASS dicarboxylate transporters.
著者: David B Sauer / Noah Trebesch / Jennifer J Marden / Nicolette Cocco / Jinmei Song / Akiko Koide / Shohei Koide / Emad Tajkhorshid / Da-Neng Wang /
要旨: Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the ...Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the cell by the divalent anion sodium symporter (DASS) family of plasma membrane transporters, which contains both cotransporters and exchangers. While DASS proteins transport substrates via an elevator mechanism, to date structures are only available for a single DASS cotransporter protein in a substrate-bound, inward-facing state. We report multiple cryo-EM and X-ray structures in four different states, including three hitherto unseen states, along with molecular dynamics simulations, of both a cotransporter and an exchanger. Comparison of these outward- and inward-facing structures reveal how the transport domain translates and rotates within the framework of the scaffold domain through the transport cycle. Additionally, we propose that DASS transporters ensure substrate coupling by a charge-compensation mechanism, and by structural changes upon substrate release.
履歴
登録2020年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月16日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.71
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.71
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ww5
  • 表面レベル: 4.71
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21928.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 256 pix.
= 292.352 Å		1.14 Å/pix.
x 256 pix.
= 292.352 Å		1.14 Å/pix.
x 256 pix.
= 292.352 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.142 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.71 / ムービー #1: 4.71
最小 - 最大-28.273417999999999 - 40.597233000000003
平均 (標準偏差)-0.000000000008781 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 292.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1421.1421.142
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z292.352292.352292.352
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ310310310
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-28.27340.597-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_21928_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_21928_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of VcINDY and Fab84

全体名称: Complex of VcINDY and Fab84
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Complex of VcINDY and Fab84
    • タンパク質・ペプチド: DASS family sodium-coupled anion symporter
    • タンパク質・ペプチド: Fab84 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab84 Light Chain
  • リガンド: 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
  • リガンド: HEXANE
  • リガンド: N-OCTANE

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超分子 #1: Complex of VcINDY and Fab84

超分子名称: Complex of VcINDY and Fab84 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

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分子 #1: DASS family sodium-coupled anion symporter

分子名称: DASS family sodium-coupled anion symporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 48.157359 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: REWFLHRNSL IVLADVALFL ALYHFLPFEH NVVLGISMLA FIAVLWLTEA LHVTVTAILV PVMAVFFGIF ETQAALNNFA NSIIFLFLG GFALAAAMHH QGLDKVIADK VLAMAQGKMS VAVFMLFGVT ALLSMWISNT ATAAMMLPLV LGVLSKVDAD K QRSTYVFV ...文字列:
REWFLHRNSL IVLADVALFL ALYHFLPFEH NVVLGISMLA FIAVLWLTEA LHVTVTAILV PVMAVFFGIF ETQAALNNFA NSIIFLFLG GFALAAAMHH QGLDKVIADK VLAMAQGKMS VAVFMLFGVT ALLSMWISNT ATAAMMLPLV LGVLSKVDAD K QRSTYVFV LLGVAYSASI GGIATLVGSP PNAIAAAEVG LSFTDWMKFG LPTAMMMLPM AIAILYFLLK PTLNGMFELD RA PVNWDKG KVVTLGIFGL TVFLWIFSSP INAALGGFKS FDTLVALGAI LMLSFARVVH WKEIQKTADW GVLLLFGGGL CLS NVLKQT GTSVFLANAL SDMVSHMGIF VVILVVATFV VFLTEFASNT ASAALLIPVF ATVAEAFGMS PVLLSVLIAV AASC AFMLP VATPPNAIVF ASGHIKQSEM MRVGLYLNIA CIGLLTAIAM LFWQ

UniProtKB: Transporter, NadC family

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分子 #2: Fab84 Heavy Chain

分子名称: Fab84 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.009484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEISEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFTIYSSSI HWVRQAPGKG LEWVASIYSS SGSTSYADS VKGRFTISAD TSKNTAYLQM NSLRAEDTAV YYCARYNIHY WRWYNPAGQA MDYWGQGTLV TVFNQIKGGP S VFPLAPSS ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEISEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFTIYSSSI HWVRQAPGKG LEWVASIYSS SGSTSYADS VKGRFTISAD TSKNTAYLQM NSLRAEDTAV YYCARYNIHY WRWYNPAGQA MDYWGQGTLV TVFNQIKGGP S VFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NH KPSNTKV DKKVEPKSCD KTHT

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分子 #3: Fab84 Light Chain

分子名称: Fab84 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.923102 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQRYGLL VTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDSQL KSGTASVVCL L NNFYPREA ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQRYGLL VTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDSQL KSGTASVVCL L NNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #4: 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

分子名称: 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: 6PE
分子量理論値: 410.42 Da
Chemical component information

ChemComp-6PE:
1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / [O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-アミノエタノ-ル]アニオン

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分子 #5: HEXANE

分子名称: HEXANE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HEX
分子量理論値: 86.175 Da
Chemical component information

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン

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分子 #6: N-OCTANE

分子名称: N-OCTANE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: OCT
分子量理論値: 114.229 Da
Chemical component information

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 826 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 倍率（公称値）: 36000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 92239
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5ul9


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6ww5:
Structure of VcINDY-Na-Fab84 in nanodisc

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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