[日本語] English
万見
- EMDB-21211: Cryo-EM structure of a segment of the TF55 (beta-only) filament f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21211
タイトルCryo-EM structure of a segment of the TF55 (beta-only) filament from S. solfataricus
マップデータTF55 beta segment of filament, D9 symmetric
試料
  • 複合体: Octadecameric complex of TF55 chaperonin beta subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Thermosome, archaeal / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily ...Thermosome, archaeal / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Thermosome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.22 Å
データ登録者Zeng YC / Sobti M / Stewart AG
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1159347 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1146403 オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the Sulfolobus solfataricus TF55β chaperonin by cryo-electron microscopy.
著者: Yi Cheng Zeng / Meghna Sobti / Alastair G Stewart /
要旨: Chaperonins are biomolecular complexes that assist in protein folding. Thermophilic factor 55 (TF55) is a group II chaperonin found in the archaeal genus Sulfolobus that has α, β and γ subunits. ...Chaperonins are biomolecular complexes that assist in protein folding. Thermophilic factor 55 (TF55) is a group II chaperonin found in the archaeal genus Sulfolobus that has α, β and γ subunits. Using cryo-electron microscopy, structures of the β-only complex of S. solfataricus TF55 (TF55β) were determined to 3.6-4.2 Å resolution. The structures of the TF55β complexes formed in the presence of ADP or ATP highlighted an open state in which nucleotide exchange can occur before progressing in the refolding cycle.
履歴
登録2020年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2021年10月6日-
現状2021年10月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21211.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21211.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TF55 beta segment of filament, D9 symmetric
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.6 Å/pix.
x 300 pix.
= 480. Å		1.6 Å/pix.
x 300 pix.
= 480. Å		1.6 Å/pix.
x 300 pix.
= 480. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.75 / ムービー #1: 0.75
最小 - 最大-0.85187584 - 3.3068626
平均 (標準偏差)0.0035994954 (±0.17977454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 480.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.61.61.6
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z480.000480.000480.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.8523.3070.004

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_21211_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: TF55 beta segment of filament, D9 symmetric

ファイルemd_21211_half_map_1.map
注釈TF55 beta segment of filament, D9 symmetric
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: TF55 beta segment of filament, D9 symmetric

ファイルemd_21211_half_map_2.map
注釈TF55 beta segment of filament, D9 symmetric
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Octadecameric complex of TF55 chaperonin beta subunit

全体名称: Octadecameric complex of TF55 chaperonin beta subunit
要素
  • 複合体: Octadecameric complex of TF55 chaperonin beta subunit

-
超分子 #1: Octadecameric complex of TF55 chaperonin beta subunit

超分子名称: Octadecameric complex of TF55 chaperonin beta subunit
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 1.08 MDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mmol/LC4H11NO3tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
2.0 mmol/LMgCl2magnesium chloride
1.0 mmol/LC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic acid
100.0 mmol/LNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 5 seconds.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.0)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Stochastic Gradient Descent (ab initio reconstruction in cryoSPARC)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D9 (2回x9回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.0) / 使用した粒子像数: 32363
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る