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- EMDB-2159: Electron cryo-microscopy of the intact (DNA-filled) head of the y... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2159
タイトルElectron cryo-microscopy of the intact (DNA-filled) head of the yersiniophage phiR1-37
マップデータThree-dimensional reconstruction of the intact (DNA-filled) yersiniophage phiR1-37
試料
  • 試料: Electron cryo-microscopy of the intact (DNA-filled) head of the yersiniophage phiR1-37
  • ウイルス: Yersinia phage phiR1-37 (ファージ)
キーワードvirus / Yersinia
生物種Yersinia phage phiR1-37 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.8 Å
データ登録者Skurnik M / Hyytiainen H / Happonen LJ / Kiljunen S / Datta N / Mattinen L / Williamson K / Kristo P / Szeliga M / Kalin-Manttari L ...Skurnik M / Hyytiainen H / Happonen LJ / Kiljunen S / Datta N / Mattinen L / Williamson K / Kristo P / Szeliga M / Kalin-Manttari L / Ahola-Iivarinen E / Kalkkinen N / Butcher SJ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Characterization of the genome, proteome, and structure of yersiniophage ϕR1-37.
著者: Mikael Skurnik / Heidi J Hyytiäinen / Lotta J Happonen / Saija Kiljunen / Neeta Datta / Laura Mattinen / Kirsty Williamson / Paula Kristo / Magdalena Szeliga / Laura Kalin-Mänttäri / Elina ...著者: Mikael Skurnik / Heidi J Hyytiäinen / Lotta J Happonen / Saija Kiljunen / Neeta Datta / Laura Mattinen / Kirsty Williamson / Paula Kristo / Magdalena Szeliga / Laura Kalin-Mänttäri / Elina Ahola-Iivarinen / Nisse Kalkkinen / Sarah J Butcher /
要旨: The bacteriophage vB_YecM-ϕR1-37 (ϕR1-37) is a lytic yersiniophage that can propagate naturally in different Yersinia species carrying the correct lipopolysaccharide receptor. This large-tailed ...The bacteriophage vB_YecM-ϕR1-37 (ϕR1-37) is a lytic yersiniophage that can propagate naturally in different Yersinia species carrying the correct lipopolysaccharide receptor. This large-tailed phage has deoxyuridine (dU) instead of thymidine in its DNA. In this study, we determined the genomic sequence of phage ϕR1-37, mapped parts of the phage transcriptome, characterized the phage particle proteome, and characterized the virion structure by cryo-electron microscopy and image reconstruction. The 262,391-bp genome of ϕR1-37 is one of the largest sequenced phage genomes, and it contains 367 putative open reading frames (ORFs) and 5 tRNA genes. Mass-spectrometric analysis identified 69 phage particle structural proteins with the genes scattered throughout the genome. A total of 269 of the ORFs (73%) lack homologues in sequence databases. Based on terminator and promoter sequences identified from the intergenic regions, the phage genome was predicted to consist of 40 to 60 transcriptional units. Image reconstruction revealed that the ϕR1-37 capsid consists of hexameric capsomers arranged on a T=27 lattice similar to the bacteriophage ϕKZ. The tail of ϕR1-37 has a contractile sheath. We conclude that phage ϕR1-37 is a representative of a novel phage type that carries the dU-containing genome in a ϕKZ-like head.
履歴
登録2012年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年7月25日-
マップ公開2012年10月3日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12000
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 12000
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMDB-2159.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2159.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Three-dimensional reconstruction of the intact (DNA-filled) yersiniophage phiR1-37
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.516 Å
密度
表面レベル登録者による: 12000.0 / ムービー #1: 12000
最小 - 最大-17749.0 - 32443.0
平均 (標準偏差)1168.084960939999974 (±5414.708496090000153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ401401401
Spacing401401401
セルA=B=C: 1810.9159 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z4.5164.5164.516
M x/y/z401401401
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1810.9161810.9161810.916
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS401401401
D min/max/mean-17749.00032443.0001168.085

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Electron cryo-microscopy of the intact (DNA-filled) head of the y...

全体名称: Electron cryo-microscopy of the intact (DNA-filled) head of the yersiniophage phiR1-37
要素
  • 試料: Electron cryo-microscopy of the intact (DNA-filled) head of the yersiniophage phiR1-37
  • ウイルス: Yersinia phage phiR1-37 (ファージ)

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超分子 #1000: Electron cryo-microscopy of the intact (DNA-filled) head of the y...

超分子名称: Electron cryo-microscopy of the intact (DNA-filled) head of the yersiniophage phiR1-37
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Yersinia phage phiR1-37

超分子名称: Yersinia phage phiR1-37 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 331278 / 生物種: Yersinia phage phiR1-37 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1380 Å / T番号(三角分割数): 27

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: 50 mM Tris pH 7.8, 10 mM MgSO4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細Low dose conditions
日付2009年9月7日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 実像数: 297 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.76 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 1028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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