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万見
- EMDB-21382: Negative stain EM map of an MTA-HDAC-MBD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21382
タイトルNegative stain EM map of an MTA-HDAC-MBD complex
マップデータNegative stain EM map of an MTA-HDAC-MBD complex.
試料
  • 複合体: MHm complex
    • 複合体: Metastasis-associated protein MTA2,
      • タンパク質・ペプチド: Metastasis-associated protein MTA2
      • タンパク質・ペプチド: Methyl-CpG-binding protein MBD3/GATA zinc finger domain-containing protein 2A fusion
    • 複合体: Histone deacetylase 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase 1
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者Silva APG / Low JKK / Tabar MS / Torrado M / Schmidberger JW / Brillault L / Landsberg MJ / Mackay JP
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1012161 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: The Nucleosome Remodeling and Deacetylase Complex Has an Asymmetric, Dynamic, and Modular Architecture.
著者: Jason K K Low / Ana P G Silva / Mehdi Sharifi Tabar / Mario Torrado / Sarah R Webb / Benjamin L Parker / Maryam Sana / Callum Smits / Jason W Schmidberger / Lou Brillault / Matthew J Jackman ...著者: Jason K K Low / Ana P G Silva / Mehdi Sharifi Tabar / Mario Torrado / Sarah R Webb / Benjamin L Parker / Maryam Sana / Callum Smits / Jason W Schmidberger / Lou Brillault / Matthew J Jackman / David C Williams / Gerd A Blobel / Sandra B Hake / Nicholas E Shepherd / Michael J Landsberg / Joel P Mackay /
要旨: The nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) complex is essential for metazoan development but has been refractory to biochemical analysis. We present an integrated analysis of the native ...The nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) complex is essential for metazoan development but has been refractory to biochemical analysis. We present an integrated analysis of the native mammalian NuRD complex, combining quantitative mass spectrometry, cross-linking, protein biochemistry, and electron microscopy to define the architecture of the complex. NuRD is built from a 2:2:4 (MTA, HDAC, and RBBP) deacetylase module and a 1:1:1 (MBD, GATAD2, and Chromodomain-Helicase-DNA-binding [CHD]) remodeling module, and the complex displays considerable structural dynamics. The enigmatic GATAD2 controls the asymmetry of the complex and directly recruits the CHD remodeler. The MTA-MBD interaction acts as a point of functional switching, with the transcriptional regulator PWWP2A competing with MBD for binding to the MTA-HDAC-RBBP subcomplex. Overall, our data address the long-running controversy over NuRD stoichiometry, provide imaging of the mammalian NuRD complex, and establish the biochemical mechanism by which PWWP2A can regulate NuRD composition.
履歴
登録2020年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月26日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21382.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21382.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of an MTA-HDAC-MBD complex.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.79 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.06063687 - 0.45139435
平均 (標準偏差)0.0022417589 (±0.021404171)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ148148148
Spacing148148148
セルA=B=C: 412.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.792.792.79
M x/y/z148148148
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z412.920412.920412.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS148148148
D min/max/mean-0.0610.4510.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MHm complex

全体名称: MHm complex
要素
  • 複合体: MHm complex
    • 複合体: Metastasis-associated protein MTA2,
      • タンパク質・ペプチド: Metastasis-associated protein MTA2
      • タンパク質・ペプチド: Methyl-CpG-binding protein MBD3/GATA zinc finger domain-containing protein 2A fusion
    • 複合体: Histone deacetylase 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase 1

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超分子 #1: MHm complex

超分子名称: MHm complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Complex formed by HA-MTA2(1-429), HA-HDAC1 and FLAG-MBD3cc that were recombinantly expressed in HEK293 cells.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293
分子量実験値: 300 KDa

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超分子 #2: Metastasis-associated protein MTA2,

超分子名称: Metastasis-associated protein MTA2, / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

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超分子 #3: Histone deacetylase 1

超分子名称: Histone deacetylase 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Metastasis-associated protein MTA2

分子名称: Metastasis-associated protein MTA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAANMYRVGD YVYFENSSSN PYLVRRIEEL NKTANGNVEA KVVCLFRRRD ISSSLNSLAD SNAREFEEE SKQPGVSEQQ RHQLKHRELF LSRQFESLPA THIRGKCSVT LLNETDILNQ Y LDKEDCFF YSLVFDPVQK TLLADQGEIR VGCKFQAEIP DRLAEGESDN ...文字列:
MAANMYRVGD YVYFENSSSN PYLVRRIEEL NKTANGNVEA KVVCLFRRRD ISSSLNSLAD SNAREFEEE SKQPGVSEQQ RHQLKHRELF LSRQFESLPA THIRGKCSVT LLNETDILNQ Y LDKEDCFF YSLVFDPVQK TLLADQGEIR VGCKFQAEIP DRLAEGESDN RNQQKMEMKV WD PDNPLTD RQIDQFLVVA RAVGTFARAL DCSSSIRQPS LHMSAAAASR DITLFHAMDT LQR NGYDLA KAMSTLVPQG GPVLCRDEME EWSASEAMLF EEALEKYGKD FNDIRQDFLP WKSL ASIVQ FYYMWKTTDR YIQQKRLKAA EADSKLKQVY IPTYTKPNPN QIISVGSKPG MNGAG FQKG LTCESCHTTQ SAQWYAWGPP NMQCRLCASC WIYWKKYGGL KTPTQLEGAA RGTTEP HSR GHLSRP

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分子 #2: Histone deacetylase 1

分子名称: Histone deacetylase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAQTQGTRRK VCYYYDGDVG NYYYGQGHPM KPHRIRMTHN LLLNYGLYRK MEIYRPHKAN AEEMTKYHS DDYIKFLRSI RPDNMSEYSK QMQRFNVGED CPVFDGLFEF CQLSTGGSVA S AVKLNKQQ TDIAVNWAGG LHHAKKSEAS GFCYVNDIVL AILELLKYHQ ...文字列:
MAQTQGTRRK VCYYYDGDVG NYYYGQGHPM KPHRIRMTHN LLLNYGLYRK MEIYRPHKAN AEEMTKYHS DDYIKFLRSI RPDNMSEYSK QMQRFNVGED CPVFDGLFEF CQLSTGGSVA S AVKLNKQQ TDIAVNWAGG LHHAKKSEAS GFCYVNDIVL AILELLKYHQ RVLYIDIDIH HG DGVEEAF YTTDRVMTVS FHKYGEYFPG TGDLRDIGAG KGKYYAVNYP LRDGIDDESY EAI FKPVMS KVMEMFQPSA VVLQCGSDSL SGDRLGCFNL TIKGHAKCVE FVKSFNLPML MLGG GGYTI RNVARCWTYE TAVALDTEIP NELPYNDYFE YFGPDFKLHI SPSNMTNQNT NEYLE KIKQ RLFENLRMLP HAPGVQMQAI PEDAIPEESG DEDEDDPDKR ISICSSDKRI ACEEEF SDS EEEGEGGRKN SSNFKKAKRV KTEDEKEKDP EEKKEVTEEE KTKEEKPEAK GVKEEVK LA

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分子 #3: Methyl-CpG-binding protein MBD3/GATA zinc finger domain-containin...

分子名称: Methyl-CpG-binding protein MBD3/GATA zinc finger domain-containing protein 2A fusion
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MERKRWECPA LPQGWEREEV PRRSGLSAGH RDVFYYSPSG KKFRSKPQLA RYLGGSMDLS TFDFRTGKM LMNKMNKSRQ RVRYDSSNQV KGKPDLNTAL PVRQTASIFK QPVTKITNHP S NKVKSDPQ KAVDQPRQLF WEKKLSGLSA FDIAEELVRT MDLPKGLQGV ...文字列:
MERKRWECPA LPQGWEREEV PRRSGLSAGH RDVFYYSPSG KKFRSKPQLA RYLGGSMDLS TFDFRTGKM LMNKMNKSRQ RVRYDSSNQV KGKPDLNTAL PVRQTASIFK QPVTKITNHP S NKVKSDPQ KAVDQPRQLF WEKKLSGLSA FDIAEELVRT MDLPKGLQGV GPGCTDETLL SA IASALHT STLPITGQLS AAVEKNPGVW LNTAQPLCKA FMVTDDDIRK QEELVQQVRK RLE EALMAD MLAHVEELAR DGEAPLDKAC AEEEEEEEEE EEEPEPERVS PEERERMIKQ LKEELRLEEA KLVLLKKLRQ SQIQKEATAQ K

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.027 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES-KOH
75.0 mMSodium ChlorideNaCl
3.0 mMDTT
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: Sample (5 microliters) was applied to a glow-discharged, carbon-coated 400-mesh copper grid (GSCu400CC, ProSciTech). After 2 minutes incubation time, the grid was blotted and washed with ten ...詳細: Sample (5 microliters) was applied to a glow-discharged, carbon-coated 400-mesh copper grid (GSCu400CC, ProSciTech). After 2 minutes incubation time, the grid was blotted and washed with ten drops of distilled water, blotting on a filter paper in between washes. The grid was then washed in a drop of 1 % (w/v) uranyl acetate, blotted and subsequently incubated in another drop of 1% (w/v) uranyl acetate solution for 30 seconds, blotted and allowed to air dry at room temperature.
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細Sample was a sample from GraFix purification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 325 / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

粒子像選択選択した数: 49216
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4bkx


詳細: We used as a startup model the PDB structure of the MTA1-HDAC1 dimer (PDB 4BKX).
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 8233
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 8233 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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