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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20798 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.) | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii, sharpened map | ||||||||||||||||||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Campbell MG / Cormier A / Cheng Y / Nishimura SL | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Reveals Integrin-Mediated TGF-β Activation without Release from Latent TGF-β. 著者: Melody G Campbell / Anthony Cormier / Saburo Ito / Robert I Seed / Andrew J Bondesson / Jianlong Lou / James D Marks / Jody L Baron / Yifan Cheng / Stephen L Nishimura / ![]() 要旨: Integrin αvβ8 binds with exquisite specificity to latent transforming growth factor-β (L-TGF-β). This binding is essential for activating L-TGF-β presented by a variety of cell types. ...Integrin αvβ8 binds with exquisite specificity to latent transforming growth factor-β (L-TGF-β). This binding is essential for activating L-TGF-β presented by a variety of cell types. Inhibiting αvβ8-mediated TGF-β activation blocks immunosuppressive regulatory T cell differentiation, which is a potential therapeutic strategy in cancer. Using cryo-electron microscopy, structure-guided mutagenesis, and cell-based assays, we reveal the binding interactions between the entire αvβ8 ectodomain and its intact natural ligand, L-TGF-β, as well as two different inhibitory antibody fragments to understand the structural underpinnings of αvβ8 binding specificity and TGF-β activation. Our studies reveal a mechanism of TGF-β activation where mature TGF-β signals within the confines of L-TGF-β and the release and diffusion of TGF-β are not required. The structural details of this mechanism provide a rational basis for therapeutic strategies to inhibit αvβ8-mediated L-TGF-β activation. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 93.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 52 MB 52 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ujaC ![]() 6ujbC ![]() 6ujcC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.2 TB Data #1: Unaligned 80-frame movies of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a holey carbon grid [micrographs - multiframe] Data #2: Dose-weighted aligned micrographs of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a holey carbon grid [micrographs - single frame] Data #3: Dose-weighted aligned particle stacks of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a holey carbon grid [picked particles - single frame - processed]) ![]() Data size: 2.2 TB Data #1: Unaligned 80-frame movies of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a graphene oxide grid [micrographs - multiframe] Data #2: Dose-weighted aligned micrographs of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a graphene oxide grid [micrographs - single frame] Data #3: Dose-weighted aligned particle stacks of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a graphene oxide grid [picked particles - single frame - processed]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii, sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.345 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta,...
ファイル | emd_20798_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii (Additional unsharpened map.) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta,...
ファイル | emd_20798_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii (Additional unsharpened map.) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 ...
全体 | 名称: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 (L-TGF-b1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 ...
超分子 | 名称: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 (L-TGF-b1) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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分子量 | 理論値: 260 KDa |
-超分子 #2: alpha-v beta-8 integrin
超分子 | 名称: alpha-v beta-8 integrin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Transforming Growth Factor Beta-1 proprotein
超分子 | 名称: Transforming Growth Factor Beta-1 proprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32689 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |