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- EMDB-21033: Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 50S subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21033
タイトルCryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 50S subunit
マップデータCryo-EM map of 50S ribosomal subunit from A. baumannii
試料
  • 複合体: Acinetobacter baumannii Large Ribosomal Subunit
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 4種
キーワードRibosome / Acinetobacter baumannii
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. ...Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL20
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア) / Acinetobacter sp. CIP 51.11 (バクテリア) / Acinetobacter beijerinckii ANC 3835 (バクテリア) / Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) / Acinetobacter sp. ANC 4470 (バクテリア) / Acinetobacter sp. NIPH 899 (バクテリア) / Acinetobacter baumannii (バクテリア) / Acinetobacter sp. 809848 (バクテリア) / Acinetobacter rudis CIP 110305 (バクテリア) / Acinetobacter sp. CIP 102082 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Morgan CE / Yu EW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron Microscopy Structure of the Acinetobacter baumannii 70S Ribosome and Implications for New Antibiotic Development.
著者: Christopher E Morgan / Wei Huang / Susan D Rudin / Derek J Taylor / James E Kirby / Robert A Bonomo / Edward W Yu /
要旨: Antimicrobial resistance is a major health threat as it limits treatment options for infection. At the forefront of this serious issue is , a Gram-negative opportunistic pathogen that exhibits the ...Antimicrobial resistance is a major health threat as it limits treatment options for infection. At the forefront of this serious issue is , a Gram-negative opportunistic pathogen that exhibits the remarkable ability to resist antibiotics through multiple mechanisms. As bacterial ribosomes represent a target for multiple distinct classes of existing antimicrobial agents, we here use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to elucidate five different structural states of the ribosome, including the 70S, 50S, and 30S forms. We also determined interparticle motions of the 70S ribosome in different tRNA bound states using three-dimensional (3D) variability analysis. Together, our structural data further our understanding of the ribosome from and other Gram-negative pathogens and will enable structure-based drug discovery to combat antibiotic-resistant bacterial infections. is a severe nosocomial threat largely due to its intrinsic antibiotic resistance and remarkable ability to acquire new resistance determinants. The bacterial ribosome serves as a major target for modern antibiotics and the design of new therapeutics. Here, we present cryo-EM structures of the 70S ribosome, revealing several unique species-specific structural features that may facilitate future drug development to combat this recalcitrant bacterial pathogen.
履歴
登録2019年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月8日-
マップ公開2020年2月5日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6v3d
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21033.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21033.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of 50S ribosomal subunit from A. baumannii
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 544.768 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 544.768 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 544.768 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.2319249 - 2.8772638
平均 (標準偏差)-0.003741804 (±0.086828135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 544.768 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0641.0641.064
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z544.768544.768544.768
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ29921935
NX/NY/NZ271234450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-1.2322.877-0.004

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添付データ

-
追加マップ: Cryo-EM map of 50S ribosomal subunit from A....

ファイルemd_21033_additional.map
注釈Cryo-EM map of 50S ribosomal subunit from A. baumannii, locally filtered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Acinetobacter baumannii Large Ribosomal Subunit

全体名称: Acinetobacter baumannii Large Ribosomal Subunit
要素
  • 複合体: Acinetobacter baumannii Large Ribosomal Subunit
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 23s ribosomal RNA
    • RNA: 5s ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Acinetobacter baumannii Large Ribosomal Subunit

超分子名称: Acinetobacter baumannii Large Ribosomal Subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
分子量理論値: 2.3 MDa

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. CIP 51.11 (バクテリア)
分子量理論値: 6.10531 KDa
配列文字列:
MRDKIRLVSS AGTGYFYTTT KNKRTMPEKM EIKKFDPKIR QHVIFKEAKI K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter beijerinckii ANC 3835 (バクテリア)
分子量理論値: 5.192247 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSEL KRKRVHGFRA RMATKAGRQV LARRRAKGRH SLTV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 7.424098 KDa
配列文字列:
MAKLKTRRGA AKRFKATANG FKRKQAFKRH ILTKKSAKRI RQLRGCVMVH VSDVASVRRM CPYI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. ANC 4470 (バクテリア)
分子量理論値: 4.276201 KDa
配列文字列:
MKVQASVKKI CGSCKVIRRN GVIRVICSAE PRHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 30.346115 KDa
配列文字列: MPIQKCKPTS PGRRFVEKVV HDHLHKGAPY APLVEAKKRT GGRNNNGHIT TRHVGGGHKQ HYRIVDFKRN KDGVPAVVER IEYDPNRTA HIALLKYADG ERRYIIAPKG LRAGDKVQSG NDAPIRPGNC LPLRNMPIGS TLHNVELKIG KGAQLARSAG A SVQLLGRD ...文字列:
MPIQKCKPTS PGRRFVEKVV HDHLHKGAPY APLVEAKKRT GGRNNNGHIT TRHVGGGHKQ HYRIVDFKRN KDGVPAVVER IEYDPNRTA HIALLKYADG ERRYIIAPKG LRAGDKVQSG NDAPIRPGNC LPLRNMPIGS TLHNVELKIG KGAQLARSAG A SVQLLGRD GSYAIIRLRS GEMRKVHVEC RAVIGEVSNQ ENNLRSLGKA GAARWRGVRP TVRGMAMNPI DHPHGGGEGR NK GIQPVSP WGQKAKGYKT RTNKRTTKMI IRDRRVK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 22.512639 KDa
配列文字列: MAIGLVGRKC GMTRIFTDAG VSVPVTVIEV DPNRITQIKT LETDGYQAVQ VTTGERRESR VTNAQKGHFA KAGVAAGRLV KEFRVTEAE LEGREVGGTI GVDLFTVGQI VDVTGQSKGK GFQGGVKRWN FRTQDATHGN SVSHRVLGST GQNQTPGRVF K GKKMAGHL ...文字列:
MAIGLVGRKC GMTRIFTDAG VSVPVTVIEV DPNRITQIKT LETDGYQAVQ VTTGERRESR VTNAQKGHFA KAGVAAGRLV KEFRVTEAE LEGREVGGTI GVDLFTVGQI VDVTGQSKGK GFQGGVKRWN FRTQDATHGN SVSHRVLGST GQNQTPGRVF K GKKMAGHL GDERVTVQGL EIVSVDTERS VLVVKGAIPG ATGGDVIVRP TIKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 21.583904 KDa
配列文字列: MNLKTVSGSA VELSEVAFGR EFNEALVHQV VTAYLAGGRQ GTRAHKSRAD VSGGGKKPFR QKGTGRARAG SIRSPIWVGG GKTFAARPQ DWSQKVNRKM YRGAMQCILA ELVRQDRLVL VEEFAVAAPK TKELLAKLND LNAARALIVT DAVDENLYLA A RNLPHVDV ...文字列:
MNLKTVSGSA VELSEVAFGR EFNEALVHQV VTAYLAGGRQ GTRAHKSRAD VSGGGKKPFR QKGTGRARAG SIRSPIWVGG GKTFAARPQ DWSQKVNRKM YRGAMQCILA ELVRQDRLVL VEEFAVAAPK TKELLAKLND LNAARALIVT DAVDENLYLA A RNLPHVDV VDATAIDPVS LIAFDKVVMS VAAAKKIEVE LG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 20.051471 KDa
配列文字列:
MARLKARYND ELKAKLQEEL SIKNVMEIPR ITKITLNMGV GAAATDKKLL DGAVADMQLI AGQKPVVTLA RKSIAGFKIR DGWPIGCKV TLRGDQMYEF LDRLISIAIP RIRDFRGFSA KSFDGRGNYS MGLKEQIVFP EIDFDKIDRI RGMDITITTT A RTDDEGRA LMRAFGFPFK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 19.126047 KDa
配列文字列:
MSRVAKAPVT VPNGVTVTQN GRQVEVKGSK GTLSFNLHAL VELKQEEGKL QLAPAKESKD AWMQAGTARA VLNNLVKGVS EGFERKLQL VGVGYKAAVK GTVVNLNLGY SHPIDYALPE GVTAETPTAT EIILKSANKQ LLGQVAAEIR AYRSPEPYKG K GVRYSDEV ILRKEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 15.800955 KDa
配列文字列:
MDVILLQRIK NLGKLGDKVS VKAGYGRNFL IPQGKAVAAT EANTAAFEAR RAELEKQEAE VLAAAQARAE QLNEVNIVIT AKAGDEGKL FGSIGTRDIA DALTNAGLTV DRAEVRLPNG ALRHTGEFNI AIQLHHDVVA EVLVTIVSE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 15.981466 KDa
配列文字列:
MKTLSAKPAE VQHDWFVVDA TGKTLGRLAT EIARRLRGKH KTSYTPHVDT GDYIIVINAE QVQVTGNKAL DKKYYRHTEF PGGLKETNF EKLVAHKPEE IFERAVKGML PKGPLGYAMI KKMKVYAGSE HPHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. NIPH 899 (バクテリア)
分子量理論値: 13.523863 KDa
配列文字列:
MIQTETMLDV ADNSGARRVQ CIKVLGGSHR RYASVGDIIK VTVKEAIPRA RVKKGDVMNA VVVRTKFGIR RPDGSVIRFD DNAAVILNN NKAPIATRIF GPVTRELRTE QFMKIISLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 15.509915 KDa
配列文字列:
MTLRLNELAP AEGAKREHRR LGRGIGSGVG KTGGRGIKGQ KSRKSGGVRP GFEGGQTAIY RRLPKFGFTS QIALKTAEVR LSELSKVEG DIVSLETLKA ANVVRRDQIR ARIVLSGEIT RAFTVQGVAL TKGAKAAIEA AGGKVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 15.498312 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KVHKGRNTGL AHRGSTVSFG SIAIKATERG RMTARQIEAA RRTISRRIKR GGKIFIRVFP DKPITEKPLE VRMGNGKGN VEYWVCEIKP GKILYEIEGV NEDLAREAFA LAAAKLPFKT TIVTRTVM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 14.022215 KDa
配列文字列:
MRHRNSGVKL GRTSSHRKAM FENLANSLFE HELIKTTLPK AKELRRVAEP LITLAKNDTV ANRRLAFART RNAATVGKLF TVLGPRYKE RNGGYLRVLK AGFRAGDAAP MAYVELVDRE VNTSAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 12.443341 KDa
配列文字列:
MNEKKQSRLR RAKSTRLHIR ALGATRLCVN RTPRHIYAQV ISADGGKVLA QASTLDASLR SGTTGNIEAA TKVGALIAER AKAAGVTKV AFDRSGFKYH GRIKALADAA REGGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 13.619865 KDa
配列文字列:
MSGKHPLVQA IENSQLKTDL PEFAPGDTVV VQVKVKEGDR ERLQAFEGVV IAKKNRGLNS AFTVRKISSG VGVERVFQTH SPVVAKIEV KRRGDVRRAK LYYLRDLSGK AARIREKLPA RKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 13.468946 KDa
配列文字列:
MARVKRGVVA HRRHKKILAR AKGYYGARSR VYRVAFQAVI KAGQYAYRDR RQKKRQFRAL WIARINAGAR QNGLSYSRMI DGLKKAQVI IDRRVLADIA MHDAVAFAAL AEKAKGALAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 11.496364 KDa
配列文字列:
MYAVIQSGGK QHRVVEGETL KVELLKAESG ATITFDDVLM VVNGDNIQIG APVVAGAKVT AEVIGHGRHD KIRIIKMRRR KHYRKQQGH RQWFTELKIT GISG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. 809848 (バクテリア)
分子量理論値: 11.828931 KDa
配列文字列:
MEVTAKLRGA AISAQKARLV ADLIRGKSVA HALNILNFSN KKAAVLVKKA LESAIANAEH NNSLDVDDLK VSTIYVDEGM SLKRIMPRA KGRADRITKR TCHITVKVGV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 11.607392 KDa
配列文字列:
MNNERIYQVL KGPVFSEKAQ VLGDTAGVQV FKVDINATKL EIKKAVEKLF GVEVVKVNTT ITKGKTKRFG RTLGRRSDVK KAYVTLKAG QDVEMADLGD TAESAAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 11.187929 KDa
配列文字列:
MAKIKKGDQV IVIAGKEKGK QGTVLSVSED RVKVEGLNLV KKHQKPNRVT GAEGGIVTQE ASLHISNVAI LNATTQKADR VGYQVIDGV KTRVYKSTGE SVAVAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 10.942593 KDa
配列文字列:
MANFVLNAQA RAEDKQGKGA SRRLRRESLV PAIIYGGNAE PVAVTLELRE LVKALESNVF FEEVVEIKVG DKVENVKIQA LQRHPAKNT PMHADFKRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 9.072387 KDa
配列文字列:
MATKKAGGST KNGRDSNPKM LGVKVYGGQT VTAGNIIVRQ RGTEFHAGAN VGMGRDHTLF ATADGVVKFE VKGQFGRRYV KVETV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter rudis CIP 110305 (バクテリア)
分子量理論値: 9.125756 KDa
配列文字列:
MSKVCQVTGK RPVVGNNVSH ANNKTKRRFE PNLHHHRFWL ESEKRFVRLR LTTKGMRIID KLGIEKVVAD LRAQGQKI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 7.449678 KDa
配列文字列:
MKTKDLREKS VEELKALLDE QQLNQFRLRM AKATGQLGKS HEVQVARKTI ARIKTLLTEK QGNGQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. CIP 102082 (バクテリア)
分子量理論値: 6.654788 KDa
配列文字列:
MKTIKVTQTK SSSHRLKNHK LCLQGLGLRR IGHTVEVQDT PSNRGMINKV YYMVSVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057
分子量理論値: 7.096888 KDa
配列文字列:
MAVQQNRKSR SRRDMRRSHD ALTENALTVD QATGETHRRH HVTKDGFYRG RQLFAKAADA E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #5: 23s ribosomal RNA

分子名称: 23s ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
分子量理論値: 945.29925 KDa
配列文字列: GUUGUAUAGU CAAGUAAUUA AGUGCAUGUG GUGGAUGCCU UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA AGACGUGAUA GCCUGCGAAA AGCUCCGGG GAGGCGGCAA AUAUCCUUUG AUCCGGAGAU GUCUGAAUGG GGGAACCCAC CUACUUUAAG GUAGGUAUUG C AACAUGAA ...文字列:
GUUGUAUAGU CAAGUAAUUA AGUGCAUGUG GUGGAUGCCU UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA AGACGUGAUA GCCUGCGAAA AGCUCCGGG GAGGCGGCAA AUAUCCUUUG AUCCGGAGAU GUCUGAAUGG GGGAACCCAC CUACUUUAAG GUAGGUAUUG C AACAUGAA UACAUAGUGU UGCAAGGCGA ACGAGGGGAA GUGAAACAUC UCAGUACCCU UAGGAAAAGA AAUCAAUUGA GA UUCCCUC AGUAGCGGCG AGCGAACGGG GAUCAGCCCA UUAAGUUAUG UGUGUUUUAG UGGAACGCUC UGGGAAGUGC GAA CGUAGA GGGUGAUAUU CCCGUACACG AAAGGGCACA CAUAAUGAUG ACGAGUAGGG CGAGGCACGU GAAACCUUGU CUGA AUAUG GGGGGACCAU CCUCCAAGGC UAAAUACUCC UGACUGACCG AUAGUGAACC AGUACCGUGA GGGAAAGGCG AAAAG AACC CCUGUGAGGG GAGUGAAAUA GAUCCUGAAA CCGCAUGCAU ACAAGCAGUG GGAGCACCUU CGUGGUGUGA CUGCGU ACC UUUUGUAUAA UGGGUCAGCG ACUUAUAUUC AGUAGCGAGG UUAACCGUAU AGGGGAGCCG UAGAGAAAUC GAGUCUU AA UAGGGCGUUU AGUUGCUGGG UAUAGACCCG AAACCAGGCG AUCUAUCCAU GAGCAGGUUG AAGGUUGGGU AACACUAA C UGGAGGACCG AACCCACUGU CGUUGAAAAG CCAGGGGAUG ACUUGUGGAU AGGGGUGAAA GGCUAAUCAA GCCUGGUGA UAGCUGGUUC UCCCCGAAAG CUAUUUAGGU AGCGCCUCGG ACGAAUACCA UAGGGGGUAG AGCACUGUUU CGGCUAGGGG GUCAUCCCG ACUUACCAAA CCGAUGCAAA CUCCGAAUAC CUAUGAGUAC UAUCCGGGAG ACAGACUGCG GG(PSU)GCUA AC GUCCGUAGUC AAGAGGAAAA CAAUCCAGAC CGCCAGCUAA GGCCCCAAAA UCAUAGUUAA GUGGGAAACG AUGUGGGA A GGCAUAGACA GCUAGGAGGU UGGCUUAGAA GCAGCCACCC UUUAAAGAAA GCGUAAUAGC UCACUAGUCG AGUCGGCCU GCGCGGAAGA UGUAACGGGG CUAAAACUAU GUGCCGAAGC UGCGGAUGUA UACUUUGUAU ACGUGGUAGG GGAGCGUUCU GUAAGCCGA UGAAGGUGUG UUGAGAAGCA UGCUGGAGGU AUCAGAAGUG CGAAUGCUGA CGUGAGUAAC GACAAAACGG G UGAAAAAC CCGUUCGCCG AAAGACCAAG GGUUCCAGUC CAACGUUAAU CGGGGCUGGG UGAGUCGACC CCUAAGGCGA GG CCGAAAG GCGUAGUCGA UGGGAAAAUG GUUAAUAUUC CAUUACUUCU GUGUAAUGCG AUGAGAGGAC GGAGAAGGCU AAA UCAGCC UGGCGUUGGU UGUCCAGGUG AAAGGAUGUA GGCAUGUAUC UUAGGCAAAU CCGGGGUACU CUAUGCUGAG AUCU GAUAG CAAGCUGUAC UUGUACAGCG AAGUGGUUGA UGCCAUGCUU CCAGGAAAAG UCUCUAAGCU UCAGUUACAC AGGAA UCGU ACCCGAAACC GACACAGGUG GUCAGGUCGA GUAGACCAAG GCGCUUGAGA GAACUCUGCU GAAGGAACUA GGCAAA AUG GUACCGUAAC UUCGGGAGAA GGUACGCUGU UGUUGGUGAU GGAACUCGCU UCCUGAGCUG ACGACAGCCG CAGAAAC CA GGCCGCUGCA ACUGUUUAUU AAAAACAUAG CACUCUGCAA ACACGAAAGU GGACGUAUAG GGUGUGAUGC CUGCCCGG U GCUGGAAGGU UAAUUGAUGG GGUUAGCGUA AGCGAAGCUC UUGAUCGAAG CCCCAGUAAA CGGCGGCCG(PSU) AAC (3TD)A(PSU)AAC GGUCCUAAGG UAGCGAAA(5MU)U CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCUGCACGAA UGGCAUAAUG AU GGCGGCG CUGUCUCCAG CAGAGGCUCA GUGAAAUCGA AAUCGCUGUG (6MZ)AGAUGCAGU GUACCCGCGG CUAGACGGA AAGACCCCGU (7MG)AACCUUUAC UGCAGCUUGA CACUGAACUU UGACCUUACU UGUGUAGGAU AGGUGGGAGG CUUUGA AGC UGGAACGCUA GUUCCAGUGG AGCCGUCCUU GAAAUACCAC CCUGGUAAUG UUGAGGUUCU AACUCUGUCC CGUGAUC CG GGACGAGGAC CGUGUCUGGU GGGUAGUUUG ACUG(OMG)GGCGG UCUCCUCCUA AAGAGUAACG GAGGAGUACG AAGG UGCGC UCAGCGUGGU CGGAAAUCAC GCGUAGAGUA UAAAGGCAAA AGCGCGCUUA ACUGCGAGAC CCACAAGUCG AGCAG GUAC GAAAGUAGGU CUUAGUGAUC CGGUGGUUCU GUAUGGAAGG GCCAUCGCUC AACGGAUAAA AGGUACUCUG (2MG)G GAUAACA GGC(PSU)GAUACC GCCCAAGAGU UCAUAUCGAC GGCGGUGUUU GGCACCUCG(2MA) (PSU)GUCGGCUCA U CUCAUCCU GGGGCUGAAG CAGGUCCCAA GGGUAUGGC(OMU) GUUCGCCAUU UAAAGAGGUA CGCGAGC(PSU)GG GUUU AGAAC GUCGUGAGAC AGU(PSU)CGGUCC CUAUCUACCG UGGGCGCUGG AAAUUUGAGA GGAUCUGCUC CUAGUACGAG A GGACCAGA GUGGACGAAC CUCUGGUGUA CCGGUUGUGA CGCCAGUCGC AUCGCCGGGU AGCUAUGUUC GGAAGGGAUA AC CGCUGAA AGCAUCUAAG CGGGAAGCCU ACCUCAAGAU AAGAUUUCCC UAGGACUUUA UGUCCUCUAA AGAGCCGUUC GAG ACUAGG ACGUUGAUAG GUUGGAUGUG GAAGCAUAGU GAUAUGUGAA GCUGACCAAU ACUAAUUGCU CGUGAGGCUU GACU AUACA ACACCCAAGC AGUUG

+
分子 #6: 5s ribosomal RNA

分子名称: 5s ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 36.996992 KDa
配列文字列:
GCUGGCGACC AUAGCAAGAG UGAACCACCU GAUCCCUUCC CGAACUCAGA AGUGAAACCU CUUAGCGCUG AUGGUAGUGU GGGAUUACC CAUGUGAGAG UAAGUCAUCG CCAGCU

GENBANK: GENBANK: CP027530.1

+
分子 #31: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #32: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 106 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #33: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #34: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 231 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 27020
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: Focused classification

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5afi


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6v3d:
Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 50S subunit

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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