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万見
- EMDB-2169: Cryo-EM structure of the 60S-Arx1-Rei1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2169
タイトルCryo-EM structure of the 60S-Arx1-Rei1 complex
マップデータCryo-EM reconstruction of the 60S-Arx1-Rei1 complex
試料
  • 試料: 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Arx1
  • タンパク質・ペプチド: Rei1
キーワードlarge ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome maturation factor
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素 / pre-mRNA 5'-splice site binding / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits ...加水分解酵素 / pre-mRNA 5'-splice site binding / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein kinase activator activity / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / regulation of translational fidelity / ribonucleoprotein complex binding / protein-RNA complex assembly / translational termination / maturation of LSU-rRNA / Neutrophil degranulation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / metallopeptidase activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / : / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Peptidase M24 / Creatinase/aminopeptidase-like ...: / : / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / : / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Peptidase M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein P1A / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein P1A / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Probable metalloprotease ARX1 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Greber BJ / Boehringer D / Montellese C / Ban N
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Cryo-EM structures of Arx1 and maturation factors Rei1 and Jjj1 bound to the 60S ribosomal subunit.
著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Christian Montellese / Nenad Ban /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis requires many protein factors that facilitate the assembly, nuclear export and final maturation of 40S and 60S particles. We have biochemically characterized ribosomal ...Eukaryotic ribosome biogenesis requires many protein factors that facilitate the assembly, nuclear export and final maturation of 40S and 60S particles. We have biochemically characterized ribosomal complexes of the yeast 60S-biogenesis factor Arx1 and late-maturation factors Rei1 and Jjj1 and determined their cryo-EM structures. Arx1 was visualized bound to the 60S subunit together with Rei1, at 8.1-Å resolution, to reveal the molecular details of Arx1 binding whereby Arx1 arrests the eukaryotic-specific rRNA expansion segment 27 near the polypeptide tunnel exit. Rei1 and Jjj1, which have been implicated in Arx1 recycling, bind in the vicinity of Arx1 and form a network of interactions. We suggest that, in addition to the role of Arx1 during pre-60S nuclear export, the binding of Arx1 conformationally locks the pre-60S subunit and inhibits the premature association of nascent chain-processing factors to the polypeptide tunnel exit.
履歴
登録2012年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年8月29日-
マップ公開2012年10月31日-
更新2014年9月10日-
現状2014年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v8t
  • 表面レベル: 35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2169.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2169.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the 60S-Arx1-Rei1 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.81 Å/pix.
x 224 pix.
= 405.44 Å		1.81 Å/pix.
x 224 pix.
= 405.44 Å		1.81 Å/pix.
x 224 pix.
= 405.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 35.0 / ムービー #1: 35
最小 - 最大-221.731964110000007 - 425.313201900000024
平均 (標準偏差)-13.189755440000001 (±29.80069542)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 405.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.811.811.81
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z405.440405.440405.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-221.732425.313-13.190

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1

全体名称: 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1
要素
  • 試料: 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Arx1
  • タンパク質・ペプチド: Rei1

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超分子 #1000: 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1

超分子名称: 60S ribosomal subunit in complex with Arx1 and Rei1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One monomer each of 60S, Arx1, and Rei1 / Number unique components: 3
分子量理論値: 2.3 MDa

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超分子 #1: 60S ribosomal subunit

超分子名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 60S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 2.2 MDa

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分子 #1: Arx1

分子名称: Arx1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: N-terminal His-tag / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 65 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pProEX-htb
配列InterPro: Peptidase M24

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分子 #2: Rei1

分子名称: Rei1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: C-terminal His-tag / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 46 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET24a
配列InterPro: INTERPRO: IPR007087, INTERPRO: IPR015880

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Hepes-NaOH pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM beta-mercaptoethanol
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon grid R2/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual plunger / 手法: manual blotting

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 87 K
日付2012年2月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: images were acquired using a 2 x 2 frame spot scan (per hole) using a serial EM script
ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 83000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 87 K
日付2012年3月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: images were acquired using a 2 x 2 frame spot scan (per hole) using a serial EM script
ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 83000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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電子顕微鏡法 #3

Microscopy ID3
顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 87 K
日付2012年3月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: images were acquired using a 2 x 2 frame spot scan (per hole) using a serial EM script
ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 83000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: per frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Fourier amplitudes of the reconstruction were enhanced using the SAXS curve from ribosomes; subsequently, the map was filtered in SPIDER using a butterworth low-pass filter with a filter midpoint of 0.23.
使用した粒子像数: 84113

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3u5h
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation
得られたモデル

PDB-4v8t:
Cryo-EM Structure of the 60S Ribosomal Subunit in Complex with Arx1 and Rei1

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3u5i
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation
得られたモデル

PDB-4v8t:
Cryo-EM Structure of the 60S Ribosomal Subunit in Complex with Arx1 and Rei1

-
原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2q8k

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation
得られたモデル

PDB-4v8t:
Cryo-EM Structure of the 60S Ribosomal Subunit in Complex with Arx1 and Rei1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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