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万見
- EMDB-2105: Single particle electron microscopy of PilQ dodecameric complexes... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2105
タイトルSingle particle electron microscopy of PilQ dodecameric complexes from Neisseria meningitidis.
マップデータReconstruction of outer membrane protein complex PilQ.
試料
  • 試料: Outer membrane protein PilQ from Neisseria meningitidis
  • タンパク質・ペプチド: PilQ
キーワードOuter membrane protein / PilQ / pilus biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transport / establishment of competence for transformation / protein secretion / cell outer membrane / protein transport / membrane
類似検索 - 分子機能
Type IV pilus inner membrane component PilP / : / Pilus assembly protein, PilP / Type IV pilus secretin PilQ / Type IV pilus secretin PilQ / AMIN domain / AMIN domain / AMIN domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain ...Type IV pilus inner membrane component PilP / : / Pilus assembly protein, PilP / Type IV pilus secretin PilQ / Type IV pilus secretin PilQ / AMIN domain / AMIN domain / AMIN domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / GspD/PilQ family / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV pilus biogenesis and competence protein PilQ / PilP protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Berry JL / Phelan MM / Collins RF / Adomavicius T / Tonjum T / Frye S / Bird L / Owens R / Ford RC / Lian LY / Derrick JP
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2012
タイトル: Structure and assembly of a trans-periplasmic channel for type IV pili in Neisseria meningitidis.
著者: Jamie-Lee Berry / Marie M Phelan / Richard F Collins / Tomas Adomavicius / Tone Tønjum / Stefan A Frye / Louise Bird / Ray Owens / Robert C Ford / Lu-Yun Lian / Jeremy P Derrick /
要旨: Type IV pili are polymeric fibers which protrude from the cell surface and play a critical role in adhesion and invasion by pathogenic bacteria. The secretion of pili across the periplasm and outer ...Type IV pili are polymeric fibers which protrude from the cell surface and play a critical role in adhesion and invasion by pathogenic bacteria. The secretion of pili across the periplasm and outer membrane is mediated by a specialized secretin protein, PilQ, but the way in which this large channel is formed is unknown. Using NMR, we derived the structures of the periplasmic domains from N. meningitidis PilQ: the N-terminus is shown to consist of two β-domains, which are unique to the type IV pilus-dependent secretins. The structure of the second β-domain revealed an eight-stranded β-sandwich structure which is a novel variant of the HSP20-like fold. The central part of PilQ consists of two α/β fold domains: the structure of the first of these is similar to domains from other secretins, but with an additional α-helix which links it to the second α/β domain. We also determined the structure of the entire PilQ dodecamer by cryoelectron microscopy: it forms a cage-like structure, enclosing a cavity which is approximately 55 Å in internal diameter at its largest extent. Specific regions were identified in the density map which corresponded to the individual PilQ domains: this allowed us to dock them into the cryoelectron microscopy density map, and hence reconstruct the entire PilQ assembly which spans the periplasm. We also show that the C-terminal domain from the lipoprotein PilP, which is essential for pilus assembly, binds specifically to the first α/β domain in PilQ and use NMR chemical shift mapping to generate a model for the PilP:PilQ complex. We conclude that passage of the pilus fiber requires disassembly of both the membrane-spanning and the β-domain regions in PilQ, and that PilP plays an important role in stabilising the PilQ assembly during secretion, through its anchorage in the inner membrane.
履歴
登録2012年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月3日-
マップ公開2012年10月10日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.333
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.333
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4av2
  • 表面レベル: 0.333
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2105.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of outer membrane protein complex PilQ.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.53 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.28 / ムービー #1: 0.333
最小 - 最大-0.11259504 - 0.34620619
平均 (標準偏差)0.09523162 (±0.06463852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 289.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.534.534.53
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z289.920289.920289.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.1130.3460.095

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outer membrane protein PilQ from Neisseria meningitidis

全体名称: Outer membrane protein PilQ from Neisseria meningitidis
要素
  • 試料: Outer membrane protein PilQ from Neisseria meningitidis
  • タンパク質・ペプチド: PilQ

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超分子 #1000: Outer membrane protein PilQ from Neisseria meningitidis

超分子名称: Outer membrane protein PilQ from Neisseria meningitidis
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Isolated from Neisserial membranes. / 集合状態: Dodecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 960 KDa / 理論値: 960 KDa / 手法: From sequence

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分子 #1: PilQ

分子名称: PilQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌) / 細胞中の位置: Outer membrane
分子量実験値: 960 KDa / 理論値: 960 KDa
配列GO: transport, protein secretion, protein transport, establishment of competence for transformation, cell outer membrane, membrane
InterPro: AMIN domain, GspD/PilQ family, NolW-like, Type IV pilus secretin PilQ, Secretin/TonB, short N-terminal domain, Type II/III secretion system, Type II secretion system protein GspD, conserved site

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM EDTA, and 0.1% (w/v) Zwittergent 3-10
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Unstained: Both sides of the grid were briefly blotted dry with Whatman No. 1 filter paper (2 x 1s blots) using a Vitrobot (FEI) device (90% relative humidity), and the grid was then ...詳細: Unstained: Both sides of the grid were briefly blotted dry with Whatman No. 1 filter paper (2 x 1s blots) using a Vitrobot (FEI) device (90% relative humidity), and the grid was then immediately plunged into liquid ethane maintained at <100K.
グリッド詳細: 400 mesh Quantifoil holey carbon grid with 1.2 micron diameter holes.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Both sides of the grid were briefly blotted dry with Whatman No. 1 filter paper in a humidity-controlled chamber using a Vitrobot (FEI) device (90% relative humidity), and the grid was then ...手法: Both sides of the grid were briefly blotted dry with Whatman No. 1 filter paper in a humidity-controlled chamber using a Vitrobot (FEI) device (90% relative humidity), and the grid was then plunged into liquid ethane maintained at <100K.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 94 K / 最高: 100 K / 平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Via FFT
日付2007年11月27日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 55 / 平均電子線量: 4 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 33112 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細29000
CTF補正詳細: CTFFIT each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: Two different starting models were employed with convergence between them. This map was generated from model 1.
使用した粒子像数: 25303
最終 2次元分類クラス数: 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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