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- EMDB-20740: HIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immuno... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20740
タイトルHIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 and 10-1074
マップデータHIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 and 10-1074
試料
  • 複合体: Complex of three bNAb 1-55 Fabs and three 10-1074 Fabs bound to RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer
    • 複合体: 10-1074 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab Light Chain
    • 複合体: 1-55 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 1-55 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 1-55 Fab Light Chain
    • 複合体: RC1 variant of HIV-1 BG505 SOSIP.664
      • タンパク質・ペプチド: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / antigen binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / blood microparticle ...immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / antigen binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / blood microparticle / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / IGK@ protein / IGL@ protein / IgG H chain / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Abernathy ME / Barnes CO / Gristick HB / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HIVRAD P01 AI100148 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50 GM082545-06 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Restriction of HIV-1 Escape by a Highly Broad and Potent Neutralizing Antibody.
著者: Philipp Schommers / Henning Gruell / Morgan E Abernathy / My-Kim Tran / Adam S Dingens / Harry B Gristick / Christopher O Barnes / Till Schoofs / Maike Schlotz / Kanika Vanshylla / Christoph ...著者: Philipp Schommers / Henning Gruell / Morgan E Abernathy / My-Kim Tran / Adam S Dingens / Harry B Gristick / Christopher O Barnes / Till Schoofs / Maike Schlotz / Kanika Vanshylla / Christoph Kreer / Daniela Weiland / Udo Holtick / Christof Scheid / Markus M Valter / Marit J van Gils / Rogier W Sanders / Jörg J Vehreschild / Oliver A Cornely / Clara Lehmann / Gerd Fätkenheuer / Michael S Seaman / Jesse D Bloom / Pamela J Bjorkman / Florian Klein /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) represent a promising approach to prevent and treat HIV-1 infection. However, viral escape through mutation of the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) limits ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) represent a promising approach to prevent and treat HIV-1 infection. However, viral escape through mutation of the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) limits clinical applications. Here we describe 1-18, a new V1-46-encoded CD4 binding site (CD4bs) bNAb with outstanding breadth (97%) and potency (GeoMean IC = 0.048 μg/mL). Notably, 1-18 is not susceptible to typical CD4bs escape mutations and effectively overcomes HIV-1 resistance to other CD4bs bNAbs. Moreover, mutational antigenic profiling uncovered restricted pathways of HIV-1 escape. Of most promise for therapeutic use, even 1-18 alone fully suppressed viremia in HIV-1-infected humanized mice without selecting for resistant viral variants. A 2.5-Å cryo-EM structure of a 1-18-BG505 Env complex revealed that these characteristics are likely facilitated by a heavy-chain insertion and increased inter-protomer contacts. The ability of 1-18 to effectively restrict HIV-1 escape pathways provides a new option to successfully prevent and treat HIV-1 infection.
履歴
登録2019年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2020年1月29日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0717
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0717
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6udk
  • 表面レベル: 0.0717
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20740.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 and 10-1074
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0717 / ムービー #1: 0.0717
最小 - 最大-0.26342782 - 0.4255984
平均 (標準偏差)0.00004077622 (±0.014957806)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 291.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z208208208
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z291.200291.200291.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS208208208
D min/max/mean-0.2630.4260.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20740_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_20740_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_20740_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of three bNAb 1-55 Fabs and three 10-1074 Fabs bound to R...

全体名称: Complex of three bNAb 1-55 Fabs and three 10-1074 Fabs bound to RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer
要素
  • 複合体: Complex of three bNAb 1-55 Fabs and three 10-1074 Fabs bound to RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer
    • 複合体: 10-1074 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab Light Chain
    • 複合体: 1-55 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 1-55 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 1-55 Fab Light Chain
    • 複合体: RC1 variant of HIV-1 BG505 SOSIP.664
      • タンパク質・ペプチド: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of three bNAb 1-55 Fabs and three 10-1074 Fabs bound to R...

超分子名称: Complex of three bNAb 1-55 Fabs and three 10-1074 Fabs bound to RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
分子量理論値: 300 KDa

+
超分子 #2: 10-1074 Fab

超分子名称: 10-1074 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi 293

+
超分子 #3: 1-55 Fab

超分子名称: 1-55 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi 293

+
超分子 #4: RC1 variant of HIV-1 BG505 SOSIP.664

超分子名称: RC1 variant of HIV-1 BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #6
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293 6E

+
分子 #1: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp120

分子名称: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.149566 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYAPNLL SNMRGELKQC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYAPNLL SNMRGELKQC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV IIRSENI TNNAKNILVQ LNTPVQINCT RPNNNTVKSI RIGPGQAFYY FGDIIGDIRM AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFAQSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSIVLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R

+
分子 #2: 10-1074 Fab Heavy Chain

分子名称: 10-1074 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.661688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSV TCSVSGDSMN NYYWTWIRQS PGKGLEWIGY ISDRESATYN PSLNSRVVIS RDTSKNQLSL KLNSVTPAD TAVYYCATAR RGQRIYGVVS FGEFFYYYSM DVWGKGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSV TCSVSGDSMN NYYWTWIRQS PGKGLEWIGY ISDRESATYN PSLNSRVVIS RDTSKNQLSL KLNSVTPAD TAVYYCATAR RGQRIYGVVS FGEFFYYYSM DVWGKGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSCDKT

+
分子 #3: 10-1074 Fab Light Chain

分子名称: 10-1074 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.18076 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYVRPLSVAL GETARISCGR QALGSRAVQW YQHRPGQAPI LLIYNNQDRP SGIPERFSGT PDINFGTRAT LTISGVEAGD EADYYCHMW DSRSGFSWSF GGATRLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列:
SYVRPLSVAL GETARISCGR QALGSRAVQW YQHRPGQAPI LLIYNNQDRP SGIPERFSGT PDINFGTRAT LTISGVEAGD EADYYCHMW DSRSGFSWSF GGATRLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS

+
分子 #4: 1-55 Fab Heavy Chain

分子名称: 1-55 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.804283 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGAHSQ GRLFQSGTEV KRPGASVKIS CRADDDPYTD DDTFTKYYTH WIRQAPGQPP EWLGVISPHF ARPIYSYKF RDRLTLTRDS SLTAVYFELR GLQPDDTGIY FCARDPFGDM YPHYNYHMDV WGGGTTVIVS SASTKGPSVF P LAPSSKST ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGAHSQ GRLFQSGTEV KRPGASVKIS CRADDDPYTD DDTFTKYYTH WIRQAPGQPP EWLGVISPHF ARPIYSYKF RDRLTLTRDS SLTAVYFELR GLQPDDTGIY FCARDPFGDM YPHYNYHMDV WGGGTTVIVS SASTKGPSVF P LAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PS NTKVDKR VEPKSCDKTH HHHHH

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分子 #5: 1-55 Fab Light Chain

分子名称: 1-55 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.288322 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE IVLTQSPAIL SVSPGDRVIL SCKASEGLSS SDLAWYRFKG GQIPTLVIFG ASNRARGTPD RFSGSGSGT DFTLTINRVE PEDFATYYCQ RYGGTPITFG GGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF Y PREAKVQW ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE IVLTQSPAIL SVSPGDRVIL SCKASEGLSS SDLAWYRFKG GQIPTLVIFG ASNRARGTPD RFSGSGSGT DFTLTINRVE PEDFATYYCQ RYGGTPITFG GGTKVDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF Y PREAKVQW KVDNALQSGN SQESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

+
分子 #6: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp41

分子名称: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.134324 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

+
分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
120.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 0 blot force, 3.5 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 684 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 110126
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6mtj

chain_id: B

5t3z

chain_id: G

5t3z

chain_id: H

5t3z

chain_id: L

4rwy

chain_id: H

4rwy

chain_id: L
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6udk:
HIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 and 10-1074

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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