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- EMDB-2188: human RNA polymerase II in complex with scAlu RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2188
タイトルhuman RNA polymerase II in complex with scAlu RNA
マップデータhuman RNA polymerase II in complex with scAlu RNA
試料
  • 試料: human RNA polymerase II in complex with scAlu RNA
  • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • RNA: x 1種
キーワードtranscription regulation / RNA polymerase II / non-coding RNA / scAlu
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Kassube SA / Fang J / Grob P / Yakovchuk P / Goodrich JA / Nogales E
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Structural insights into transcriptional repression by noncoding RNAs that bind to human Pol II.
著者: Susanne A Kassube / Jie Fang / Patricia Grob / Petro Yakovchuk / James A Goodrich / Eva Nogales /
要旨: Gene transcription is regulated in response to environmental changes and developmental cues. In mammalian cells subjected to stress conditions such as heat shock, transcription of most protein-coding ...Gene transcription is regulated in response to environmental changes and developmental cues. In mammalian cells subjected to stress conditions such as heat shock, transcription of most protein-coding genes decreases, while the transcription of heat shock protein genes increases. Repression involves direct binding to RNA polymerase II (Pol II) of certain noncoding RNAs (ncRNAs) that are upregulated upon heat shock. Another class of ncRNAs is also upregulated and binds to Pol II but does not inhibit transcription. Incorporation of repressive ncRNAs into pre-initiation complexes prevents transcription initiation, while non-repressive ncRNAs are displaced from Pol II by TFIIF. Here, we present cryo-electron microscopy reconstructions of human Pol II in complex with six different ncRNAs from mouse and human. Our structures show that both repressive and non-repressive ncRNAs bind to a conserved binding site within the cleft of Pol II. The site, which is also shared with a previously characterized yeast aptamer, is close to the active center and, thus, in an ideal position to regulate transcription. Importantly, additional RNA elements extend flexibly beyond the docking site. We propose that the differences concerning the repressive activity of the ncRNAs analyzed must be due to the distinct character of these more unstructured, flexible segments of the RNA that emanate from the cleft.
履歴
登録2012年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2013年1月16日-
更新2013年9月18日-
現状2013年9月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0497
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0497
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2188.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2188.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human RNA polymerase II in complex with scAlu RNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 146 pix.
= 370.84 Å		2.54 Å/pix.
x 146 pix.
= 370.84 Å		2.54 Å/pix.
x 146 pix.
= 370.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0497 / ムービー #1: 0.0497
最小 - 最大-0.05457778 - 0.16689873
平均 (標準偏差)-0.00070504 (±0.01305627)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ146146146
Spacing146146146
セルA=B=C: 370.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z146146146
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z370.840370.840370.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS146146146
D min/max/mean-0.0550.167-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human RNA polymerase II in complex with scAlu RNA

全体名称: human RNA polymerase II in complex with scAlu RNA
要素
  • 試料: human RNA polymerase II in complex with scAlu RNA
  • タンパク質・ペプチド: Rpb1
  • タンパク質・ペプチド: Rpb12
  • タンパク質・ペプチド: Rpb11
  • タンパク質・ペプチド: Rpb10
  • タンパク質・ペプチド: Rpb9
  • タンパク質・ペプチド: Rpb8
  • タンパク質・ペプチド: Rpb7
  • タンパク質・ペプチド: Rpb6
  • タンパク質・ペプチド: Rpb5
  • タンパク質・ペプチド: Rpb2
  • タンパク質・ペプチド: Rpb4
  • タンパク質・ペプチド: Rpb3
  • RNA: scAlu

+
超分子 #1000: human RNA polymerase II in complex with scAlu RNA

超分子名称: human RNA polymerase II in complex with scAlu RNA / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: RNA polymerase II (12 polypeptide chains) binds to scAlu RNA
Number unique components: 13
分子量理論値: 520 KDa

+
分子 #1: Rpb1

分子名称: Rpb1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 220 KDa

+
分子 #3: Rpb12

分子名称: Rpb12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 10 KDa

+
分子 #4: Rpb11

分子名称: Rpb11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 10 KDa

+
分子 #5: Rpb10

分子名称: Rpb10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 10 KDa

+
分子 #6: Rpb9

分子名称: Rpb9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 10 KDa

+
分子 #7: Rpb8

分子名称: Rpb8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 20 KDa

+
分子 #8: Rpb7

分子名称: Rpb7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 20 KDa

+
分子 #9: Rpb6

分子名称: Rpb6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 10 KDa

+
分子 #10: Rpb5

分子名称: Rpb5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 20 KDa

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分子 #11: Rpb2

分子名称: Rpb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 130 KDa

+
分子 #12: Rpb4

分子名称: Rpb4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 20 KDa

+
分子 #13: Rpb3

分子名称: Rpb3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 30 KDa

+
分子 #2: scAlu

分子名称: scAlu / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: non-coding RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 38 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.0312 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
詳細: 10 mM Tris pH 7.9, 10 mM HEPES pH 8.0, 4 mM MgCl2, 50 mM KCl, 0.05% NP-40, 1 mM DTT, 0.1% trehalose
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-EM
グリッド詳細: 400 mesh copper grids covered with a holey carbon film, thin carbon film floated on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: blot for 6 sec, offset -2

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 78 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2009年5月20日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 169 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 14
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50280 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side-entry cryostage / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2, FREALIGN
詳細: Projection matching using a low-pass filtered model of apo Pol II as the starting model
使用した粒子像数: 25300

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2b63


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L / Chain - #12 - Chain ID: R
ソフトウェア名称: SITUS
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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