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- EMDB-2180: 3D reconstruction of LDL at 37C (human body temperature) using cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2180
タイトル3D reconstruction of LDL at 37C (human body temperature) using cryo-EM techniques
マップデータReconstruction of native LDL at 37C using cryo-EM based single particle reconstruction
試料
  • 試料: LDL at 37C
  • タンパク質・ペプチド: apoB-100
キーワードLDL / native LDL / human body temperature
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Kumar V / Butcher SJ / Oorni K / Engelhardt P / Heikkonen J / Kaski K / Ala-Korpela M / Kovanen PT
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2011
タイトル: Three-dimensional cryoEM reconstruction of native LDL particles to 16Å resolution at physiological body temperature.
著者: Vibhor Kumar / Sarah J Butcher / Katariina Öörni / Peter Engelhardt / Jukka Heikkonen / Kimmo Kaski / Mika Ala-Korpela / Petri T Kovanen /
要旨: BACKGROUND: Low-density lipoprotein (LDL) particles, the major carriers of cholesterol in the human circulation, have a key role in cholesterol physiology and in the development of atherosclerosis. ...BACKGROUND: Low-density lipoprotein (LDL) particles, the major carriers of cholesterol in the human circulation, have a key role in cholesterol physiology and in the development of atherosclerosis. The most prominent structural components in LDL are the core-forming cholesteryl esters (CE) and the particle-encircling single copy of a huge, non-exchangeable protein, the apolipoprotein B-100 (apoB-100). The shape of native LDL particles and the conformation of native apoB-100 on the particles remain incompletely characterized at the physiological human body temperature (37 °C).
METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: To study native LDL particles, we applied cryo-electron microscopy to calculate 3D reconstructions of LDL particles in their hydrated state. Images of the particles ...METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: To study native LDL particles, we applied cryo-electron microscopy to calculate 3D reconstructions of LDL particles in their hydrated state. Images of the particles vitrified at 6 °C and 37 °C resulted in reconstructions at ~16 Å resolution at both temperatures. 3D variance map analysis revealed rigid and flexible domains of lipids and apoB-100 at both temperatures. The reconstructions showed less variability at 6 °C than at 37 °C, which reflected increased order of the core CE molecules, rather than decreased mobility of the apoB-100. Compact molecular packing of the core and order in a lipid-binding domain of apoB-100 were observed at 6 °C, but not at 37 °C. At 37 °C we were able to highlight features in the LDL particles that are not clearly separable in 3D maps at 6 °C. Segmentation of apoB-100 density, fitting of lipovitellin X-ray structure, and antibody mapping, jointly revealed the approximate locations of the individual domains of apoB-100 on the surface of native LDL particles.
CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: Our study provides molecular background for further understanding of the link between structure and function of native LDL particles at physiological body temperature.
履歴
登録2012年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年8月29日-
マップ公開2012年8月29日-
更新2012年8月29日-
現状2012年8月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2180.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2180.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 33.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of native LDL at 37C using cryo-EM based single particle reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 208 pix.
= 291.2 Å		1.4 Å/pix.
x 208 pix.
= 291.2 Å		1.4 Å/pix.
x 208 pix.
= 291.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.3 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-1.93679738 - 2.4810586
平均 (標準偏差)0.0 (±0.42754436)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-104-104-104
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 291.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z208208208
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z291.200291.200291.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-104-104-104
NC/NR/NS208208208
D min/max/mean-1.9372.4810.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : LDL at 37C

全体名称: LDL at 37C
要素
  • 試料: LDL at 37C
  • タンパク質・ペプチド: apoB-100

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超分子 #1000: LDL at 37C

超分子名称: LDL at 37C / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Samples were vitrified on Quantifoil holey carbon grids (Quantifoil Micro Tools, GmbH) either at 6C or 37C, allowing pre-equilibration of the sample at the desired temperature for at least 45 ...詳細: Samples were vitrified on Quantifoil holey carbon grids (Quantifoil Micro Tools, GmbH) either at 6C or 37C, allowing pre-equilibration of the sample at the desired temperature for at least 45 minutes prior to plunging.
Number unique components: 1

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分子 #1: apoB-100

分子名称: apoB-100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: apoB / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Blood

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2005年12月30日
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 実像数: 26083
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Initially only phase-flipping was carried out to correct for the contrast transfer function. To reduce the effect of image noise and artefacts, an initial single particle reconstruction was made on images de-noised with an information theory [Minimum Description Length (MDL)] based method which we have introduced earlier. Fifty initial class averages were obtained using a reference-free classification of 3000 images by multivariate statistical analysis using parameters, as suggested in EMAN . Angles were assigned using the cross common lines method prior to reconstruction using weighted-back projection. The initial 3D models were low-pass filtered. The 2D image dataset was increased to include all of the particles and iterative refinement continued. After each iteration of the single-particle-reconstruction process only 75% of the images with the highest correlation values were chosen. In order to avoid any bias in 3D reconstruction due to the de-noising, the final reconstructions were made using raw images after being assigned to classes using their de-noised equivalents
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 29844

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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