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万見
- EMDB-21660: Bacteriophage MS2 (gRNA conformation 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21660
タイトルBacteriophage MS2 (gRNA conformation 2)
マップデータBacteriophage MS2 (gRNA conformation 2)
試料
  • ウイルス: Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
生物種Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Chang JY / Cui Z / Zhang J
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI137696 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01-AI095208 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1902392 米国
Welch Foundation1863 米国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2020
タイトル: Hierarchical natural move Monte Carlo refines flexible RNA structures into cryo-EM densities.
著者: Jeng-Yih Chang / Zhicheng Cui / Kailu Yang / Jianhua Huang / Peter Minary / Junjie Zhang /
要旨: Ribonucleic acids (RNAs) play essential roles in living cells. Many of them fold into defined three-dimensional (3D) structures to perform functions. Recent advances in single-particle cryo-electron ...Ribonucleic acids (RNAs) play essential roles in living cells. Many of them fold into defined three-dimensional (3D) structures to perform functions. Recent advances in single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) have enabled structure determinations of RNA to atomic resolutions. However, most RNA molecules are structurally flexible, limiting the resolution of their structures solved by cryo-EM. In modeling these molecules, several computational methods are limited by the requirement of massive computational resources and/or the low efficiency in exploring large-scale structural variations. Here we use hierarchical natural move Monte Carlo (HNMMC), which takes advantage of collective motions for groups of nucleic acid residues, to refine RNA structures into their cryo-EM maps, preserving atomic details in the models. After validating the method on a simulated density map of tRNA, we applied it to objectively obtain the model of the folding intermediate for the specificity domain of ribonuclease P from and refine a flexible ribosomal RNA (rRNA) expansion segment from the () ribosome in different conformational states. Finally, we used HNMMC to model atomic details and flexibility for two distinct conformations of the complete genomic RNA (gRNA) inside MS2, a single-stranded RNA virus, revealing multiple pathways for its capsid assembly.
履歴
登録2020年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21660.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21660.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacteriophage MS2 (gRNA conformation 2)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å		2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å		2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.035564877 - 0.098019615
平均 (標準偏差)0.0019739587 (±0.008727104)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 400.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ330330330
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0360.0980.002

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_21660_additional.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_21660_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterobacteria phage MS2

全体名称: Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Enterobacteria phage MS2 (ファージ)

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超分子 #1: Enterobacteria phage MS2

超分子名称: Enterobacteria phage MS2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 12022 / 生物種: Enterobacteria phage MS2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 34.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8397

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24650
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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