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- EMDB-21441: ABCG2 in the apo-closed conformation in the presence of SN38 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21441
タイトルABCG2 in the apo-closed conformation in the presence of SN38
マップデータCryo-EM map of ABCG2 in the apo-closed conformation in the presence of SN38
試料
  • 複合体: ABCG2 reconstituted in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: ABCG2
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Orlando BJ / Maofu L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
American Cancer SocietyPF1721201DMC 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: ABCG2 transports anticancer drugs via a closed-to-open switch.
著者: Benjamin J Orlando / Maofu Liao /
要旨: ABCG2 is an ABC transporter that extrudes a variety of compounds from cells, and presents an obstacle in treating chemotherapy-resistant cancers. Despite recent structural insights, no anticancer ...ABCG2 is an ABC transporter that extrudes a variety of compounds from cells, and presents an obstacle in treating chemotherapy-resistant cancers. Despite recent structural insights, no anticancer drug bound to ABCG2 has been resolved, and the mechanisms of multidrug transport remain obscure. Such a gap of knowledge limits the development of novel compounds that block or evade this critical molecular pump. Here we present single-particle cryo-EM studies of ABCG2 in the apo state, and bound to the three structurally distinct chemotherapeutics. Without the binding of conformation-selective antibody fragments or inhibitors, the resting ABCG2 adopts a closed conformation. Our cryo-EM, biochemical, and functional analyses reveal the binding mode of three chemotherapeutic compounds, demonstrate how these molecules open the closed conformation of the transporter, and establish that imatinib is particularly effective in stabilizing the inward facing conformation of ABCG2. Together these studies reveal the previously unrecognized conformational cycle of ABCG2.
履歴
登録2020年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月25日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2020年5月20日-
現状2020年5月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21441.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of ABCG2 in the apo-closed conformation in the presence of SN38
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 192 pix.
= 236.16 Å		1.23 Å/pix.
x 192 pix.
= 236.16 Å		1.23 Å/pix.
x 192 pix.
= 236.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.065 / ムービー #1: 0.065
最小 - 最大-0.16759709 - 0.27397165
平均 (標準偏差)-0.00008790960 (±0.0131454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 236.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z236.160236.160236.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.1680.274-0.000

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添付データ

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追加マップ: Unfiltered and unsharpened cryo-EM map of ABCG2 in...

ファイルemd_21441_additional.map
注釈Unfiltered and unsharpened cryo-EM map of ABCG2 in the apo-closed conformation in the presence of SN38
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ABCG2 reconstituted in lipid nanodisc

全体名称: ABCG2 reconstituted in lipid nanodisc
要素
  • 複合体: ABCG2 reconstituted in lipid nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: ABCG2

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超分子 #1: ABCG2 reconstituted in lipid nanodisc

超分子名称: ABCG2 reconstituted in lipid nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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分子 #1: ABCG2

分子名称: ABCG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSSNVEVFI PVSQGNTNGF PATASNDLKA FTEGAVLSFH NICYRVKLKS GFLPCRKPVE KEILSNING IMKPGLNAIL GPTGGGKSSL LDVLAARKDP SGLSGDVLIN GAPRPANFKC N SGYVVQDD VVMGTLTVRE NLQFSAALRL ATTMTNHEKN ERINRVIQEL ...文字列:
MSSSNVEVFI PVSQGNTNGF PATASNDLKA FTEGAVLSFH NICYRVKLKS GFLPCRKPVE KEILSNING IMKPGLNAIL GPTGGGKSSL LDVLAARKDP SGLSGDVLIN GAPRPANFKC N SGYVVQDD VVMGTLTVRE NLQFSAALRL ATTMTNHEKN ERINRVIQEL GLDKVADSKV GT QFIRGVS GGERKRTSIG MELITDPSIL FLDEPTTGLD SSTANAVLLL LKRMSKQGRT IIF SIHQPR YSIFKLFDSL TLLASGRLMF HGPAQEALGY FESAGYHCEA YNNPADFFLD IING DSTAV ALNREEDFKA TEIIEPSKQD KPLIEKLAEI YVNSSFYKET KAELHQLSGG EKKKK ITVF KEISYTTSFC HQLRWVSKRS FKNLLGNPQA SIAQIIVTVV LGLVIGAIYF GLKNDS TGI QNRAGVLFFL TTNQCFSSVS AVELFVVEKK LFIHEYISGY YRVSSYFLGK LLSDLLP MR MLPSIIFTCI VYFMLGLKPK ADAFFVMMFT LMMVAYSASS MALAIAAGQS VVSVATLL M TICFVFMMIF SGLLVNLTTI ASWLSWLQYF SIPRYGFTAL QHNEFLGQNF CPGLNATGN NPCNYATCTG EEYLVKQGID LSPWGLWKNH VALACMIVIF LTIAYLKLLF LKKYS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMC4H11NO3Tris base
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 31000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 86755
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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