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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21820 | |||||||||
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タイトル | Structure of homotrimeric poplar cellulose synthase isoform 8 | |||||||||
マップデータ | Map after local refinement and B-factor sharpening (-93). | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cellulose / polysaccharide / cell wall / glycosyltransferase / membrane protein / translocation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plant-type primary cell wall biogenesis / cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / trans-Golgi network / cell wall organization / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Populus tremula x Populus tremuloides (植物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zimmer J / Pallinti P | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Architecture of a catalytically active homotrimeric plant cellulose synthase complex. 著者: Pallinti Purushotham / Ruoya Ho / Jochen Zimmer / 要旨: Cellulose is an essential plant cell wall component and represents the most abundant biopolymer on Earth. Supramolecular plant cellulose synthase complexes organize multiple linear glucose polymers ...Cellulose is an essential plant cell wall component and represents the most abundant biopolymer on Earth. Supramolecular plant cellulose synthase complexes organize multiple linear glucose polymers into microfibrils as load-bearing wall components. We determined the structure of a poplar cellulose synthase CesA homotrimer that suggests a molecular basis for cellulose microfibril formation. This complex, stabilized by cytosolic plant-conserved regions and helical exchange within the transmembrane segments, forms three channels occupied by nascent cellulose polymers. Secretion steers the polymers toward a common exit point, which could facilitate protofibril formation. CesA's N-terminal domains assemble into a cytosolic stalk that interacts with a microtubule-tethering protein and may thus be involved in CesA localization. Our data suggest how cellulose synthase complexes assemble and provide the molecular basis for plant cell wall engineering. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21820.map.gz | 141.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21820-v30.xml emd-21820.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21820.png | 95.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21820.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21820 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21820 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21820_validation.pdf.gz | 503.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21820_full_validation.pdf.gz | 503 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21820_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21820_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21820 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21820 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wlbMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10552 (タイトル: Architecture of a catalytically active homotrimeric plant cellulose synthase complex Data size: 3.4 TB Data #1: Unaligned movie frames of poplar cellulose synthase-8 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned movie frames of poplar cellulose synthase-8 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map after local refinement and B-factor sharpening (-93). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CesA
全体 | 名称: CesA |
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要素 |
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-超分子 #1: CesA
超分子 | 名称: CesA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Poplar cellulose synthase containing a nascent cellulose chain |
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由来(天然) | 生物種: Populus tremula x Populus tremuloides (植物) |
分子量 | 理論値: 110 kDa/nm |
-分子 #1: Cellulose synthase
分子 | 名称: Cellulose synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cellulose synthase (UDP-forming) |
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由来(天然) | 生物種: Populus tremula x Populus tremuloides (植物) |
分子量 | 理論値: 112.483023 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHH HHHMMESGAP ICHTCGEQVG HDANGDLFVA CHECNYHICK SCFEYEIKEG RKVCLRCGSP YDENLLDDVE KKGSGNQST MASHLNNSQD VGIHARHISS VSTVDSEMND EYGNPIWKNR VESWKDKRNK KKKSNTKPET EPAQVPPEQQ M ENKPSAEA ...文字列: MHHHHHHHHH HHHMMESGAP ICHTCGEQVG HDANGDLFVA CHECNYHICK SCFEYEIKEG RKVCLRCGSP YDENLLDDVE KKGSGNQST MASHLNNSQD VGIHARHISS VSTVDSEMND EYGNPIWKNR VESWKDKRNK KKKSNTKPET EPAQVPPEQQ M ENKPSAEA SEPLSIVYPI PRNKLTPYRA VIIMRLIILG LFFHYRITNP VDSAFGLWLT SVICEIWFAF SWVLDQFPKW KP VNRETFI ERLSARYERE GEPSQLAAVD FFVSTVDPLK EPPLITANTV LSILAVDYPV DKVSCYVSDD GAAMLTFESL VET AEFARK WVPFCKKFSI EPRAPEFYFS QKIDYLKDKV QPSFVKERRA MKRDYEEYKV RVNALVAKAQ KTPDEGWTMQ DGTP WPGNN TRDHPGMIQV FLGNTGARDI EGNELPRLVY VSREKRPGYQ HHKKAGAENA LVRVSAVLTN APYILNLDCD HYVNN SKAV REAMCILMDP QVGRDVCYVQ FPQRFDGIDR SDRYANRNIV FFDVNMKGLD GIQGPMYVGT GCVFNRQALY GYGPPS MPR LRKGKESSSC FSCCCPTKKK PAQDPAEVYR DAKREDLNAA IFNLTEIDNY DDYERSMLIS QLSFEKTFGL SPVFIES TL MENGGVPESA NSSTLIKEAI HVIGCGFEEK TEWGKEIGWI YGSVTEDILS GFKMHCRGWR SIYCMPVRPA FKGSAPIN L SDRLHQVLRW ALGSVEIFFS RHCPFWYGYG GGRLKWLQRL AYINTIVYPF TSLPLIAYCT IPAVCLLTGK FIIPTLSNL ASMLFLGLFI SIIVTAVLEL RWSGVSIEDL WRNEQFWVIG GVSAHLFAVF QGFLKMLAGI DTNFTVTAKA ADDTEFGELY MVKWTTLLI PPTTLLIINI VGVVAGFSDA LNKGYEAWGP LFGKVFFAFW VILHLYPFLK GLMGRQNRTP TIVVLWSVLL T SVFSLVWV KINPFVNKVD NTLAGETCIS IDC UniProtKB: Cellulose synthase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11532 / 平均露光時間: 3.96 sec. / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.75 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6wlb: |