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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21098 | |||||||||
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タイトル | arm lobe (multibody) | |||||||||
マップデータ | Arm lobe (multibody) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Patel AB / Moore CM / Greber BJ / Nogales E | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Architecture of the chromatin remodeler RSC and insights into its nucleosome engagement. 著者: Avinash B Patel / Camille M Moore / Basil J Greber / Jie Luo / Stefan A Zukin / Jeff Ranish / Eva Nogales / 要旨: Eukaryotic DNA is packaged into nucleosome arrays, which are repositioned by chromatin remodeling complexes to control DNA accessibility. The RSC (emodeling the tructure of hromatin) complex, a ...Eukaryotic DNA is packaged into nucleosome arrays, which are repositioned by chromatin remodeling complexes to control DNA accessibility. The RSC (emodeling the tructure of hromatin) complex, a member of the SWI/SNF chromatin remodeler family, plays critical roles in genome maintenance, transcription, and DNA repair. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) and crosslinking mass spectrometry (CLMS) studies of yeast RSC complex and show that RSC is composed of a rigid tripartite core and two flexible lobes. The core structure is scaffolded by an asymmetric Rsc8 dimer and built with the evolutionarily conserved subunits Sfh1, Rsc6, Rsc9 and Sth1. The flexible ATPase lobe, composed of helicase subunit Sth1, Arp7, Arp9 and Rtt102, is anchored to this core by the N-terminus of Sth1. Our cryo-EM analysis of RSC bound to a nucleosome core particle shows that in addition to the expected nucleosome-Sth1 interactions, RSC engages histones and nucleosomal DNA through one arm of the core structure, composed of the Rsc8 SWIRM domains, Sfh1 and Npl6. Our findings provide structural insights into the conserved assembly process for all members of the SWI/SNF family of remodelers, and illustrate how RSC selects, engages, and remodels nucleosomes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21098.map.gz | 85 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21098-v30.xml emd-21098.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21098_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21098.png | 38.7 KB | ||
マスクデータ | emd_21098_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_21098_half_map_1.map.gz emd_21098_half_map_2.map.gz | 62.1 MB 62.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21098 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21098 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21098_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21098_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21098_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21098 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21098 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Arm lobe (multibody) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.439 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21098_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Arm lobe (multibody)
ファイル | emd_21098_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Arm lobe (multibody) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Arm lobe (multibody)
ファイル | emd_21098_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Arm lobe (multibody) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Remodeling the Structure of Chromatin (RSC)
全体 | 名称: Remodeling the Structure of Chromatin (RSC) |
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要素 |
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-超分子 #1: Remodeling the Structure of Chromatin (RSC)
超分子 | 名称: Remodeling the Structure of Chromatin (RSC) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 1.1 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | .5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Toguro plasma cleaner |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: BT 2-3s; BF 0N. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 8122 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 46339 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |