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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21516 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of anti-CRISPR AcrIF9, bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex | ||||||||||||
![]() | anti-CRISPR AcrIF9 bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex | ||||||||||||
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![]() | type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex / Csy complex / IMMUNE SYSTEM-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
![]() | Hirschi M / Santiago-Frangos A | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: AcrIF9 tethers non-sequence specific dsDNA to the CRISPR RNA-guided surveillance complex. 著者: Marscha Hirschi / Wang-Ting Lu / Andrew Santiago-Frangos / Royce Wilkinson / Sarah M Golden / Alan R Davidson / Gabriel C Lander / Blake Wiedenheft / ![]() ![]() 要旨: Bacteria have evolved sophisticated adaptive immune systems, called CRISPR-Cas, that provide sequence-specific protection against phage infection. In turn, phages have evolved a broad spectrum of ...Bacteria have evolved sophisticated adaptive immune systems, called CRISPR-Cas, that provide sequence-specific protection against phage infection. In turn, phages have evolved a broad spectrum of anti-CRISPRs that suppress these immune systems. Here we report structures of anti-CRISPR protein IF9 (AcrIF9) in complex with the type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex (Csy). In addition to sterically blocking the hybridization of complementary dsDNA to the CRISPR RNA, our results show that AcrIF9 binding also promotes non-sequence-specific engagement with dsDNA, potentially sequestering the complex from target DNA. These findings highlight the versatility of anti-CRISPR mechanisms utilized by phages to suppress CRISPR-mediated immune systems. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 211.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | anti-CRISPR AcrIF9 bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Anti-CRISPR AcrIF9 bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surv...
全体 | 名称: Anti-CRISPR AcrIF9 bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Anti-CRISPR AcrIF9 bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surv...
超分子 | 名称: Anti-CRISPR AcrIF9 bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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-超分子 #2: Type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex
超分子 | 名称: Type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Anti-CRISPR AcrIF9
超分子 | 名称: Anti-CRISPR AcrIF9 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: CRISPR-associated protein Csy1
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 49.194168 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA ...文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNNE RRGENWLLPS LPPNWQRQNV NAPMRHSSVF EHDFGRTPEV SRLTRTLQRF LAKTVHNNLA IRQ RRAQLV AQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy1 |
-分子 #2: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2
分子 | 名称: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 36.244074 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ ...文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ RRKNQRRLTR RLLPGFALVS REALLQQHLE TLRTTLPEAT TLDALLDLCR INFEPPATSS EEEASPPDAA WQ VRDKPGW LVPIPAGYNA LSPLYLPGEV RNARDRETPL RFVENLFGLG EWLSPHRVAA LSDLLWYHHA EPDKGLYRWS TPR FVEHAI A UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: CRISPR-associated protein Csy3
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 39.778594 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAS KPILSTASVL AFERKLDPSD ALMSAGAWAQ RDASQEWPAV TVREKSVRGT ISNRLKTKDR DPAKLDASI QSPNLQTVDV ANLPSDADTL KVRFTLRVLG GAGTPSACND AAYRDKLLQT VATYVNDQGF AELARRYAHN L ANARFLWR ...文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAS KPILSTASVL AFERKLDPSD ALMSAGAWAQ RDASQEWPAV TVREKSVRGT ISNRLKTKDR DPAKLDASI QSPNLQTVDV ANLPSDADTL KVRFTLRVLG GAGTPSACND AAYRDKLLQT VATYVNDQGF AELARRYAHN L ANARFLWR NRVGAEAVEV RINHIRQGEV ARAWRFDALA IGLRDFKADA ELDALAELIA SGLSGSGHVL LEVVAFARIG DG QEVFPSQ ELILDKGDKK GQKSKTLYSV RDAAAIHSQK IGNALRTIDT WYPDEDGLGP IAVEPYGSVT SQGKAYRQPK QKL DFYTLL DNWVLRDEAP AVEQQHYVIA NLIRGGVFGE AEEK UniProtKB: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 |
-分子 #5: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
分子 | 名称: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 21.427504 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDHYLDIRLR PDPEFPPAQL MSVLFGKLHQ ALVAQGGDRI GVSFPDLDES RSRLGERLRI HASADDLRAL LARPWLEGLR DHLQFGEPA VVPHPTPYRQ VSRVQAKSNP ERLRRRLMRR HDLSEEEARK RIPDTVARAL DLPFVTLRSQ STGQHFRLFI R HGPLQVTA EEGGFTCYGL SKGGFVPWF UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 |
-分子 #6: anti-CRISPR AcrIF9
分子 | 名称: anti-CRISPR AcrIF9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.863849 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKSTYIIKEV QNINSDREGV KVETTSLTSA KRIASKNQFF HGTVLRIESE SGNWLAYKED GKRWIECE UniProtKB: SH3b domain-containing protein |
-分子 #4: RNA (60-MER)
分子 | 名称: RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 19.265404 KDa |
配列 | 文字列: CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUUCACUGCC GUGUAGGCAG GENBANK: GENBANK: HQ326201.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: unspecified | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 1653 / 平均露光時間: 13.2 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |