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- EMDB-21458: Cryo-EM structure of Plasmodium vivax hexokinase (Open state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21458
タイトルCryo-EM structure of Plasmodium vivax hexokinase (Open state)
マップデータPlasmodium vivax hexokinase (Open state)
試料
  • 複合体: Plasmodium vivax hexokinase
    • タンパク質・ペプチド: Phosphotransferase
キーワードHexokinase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hexokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / fructokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphotransferase / Phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Srivastava SS / Darling JE
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canada Excellence Research Chair Award カナダ
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020
タイトル: and human hexokinases share similar active sites but display distinct quaternary architectures.
著者: Shanti Swaroop Srivastava / Joseph E Darling / Jimmy Suryadi / James C Morris / Mark E Drew / Sriram Subramaniam /
要旨: Malaria is a devastating disease caused by a protozoan parasite. It affects over 300 million individuals and results in over 400 000 deaths annually, most of whom are young children under the age ...Malaria is a devastating disease caused by a protozoan parasite. It affects over 300 million individuals and results in over 400 000 deaths annually, most of whom are young children under the age of five. Hexokinase, the first enzyme in glucose metabolism, plays an important role in the infection process and represents a promising target for therapeutic intervention. Here, cryo-EM structures of two conformational states of hexokinase (PvHK) are reported at resolutions of ∼3 Å. It is shown that unlike other known hexokinase structures, PvHK displays a unique tetrameric organization (∼220 kDa) that can exist in either open or closed quaternary conformational states. Despite the resemblance of the active site of PvHK to its mammalian counterparts, this tetrameric organization is distinct from that of human hexokinases, providing a foundation for the structure-guided design of parasite-selective antimalarial drugs.
履歴
登録2020年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月11日-
マップ公開2020年5月6日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vyf
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21458.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21458.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Plasmodium vivax hexokinase (Open state)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.862 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.862 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.862 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8354 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.05453369 - 0.097699694
平均 (標準偏差)0.000060049322 (±0.0045265285)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 213.8624 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.83539843750.83539843750.8353984375
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z213.862213.862213.862
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0550.0980.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium vivax hexokinase

全体名称: Plasmodium vivax hexokinase
要素
  • 複合体: Plasmodium vivax hexokinase
    • タンパク質・ペプチド: Phosphotransferase

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超分子 #1: Plasmodium vivax hexokinase

超分子名称: Plasmodium vivax hexokinase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)

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分子 #1: Phosphotransferase

分子名称: Phosphotransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
由来(天然)生物種: Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
分子量理論値: 56.851543 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GSMSYYNLEK DDTVYYKLDT IKCDIPINEE LQARINKHVN QLRITYSTLE EFVDNFVYEL KKGLEAHRRH PNLWIPHEC SFKMLDSCIA DIPTGQEKGT YYAIDFGGTN FRAVRASLDG NGKIKRDQET YSLKFTGTFS HEKGLLDKHA T ASQLFDHF ...文字列:
MRGSHHHHHH GSMSYYNLEK DDTVYYKLDT IKCDIPINEE LQARINKHVN QLRITYSTLE EFVDNFVYEL KKGLEAHRRH PNLWIPHEC SFKMLDSCIA DIPTGQEKGT YYAIDFGGTN FRAVRASLDG NGKIKRDQET YSLKFTGTFS HEKGLLDKHA T ASQLFDHF AERIKYIMGE FKDLDNPEGK NVGFTFSFPC TSPSINCSIL IDWTKGFETG RATNDPVEGR DVCKLMNDAF VR SEVPAKV CCVVNDAVGT LMSCAYQKGK TTPPCYIGII LGTGSNGCYY EPEWKKYKYS GKIINIELGN FDKDLPLSPI DLV MDWHSA NRSRQLFEKM ISGAYLGEIV RRFMVNVLQS ASSEKMWKSD SFNSELGSVV LNDTSPNFEE SRKVAKDAWD MDFT DEQIY ALRKICESVY NRSAALAAAA IAAIAKRIKI IEHSKFSCGV DGSLFVKNAW YCKRLQEHLK VILADKAENL IIIPA DDGS GKGAAITAAV VSQSSSIKQL P

UniProtKB: Phosphotransferase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.32 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 181611
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model generated in RELION 3.0 using particles selected from 2D classification
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 12604
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: Number of particles selected for 3D classification were 24390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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