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- EMDB-2175: Negative stain electron microscopy of a CSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2175
タイトルNegative stain electron microscopy of a CSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2/Cks1 complex
マップデータCSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2/Cks1
試料
  • 試料: CSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2/Cks1
  • タンパク質・ペプチド: x 13種
キーワードCop9 Signalosome / Cullin-RING Ligases / SCF
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Enchev RI / Scott DC / da Fonseca P / Schreiber A / Monda JK / Schulman BA / Peter M / Morris EP
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2012
タイトル: Structural basis for a reciprocal regulation between SCF and CSN.
著者: Radoslav I Enchev / Daniel C Scott / Paula C A da Fonseca / Anne Schreiber / Julie K Monda / Brenda A Schulman / Matthias Peter / Edward P Morris /
要旨: Skp1-Cul1-Fbox (SCF) E3 ligases are activated by ligation to the ubiquitin-like protein Nedd8, which is reversed by the deneddylating Cop9 signalosome (CSN). However, CSN also promotes SCF substrate ...Skp1-Cul1-Fbox (SCF) E3 ligases are activated by ligation to the ubiquitin-like protein Nedd8, which is reversed by the deneddylating Cop9 signalosome (CSN). However, CSN also promotes SCF substrate turnover through unknown mechanisms. Through biochemical and electron microscopy analyses, we determined molecular models of CSN complexes with SCF(Skp2/Cks1) and SCF(Fbw7) and found that CSN occludes both SCF functional sites-the catalytic Rbx1-Cul1 C-terminal domain and the substrate receptor. Indeed, CSN binding prevents SCF interactions with E2 enzymes and a ubiquitination substrate, and it inhibits SCF-catalyzed ubiquitin chain formation independent of deneddylation. Importantly, CSN prevents neddylation of the bound cullin, unless binding of a ubiquitination substrate triggers SCF dissociation and neddylation. Taken together, the results provide a model for how reciprocal regulation sensitizes CSN to the SCF assembly state and inhibits a catalytically competent SCF until a ubiquitination substrate drives its own degradation by displacing CSN, thereby promoting cullin neddylation and substrate ubiquitination.
履歴
登録2012年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月3日-
マップ公開2012年10月3日-
更新2012年10月3日-
現状2012年10月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2175.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2175.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2/Cks1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.47 Å/pix.
x 120 pix.
= 416.4 Å		3.47 Å/pix.
x 120 pix.
= 416.4 Å		3.47 Å/pix.
x 120 pix.
= 416.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.47 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-12.49624348 - 17.36844254
平均 (標準偏差)0.02344835 (±0.69455129)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 416.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.473.473.47
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.400416.400416.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-12.49617.3680.023

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2/Cks1

全体名称: CSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2/Cks1
要素
  • 試料: CSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2/Cks1
  • タンパク質・ペプチド: Csn1
  • タンパク質・ペプチド: Csn2
  • タンパク質・ペプチド: Csn3
  • タンパク質・ペプチド: Csn4
  • タンパク質・ペプチド: Csn6
  • タンパク質・ペプチド: Csn7b
  • タンパク質・ペプチド: Csn8
  • タンパク質・ペプチド: Cul1
  • タンパク質・ペプチド: Rbx1
  • タンパク質・ペプチド: Skp1
  • タンパク質・ペプチド: Skp2
  • タンパク質・ペプチド: Cks1
  • タンパク質・ペプチド: Nedd8

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超分子 #1000: CSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2/Cks1

超分子名称: CSN(dCsn5)-SCF~Nedd8/Skp2/Cks1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was purified over affinity pull-down and Superose6 size exclusion chromatography
集合状態: one CSN monomer, lacking the Csn5 subunit) and one SCF~Nedd8/Skp2/Cks1 monomer
Number unique components: 13
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Csn1

分子名称: Csn1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 53 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: recombinant baculovirus/ MultiBac

+
分子 #2: Csn2

分子名称: Csn2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 52 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: recombinant baculovirus/ MultiBac

+
分子 #3: Csn3

分子名称: Csn3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: N-terminal StrepII2x tag / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 48 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: recombinant baculovirus/ MultiBac

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分子 #4: Csn4

分子名称: Csn4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 46 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: recombinant baculovirus/ MultiBac

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分子 #5: Csn6

分子名称: Csn6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 36 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: recombinant baculovirus/ MultiBac

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分子 #6: Csn7b

分子名称: Csn7b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 30 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: recombinant baculovirus/ MultiBac

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分子 #7: Csn8

分子名称: Csn8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 23 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: recombinant baculovirus/ MultiBac

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分子 #8: Cul1

分子名称: Cul1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: N-terminal StrepII2x tag / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 90 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: recombinant baculovirus/ MultiBac

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分子 #9: Rbx1

分子名称: Rbx1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 12 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: recombinant baculovirus/ MultiBac

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分子 #10: Skp1

分子名称: Skp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 19 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX

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分子 #11: Skp2

分子名称: Skp2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 47 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX

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分子 #12: Cks1

分子名称: Cks1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 10 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX

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分子 #13: Nedd8

分子名称: Nedd8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 9 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 15 mM HEPES pH 7.8, 150 mM NaCl, 1% glycerol and 1 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Quantifoil grids (R2/2 Cu 400 mesh) coated with thin carbon floated from mica were glow-discharged for 30 seconds at 50 mA and 0.2 mbar vacuum. 3 ul purified samples were applied for 1 min to ...詳細: Quantifoil grids (R2/2 Cu 400 mesh) coated with thin carbon floated from mica were glow-discharged for 30 seconds at 50 mA and 0.2 mbar vacuum. 3 ul purified samples were applied for 1 min to the grids. Following two brief buffer washes, the grids were stained with 2% uranyl acetate, gently blotted using filter paper and air-dried.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年1月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2 / 詳細: data was collected on a CCD camera
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細see publication
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: IMAGIC, Spider, EMAN, in, house
使用した粒子像数: 3106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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