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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21014 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 small terminase- asymmetric II | |||||||||
マップデータ | An asymmetric cryoEM reconstruction of the small terminase protein from the thermophilic bacteriophage P74-26, asymmetric II | |||||||||
試料 |
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生物種 | Thermus virus P74-26 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hayes JA / Brendan BJ / Gaubitz C / Stone NP / Kelch BA | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2020 タイトル: A thermophilic phage uses a small terminase protein with a fixed helix-turn-helix geometry. 著者: Janelle A Hayes / Brendan J Hilbert / Christl Gaubitz / Nicholas P Stone / Brian A Kelch / 要旨: Tailed bacteriophages use a DNA-packaging motor to encapsulate their genome during viral particle assembly. The small terminase (TerS) component of this DNA-packaging machinery acts as a molecular ...Tailed bacteriophages use a DNA-packaging motor to encapsulate their genome during viral particle assembly. The small terminase (TerS) component of this DNA-packaging machinery acts as a molecular matchmaker that recognizes both the viral genome and the main motor component, the large terminase (TerL). However, how TerS binds DNA and the TerL protein remains unclear. Here we identified gp83 of the thermophilic bacteriophage P74-26 as the TerS protein. We found that TerS oligomerizes into a nonamer that binds DNA, stimulates TerL ATPase activity, and inhibits TerL nuclease activity. A cryo-EM structure of TerS revealed that it forms a ring with a wide central pore and radially arrayed helix-turn-helix domains. The structure further showed that these helix-turn-helix domains, which are thought to bind DNA by wrapping the double helix around the ring, are rigidly held in an orientation distinct from that seen in other TerS proteins. This rigid arrangement of the putative DNA-binding domain imposed strong constraints on how TerS can bind DNA. Finally, the TerS structure lacked the conserved C-terminal β-barrel domain used by other TerS proteins for binding TerL. This suggests that a well-ordered C-terminal β-barrel domain is not required for TerS to carry out its matchmaking function. Our work highlights a thermophilic system for studying the role of small terminase proteins in viral maturation and presents the structure of TerS, revealing key differences between this thermophilic phage and its mesophilic counterparts. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21014.map.gz | 5.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21014-v30.xml emd-21014.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21014_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21014.png | 144.5 KB | ||
その他 | emd_21014_half_map_1.map.gz emd_21014_half_map_2.map.gz | 49.8 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21014 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21014 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21014.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | An asymmetric cryoEM reconstruction of the small terminase protein from the thermophilic bacteriophage P74-26, asymmetric II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 2 of an asymmetric cryoEM reconstruction...
ファイル | emd_21014_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 of an asymmetric cryoEM reconstruction of the small terminase protein from the thermophilic bacteriophage P74-26, asymmetric II | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of an asymmetric cryoEM reconstruction...
ファイル | emd_21014_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of an asymmetric cryoEM reconstruction of the small terminase protein from the thermophilic bacteriophage P74-26, asymmetric II | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26
全体 | 名称: Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26 |
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要素 |
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-超分子 #1: Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26
超分子 | 名称: Gene product 83 of the Thermus thermophilus bacteriophage P74-26 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thermus virus P74-26 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 171 KDa |
-分子 #1: Small terminase protein of Thermus thermophilus bacteriophage P74...
分子 | 名称: Small terminase protein of Thermus thermophilus bacteriophage P74-26, asymmetric II タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermus virus P74-26 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPHMSVSFRD RVLKLYLLGF DPSEIAQTLS LDAKRKVTEE EVLHVLAEAR ELLSALPSLE DIRAEVGQAL ERARIFQKDL LAIYQNMLRN YNAMMEGLTE HPDGTPVIGV RPADIAAMAD RIMKIDQERI TALLNSLKVL GHVGSTTAGA LPSATELVSV EELVAEVADE TPKT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 20 mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse (PDI= 1.000) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2822 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.4 µm / 倍率(補正後): 13000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |