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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21126 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Cascade-TniQ binary complex | |||||||||
マップデータ | Cascade-TniQ binary complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR-Cas system / Cascade- TniQ / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Jia N / Patel DJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Structure-function insights into the initial step of DNA integration by a CRISPR-Cas-Transposon complex. 著者: Ning Jia / Wei Xie / M Jason de la Cruz / Edward T Eng / Dinshaw J Patel / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21126.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21126-v30.xml emd-21126.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21126_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21126.png | 70.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21126.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21126 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21126 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21126_validation.pdf.gz | 413.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21126_full_validation.pdf.gz | 413.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21126_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21126_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21126 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21126 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cascade-TniQ binary complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cascade-TniQ binary complex
全体 | 名称: Cascade-TniQ binary complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cascade-TniQ binary complex
超分子 | 名称: Cascade-TniQ binary complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
-分子 #1: RNA (61-MER)
分子 | 名称: RNA (61-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 19.566543 KDa |
配列 | 文字列: CUGAUAACUU ACAGGACGCU UUGGCUUCAU UGCUUUUCAG GUGAACUGCC GAGUAGGUAG A |
-分子 #2: Cas8
分子 | 名称: Cas8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 72.29493 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG ...文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG CSQKTCKAMA KQLADITLTT INVTLAPNYL TQISLPDSDT SYISLSPVAS LSMQSHFHQR LQDENRHSAI TR FSRTTNM GVTAMTCGGA FRMLKSGAKF SSPPHHRLNS KRSWLTSEHV QSLKQYQRLN KSLIPENSRI ALRRKYKIEL QNM VRSWFA MQDHTLDSNI LIQHLNHDLS YLGATKRFAY DPAMTKLFTE LLKRELSNSI NNGEQHTNGS FLVLPNIRVC GATA LSSPV TVGIPSLTAF FGFVHAFERN INRTTSSFRV ESFAICVHQL HVEKRGLTAE FVEKGDGTIS APATRDDWQC DVVFS LILN TNFAQHIDQD TLVTSLPKRL ARGSAKIAID DFKHINSFST LETAIESLPI EAGRWLSLYA QSNNNLSDLL AAMTED HQL MASCVGYHLL EEPKDKPNSL RGYKHAIAEC IIGLINSITF SSETDPNTIF WSLKNYQNYL VVQPRSINDE TTDKSSL |
-分子 #3: TniQ family protein
分子 | 名称: TniQ family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 45.597867 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD ...文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD YRVSGLKGIC CKCKEPITLT SRENGHEAAC TVSNWLAGHE SKPLPNLPKS YRWGLVHWWM GIKDSEFDHF SF VQFFSNW PRSFHSIIED EVEFNLEHAV VSTSELRLKD LLGRLFFGSI RLPERNLQHN IILGELLCYL ENRLWQDKGL IAN LKMNAL EATVMLNCSL DQIASMVEQR ILKPNRKSKP NSPLDVTDYL FHFGDIFCLW LAEFQSDEFN RSFYVSRW |
-分子 #4: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3
分子 | 名称: Type I-F CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 39.886031 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKLPTNLAYE RSIDPSDVCF FVVWPDDRKT PLTYNSRTLL GQMEAASLAY DVSGQPIKSA TAEALAQGNP HQVDFCHVPY GASHIECSF SVSFSSELRQ PYKCNSSKVK QTLVQLVELY ETKIGWTELA TRYLMNICNG KWLWKNTRKA YCWNIVLTPW P WNGEKVGF ...文字列: MKLPTNLAYE RSIDPSDVCF FVVWPDDRKT PLTYNSRTLL GQMEAASLAY DVSGQPIKSA TAEALAQGNP HQVDFCHVPY GASHIECSF SVSFSSELRQ PYKCNSSKVK QTLVQLVELY ETKIGWTELA TRYLMNICNG KWLWKNTRKA YCWNIVLTPW P WNGEKVGF EDIRTNYTSR QDFKNNKNWS AIVEMIKTAF SSTDGLAIFE VRATLHLPTN AMVRPSQVFT EKESGSKSKS KT QNSRVFQ STTIDGERSP ILGAFKTGAA IATIDDWYPE ATEPLRVGRF GVHREDVTCY RHPSTGKDFF SILQQAEHYI EVL SANKTP AQETINDMHF LMANLIKGGM FQHKGD |
-分子 #5: Type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
分子 | 名称: Type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 23.13043 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKWYYKTITF LPELCNNESL AAKCLRVLHG FNYQYETRNI GVSFPLWCDA TVGKKISFVS KNKIELDLLL KQHYFVQMEQ LQYFHISNT VLVPEDCTYV SFRRCQSIDK LTAAGLARKI RRLEKRALSR GEQFDPSSFA QKEHTAIAHY HSLGESSKQT N RNFRLNIR ...文字列: MKWYYKTITF LPELCNNESL AAKCLRVLHG FNYQYETRNI GVSFPLWCDA TVGKKISFVS KNKIELDLLL KQHYFVQMEQ LQYFHISNT VLVPEDCTYV SFRRCQSIDK LTAAGLARKI RRLEKRALSR GEQFDPSSFA QKEHTAIAHY HSLGESSKQT N RNFRLNIR MLSEQPREGN SIFSSYGLSN SENSFQPVPL I |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 式: Tris / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.16 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |