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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21831 | ||||||||||||
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タイトル | ATP-TTR-3 with AMP | ||||||||||||
![]() | ATP-TTR-3 with AMP | ||||||||||||
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![]() | aptamer / RNA | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å | ||||||||||||
![]() | Kappel K / Zhang K | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Accelerated cryo-EM-guided determination of three-dimensional RNA-only structures. 著者: Kalli Kappel / Kaiming Zhang / Zhaoming Su / Andrew M Watkins / Wipapat Kladwang / Shanshan Li / Grigore Pintilie / Ved V Topkar / Ramya Rangan / Ivan N Zheludev / Joseph D Yesselman / Wah Chiu / Rhiju Das / ![]() ![]() 要旨: The discovery and design of biologically important RNA molecules is outpacing three-dimensional structural characterization. Here, we demonstrate that cryo-electron microscopy can routinely resolve ...The discovery and design of biologically important RNA molecules is outpacing three-dimensional structural characterization. Here, we demonstrate that cryo-electron microscopy can routinely resolve maps of RNA-only systems and that these maps enable subnanometer-resolution coordinate estimation when complemented with multidimensional chemical mapping and Rosetta DRRAFTER computational modeling. This hybrid 'Ribosolve' pipeline detects and falsifies homologies and conformational rearrangements in 11 previously unknown 119- to 338-nucleotide protein-free RNA structures: full-length Tetrahymena ribozyme, hc16 ligase with and without substrate, full-length Vibrio cholerae and Fusobacterium nucleatum glycine riboswitch aptamers with and without glycine, Mycobacterium SAM-IV riboswitch with and without S-adenosylmethionine, and the computer-designed ATP-TTR-3 aptamer with and without AMP. Simulation benchmarks, blind challenges, compensatory mutagenesis, cross-RNA homologies and internal controls demonstrate that Ribosolve can accurately resolve the global architectures of RNA molecules but does not resolve atomic details. These tests offer guidelines for making inferences in future RNA structural studies with similarly accelerated throughput. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 13 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6wljMC ![]() 6wlkC ![]() 6wllC ![]() 6wlmC ![]() 6wlnC ![]() 6wloC ![]() 6wlqC ![]() 6wlrC ![]() 6wlsC ![]() 6wltC ![]() 6wluC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ATP-TTR-3 with AMP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : ATP-TTR-3 with AMP
全体 | 名称: ATP-TTR-3 with AMP |
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要素 |
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-超分子 #1: ATP-TTR-3 with AMP
超分子 | 名称: ATP-TTR-3 with AMP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: RNA generated by in vitro transcription |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 42 KDa |
-分子 #1: RNA (130-MER)
分子 | 名称: RNA (130-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 42.145086 KDa |
配列 | 文字列: GGCGAUAUGG CAUGGAAUCA GCUCAAGGAA CUGUGAACGU AUAUCGGGCA ACGACUAGGA AACUAGUCGU UGGGAAGAAA CUGCCGAUA UACGGGAGUU CCUUGAGCGG GAGAUUCCAU GCCUAAGUCG C |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39136 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |