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- EMDB-21192: human non-clustered delta protocadherin 10 on membranes tomogram 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21192
タイトルhuman non-clustered delta protocadherin 10 on membranes tomogram 2
マップデータhuman delta protocadherin 10 full ectodomains on membranes tomogram 2
試料
  • 複合体: trans dimers of protocadherin 10 extracellular domains formed between membranes of liposomes
    • 複合体: human delta protocadherin 10
      • タンパク質・ペプチド: human protocadherin 10
    • 複合体: liposomes
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Brasch J / Harrison OJ / Noble AJ / Carragher B / Potter CS
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM118584 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM103310 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental HealthR01MH114817 米国
Other governmentNYSTAR 米国
Other privatethe Simons Foundation (SF349247) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesF32GM128303 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Family-wide Structural and Biophysical Analysis of Binding Interactions among Non-clustered δ-Protocadherins.
著者: Oliver J Harrison / Julia Brasch / Phinikoula S Katsamba / Goran Ahlsen / Alex J Noble / Hanbin Dan / Rosemary V Sampogna / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Barry Honig / Lawrence Shapiro /
要旨: Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the ...Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the molecular interactions underlying these functions, we used solution biophysics to characterize binding of δ1- and δ2-protocadherins, determined crystal structures of ectodomain complexes from each family, and assessed ectodomain assembly in reconstituted intermembrane junctions by cryoelectron tomography (cryo-ET). Homophilic trans (cell-cell) interactions were preferred for all δ-protocadherins, with additional weaker heterophilic interactions observed exclusively within each subfamily. As expected, δ1- and δ2-protocadherin trans dimers formed through antiparallel EC1-EC4 interfaces, like clustered protocadherins. However, no ectodomain-mediated cis (same-cell) interactions were detectable in solution; consistent with this, cryo-ET of reconstituted junctions revealed dense assemblies lacking the characteristic order observed for clustered protocadherins. Our results define non-clustered protocadherin binding properties and their structural basis, providing a foundation for interpreting their functional roles in neural patterning.
履歴
登録2020年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月5日-
マップ公開2020年3月11日-
更新2020年3月11日-
現状2020年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_21192.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21192.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human delta protocadherin 10 full ectodomains on membranes tomogram 2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.34344 Å
密度
最小 - 最大-7.278857 - 6.3346405
平均 (標準偏差)-0.00000000441 (±0.99999964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-410
サイズ12811152410
Spacing11521281410
セルA: 8459.643 Å / B: 9406.946 Å / C: 3010.8103 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.34344010416677.34343950039037.3434390243902
M x/y/z11521281410
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z8459.6439406.9463010.810
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-410
NC/NR/NS11521281410
D min/max/mean-7.2796.335-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : trans dimers of protocadherin 10 extracellular domains formed bet...

全体名称: trans dimers of protocadherin 10 extracellular domains formed between membranes of liposomes
要素
  • 複合体: trans dimers of protocadherin 10 extracellular domains formed between membranes of liposomes
    • 複合体: human delta protocadherin 10
      • タンパク質・ペプチド: human protocadherin 10
    • 複合体: liposomes

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超分子 #1: trans dimers of protocadherin 10 extracellular domains formed bet...

超分子名称: trans dimers of protocadherin 10 extracellular domains formed between membranes of liposomes
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: purified full ectodomains of protocadherin 10 are tethered to Ni-NTA lipid head groups presented on the liposome surface through binding of C-terminal hexa-histidine tags
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: human delta protocadherin 10

超分子名称: human delta protocadherin 10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
詳細: full ectodomain of human delta protocadherin 10 with a C-termin hexa histidine tag

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超分子 #3: liposomes

超分子名称: liposomes / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: liposomes composed of DOPC and DOGS-NTA (8:2 ratio) with 100nm diameter

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分子 #1: human protocadherin 10

分子名称: human protocadherin 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SQLHYTVQEE QEHGTFVGNI AEDLGLDITK LSARGFQTVP NSR TPYLDL NLETGVLYVN EKIDREQICK QSPSCVLHLE VFLENPLELF QVEIEVLDIN DNPP SFPEP DLTVEISESA TPGTRFPLES AFDPDVGTNS LRDYEITPNS YFSLDVQTQG DGNRF AELV ...文字列:
SQLHYTVQEE QEHGTFVGNI AEDLGLDITK LSARGFQTVP NSR TPYLDL NLETGVLYVN EKIDREQICK QSPSCVLHLE VFLENPLELF QVEIEVLDIN DNPP SFPEP DLTVEISESA TPGTRFPLES AFDPDVGTNS LRDYEITPNS YFSLDVQTQG DGNRF AELV LEKPLDREQQ AVHRYVLTAV DGGGGGGVGE GGGGGGGAGL PPQQQRTGTA LLTIRV LDS NDNVPAFDQP VYTVSLPENS PPGTLVIQLN ATDPDEGQNG EVVYSFSSHI SPRAREL FG LSPRTGRLEV SGELDYEESP VYQVYVQAKD LGPNAVPAHC KVLVRVLDAN DNAPEISF S TVKEAVSEGA APGTVVALFS VTDRDSEENG QVQCELLGDV PFRLKSSFKN YYTIVTEAP LDREAGDSYT LTVVARDRGE PALSTSKSIQ VQVSDVNDNA PRFSQPVYDV YVTENNVPGA YIYAVSATD RDEGANAQLA YSILECQIQG MSVFTYVSIN SENGYLYALR SFDYEQLKDF S FQVEARDA GSPQALAGNA TVNILIVDQN DNAPAIVAPL PGRNGTPARE VLPRSAEPGY LL TRVAAVD ADDGENARLT YSIVRGNEMN LFRMDWRTGE LRTARRVPAK RDPQRPYELV IEV RDHGQP PLSSTATLVV QLVDGAVEPQ GGGGSGGGGS GEHQRPSRSG GGETSLDLTH HHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMKClpotassium chloride
25.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
3.0 mMCaCl2Calcium chloride
5.0 v/v %glycerolglycerol
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 65 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: 2.5 second blot before plunging..
詳細aggregated liposomes were deposited onto EM grids
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / 球面収差補正装置: Cs corrector (CEOS GmbH) / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 60 / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 3.15 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / ソフトウェア - 詳細: part of Appion-protomo 2.4.1 / 使用した粒子像数: 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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