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万見
- EMDB-21896: Full-length human ENaC ECD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21896
タイトルFull-length human ENaC ECD
マップデータENaC_FL sharpened EM map (Bfactor -101.4)
試料
  • 複合体: Full-length human ENaC heterotrimer bound with two high-affinity Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: 7B1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: 10D4 Fab
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / sensory perception of salty taste / Sensory perception of salty taste / neutrophil-mediated killing of bacterium / sensory perception of sour taste / leukocyte activation involved in inflammatory response / cellular response to vasopressin / aldosterone metabolic process / sperm principal piece ...: / : / sensory perception of salty taste / Sensory perception of salty taste / neutrophil-mediated killing of bacterium / sensory perception of sour taste / leukocyte activation involved in inflammatory response / cellular response to vasopressin / aldosterone metabolic process / sperm principal piece / sodium channel complex / ligand-gated sodium channel activity / epithelial fluid transport / sodium ion homeostasis / mucus secretion / artery smooth muscle contraction / neutrophil activation involved in immune response / cellular response to aldosterone / multicellular organismal-level water homeostasis / cellular response to acidic pH / sodium ion import across plasma membrane / potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / motile cilium / sodium channel activity / erythrocyte homeostasis / response to food / ciliary membrane / WW domain binding / sodium ion transport / sodium ion transmembrane transport / acrosomal vesicle / cytoplasmic vesicle membrane / multicellular organism growth / Stimuli-sensing channels / monoatomic ion channel activity / regulation of blood pressure / gene expression / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Amiloride-sensitive sodium channel subunit alpha / Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta / Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Posert R / Baconguis I / Noreng S / Bharadwaj A / Houser A
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5OD017871 米国
American Heart Association18PRE33990205 米国
American Heart Association19TPA34760754 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1937961 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Molecular principles of assembly, activation, and inhibition in epithelial sodium channel.
著者: Sigrid Noreng / Richard Posert / Arpita Bharadwaj / Alexandra Houser / Isabelle Baconguis /
要旨: The molecular bases of heteromeric assembly and link between Na self-inhibition and protease-sensitivity in epithelial sodium channels (ENaCs) are not fully understood. Previously, we demonstrated ...The molecular bases of heteromeric assembly and link between Na self-inhibition and protease-sensitivity in epithelial sodium channels (ENaCs) are not fully understood. Previously, we demonstrated that ENaC subunits - α, β, and γ - assemble in a counterclockwise configuration when viewed from outside the cell with the protease-sensitive GRIP domains in the periphery (Noreng et al., 2018). Here we describe the structure of ENaC resolved by cryo-electron microscopy at 3 Å. We find that a combination of precise domain arrangement and complementary hydrogen bonding network defines the subunit arrangement. Furthermore, we determined that the α subunit has a primary functional module consisting of the finger and GRIP domains. The module is bifurcated by the α2 helix dividing two distinct regulatory sites: Na and the inhibitory peptide. Removal of the inhibitory peptide perturbs the Na site via the α2 helix highlighting the critical role of the α2 helix in regulating ENaC function.
履歴
登録2020年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月12日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.482
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.482
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wth
  • 表面レベル: 0.482
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21896.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ENaC_FL sharpened EM map (Bfactor -101.4)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.482 / ムービー #1: 0.482
最小 - 最大-1.208659 - 2.3689759
平均 (標準偏差)0.004876746 (±0.054992843)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z318.720318.720318.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ250250250
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-1.2092.3690.005

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21896_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: ENaC FL unsharpened EM map

ファイルemd_21896_additional.map
注釈ENaC_FL unsharpened EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ENaC FL EM half map A

ファイルemd_21896_half_map_1.map
注釈ENaC_FL EM half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ENaC FL EM half map B

ファイルemd_21896_half_map_2.map
注釈ENaC_FL EM half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full-length human ENaC heterotrimer bound with two high-affinity Fabs

全体名称: Full-length human ENaC heterotrimer bound with two high-affinity Fabs
要素
  • 複合体: Full-length human ENaC heterotrimer bound with two high-affinity Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: 7B1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: 10D4 Fab
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Full-length human ENaC heterotrimer bound with two high-affinity Fabs

超分子名称: Full-length human ENaC heterotrimer bound with two high-affinity Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T/17 / 組換プラスミド: pBacMam
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Amiloride-sensitive sodium channel subunit alpha

分子名称: Amiloride-sensitive sodium channel subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.780531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGNKLEEQD SSPPQSTPGL MKGNKREEQG LGPEPAAPQQ PTAEEEALIE FHRSYRELFE FFCNNTTIHG AIRLVCSQHN RMKTAFWAV LWLCTFGMMY WQFGLLFGEY FSYPVSLNIN LNSDKLVFPA VTICTLNPYR YPEIKEELEE LDRITEQTLF D LYKYSSFT ...文字列:
MEGNKLEEQD SSPPQSTPGL MKGNKREEQG LGPEPAAPQQ PTAEEEALIE FHRSYRELFE FFCNNTTIHG AIRLVCSQHN RMKTAFWAV LWLCTFGMMY WQFGLLFGEY FSYPVSLNIN LNSDKLVFPA VTICTLNPYR YPEIKEELEE LDRITEQTLF D LYKYSSFT TLVAGSRSRR DLRGTLPHPL QRLRVPPPPH GARRARSVAS SLRDNNPQVD WKDWKIGFQL CNQNKSDCFY QT YSSGVDA VREWYRFHYI NILSRLPETL PSLEEDTLGN FIFACRFNQV SCNQANYSHF HHPMYGNCYT FNDKNNSNLW MSS MPGINN GLSLMLRAEQ NDFIPLLSTV TGARVMVHGQ DEPAFMDDGG FNLRPGVETS ISMRKETLDR LGGDYGDCTK NGSD VPVEN LYPSKYTQQV CIHSCFQESM IKECGCAYIF YPRPQNVEYC DYRKHSSWGY CYYKLQVDFS SDHLGCFTKC RKPCS VTSY QLSAGYSRWP SVTSQEWVFQ MLSRQNNYTV NNKRNGVAKV NIFFKELNYK TNSESPSVTM VTLLSNLGSQ WSLWFG SSV LSVVEMAELV FDLLVIMFLM LLRRFRSRYW SPGRGGRGAQ EVASTLASSP PSHFCPHPMS LSLSQPGPAP SPALTAP PP AYATLGPRPS PGGSAGASSS TCPLGGP

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分子 #2: Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta

分子名称: Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.728891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHVKKYLLKG LHRLQKGPGY TYKELLVWYC DNTNTHGPKR IICEGPKKKA MWFLLTLLFA ALVCWQWGIF IRTYLSWEVS VSLSVGFKT MDFPAVTICN ASPFKYSKIK HLLKDLDELM EAVLERILAP ELSHANATRN LNFSIWNHTP LVLIDERNPH H PMVLDLFG ...文字列:
MHVKKYLLKG LHRLQKGPGY TYKELLVWYC DNTNTHGPKR IICEGPKKKA MWFLLTLLFA ALVCWQWGIF IRTYLSWEVS VSLSVGFKT MDFPAVTICN ASPFKYSKIK HLLKDLDELM EAVLERILAP ELSHANATRN LNFSIWNHTP LVLIDERNPH H PMVLDLFG DNHNGLTSSS ASEKICNAHG CKMAMRLCSL NRTQCTFRNF TSATQALTEW YILQATNIFA QVPQQELVEM SY PGEQMIL ACLFGAEPCN YRNFTSIFYP HYGNCYIFNW GMTEKALPSA NPGTEFGLKL ILDIGQEDYV PFLASTAGVR LML HEQRSY PFIRDEGIYA MSGTETSIGV LVDKLQRMGE PYSPCTVNGS EVPVQNFYSD YNTTYSIQAC LRSCFQDHMI RNCN CGHYL YPLPRGEKYC NNRDFPDWAH CYSDLQMSVA QRETCIGMCK ESCNDTQYKM TISMADWPSE ASEDWIFHVL SQERD QSTN ITLSRKGIVK LNIYFQEFNY RTIEESAANN IVWLLSNLGG QFGFWMGGSV LCLIEFGEII IDFVWITIIK LVALAK SLR QRRAQASYAG PPPTVAELVE AHTNFGFQPD TAPRSPNTGP YPSEQALPIP GTPPPNYDSL RLQPLDVIES DSEGDAI

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分子 #3: Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma

分子名称: Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.352984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAPGEKIKAK IKKNLPVTGP QAPTIKELMR WYCLNTNTHG CRRIVVSRGR LRRLLWIGFT LTAVALILWQ CALLVFSFYT VSVSIKVHF RKLDFPAVTI CNINPYKYST VRHLLADLEQ ETREALKSLY GFPESRKRRE AESWNSVSEG KQPRFSHRIP L LIFDQDEK ...文字列:
MAPGEKIKAK IKKNLPVTGP QAPTIKELMR WYCLNTNTHG CRRIVVSRGR LRRLLWIGFT LTAVALILWQ CALLVFSFYT VSVSIKVHF RKLDFPAVTI CNINPYKYST VRHLLADLEQ ETREALKSLY GFPESRKRRE AESWNSVSEG KQPRFSHRIP L LIFDQDEK GKARDFFTGR KRKVGGSIIH KASNVMHIES KQVVGFQLCS NDTSDCATYT FSSGINAIQE WYKLHYMNIM AQ VPLEKKI NMSYSAEELL VTCFFDGVSC DARNFTLFHH PMHGNCYTFN NRENETILST SMGGSEYGLQ VILYINEEEY NPF LVSSTG AKVIIHRQDE YPFVEDVGTE IETAMVTSIG MHLTESFKLS EPYSQCTEDG SDVPIRNIYN AAYSLQICLH SCFQ TKMVE KCGCAQYSQP LPPAANYCNY QQHPNWMYCY YQLHRAFVQE ELGCQSVCKE ACSFKEWTLT TSLAQWPSVV SEKWL LPVL TWDQGRQVNK KLNKTDLAKL LIFYKDLNQR SIMESPANSI EMLLSNFGGQ LGLWMSCSVV CVIEIIEVFF IDFFSI IAR RQWQKAKEWW AWKQAPPCPE APRSPQGQDN PALDIDDDLP TFNSALHLPP ALGTQVPGTP PPKYNTLRLE RAFSNQL TD TQMLDEL

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分子 #4: 7B1 Fab

分子名称: 7B1 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 10.060393 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #5: 10D4 Fab

分子名称: 10D4 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 9.805078 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #7: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: 3.5 uL applied, manual blot, fresh 3.5 uL applied, vitrobot blot and freeze.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 252071
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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