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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2074
タイトルmap of the complex of the HA7 Fab with avian flu virus hemagglutinin by negative staining EM
マップデータ3D reconstruction from negative staining EM images of the trimeric Fab/hemagglutinin complex
試料
  • 試料: the complex of Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody and avian influenza virus hemagglutinin
  • タンパク質・ペプチド: Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: Avian influenza virus hemagglutinin
キーワードHA7 antibody / Fab / hemagglutinin / avian flu virus
機能・相同性Haemagglutinin, influenzavirus A/B
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Du L / Jin L / Zhao G / Sun S / Li J / Li Y / Zheng B / Liddington CL / Zhou Y / Jiang S
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Identification and structural characterization of a broadly neutralizing antibody targeting a novel conserved epitope on the influenza virus H5N1 hemagglutinin.
著者: Lanying Du / Lei Jin / Guangyu Zhao / Shihui Sun / Junfeng Li / Hong Yu / Ye Li / Bo-Jian Zheng / Robert C Liddington / Yusen Zhou / Shibo Jiang /
要旨: The unabated circulation of the highly pathogenic avian influenza A virus/H5N1 continues to be a serious threat to public health worldwide. Because of the high frequency of naturally occurring ...The unabated circulation of the highly pathogenic avian influenza A virus/H5N1 continues to be a serious threat to public health worldwide. Because of the high frequency of naturally occurring mutations, the emergence of H5N1 variants with high virulence has raised great concerns about the potential transmissibility of the virus in humans. Recent studies have shown that laboratory-mutated or reassortant H5N1 viruses could be efficiently transmitted among mammals, particularly ferrets, the best animal model for humans. Thus, it is critical to establish effective strategies to combat future H5N1 pandemics. In this study, we identified a broadly neutralizing monoclonal antibody (MAb), HA-7, that potently neutralized all tested strains of H5N1 covering clades 0, 1, 2.2, 2.3.4, and 2.3.2.1 and completely protected mice against lethal challenges of H5N1 viruses from clades 1 and 2.3.4. HA-7 specifically targeted the globular head of the H5N1 virus hemagglutinin (HA). Using electron microscopy technology with three-dimensional reconstruction (3D-EM), we discovered that HA-7 bound to a novel and highly conserved conformational epitope that was centered on residues 81 to 83 and 117 to 122 of HA1 (H5 numbering). We further demonstrated that HA-7 inhibited viral entry during postattachment events but not at the receptor-binding step, which is fully consistent with the 3D-EM result. Taken together, we propose that HA-7 could be humanized as an effective passive immunotherapeutic agent for antiviral stockpiling for future influenza pandemics caused by emerging unpredictable H5N1 strains. Our study also provides a sound foundation for the rational design of vaccines capable of inducing broad-spectrum immunity against H5N1.
履歴
登録2012年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年5月17日-
マップ公開2013年5月1日-
更新2013年7月24日-
現状2013年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction from negative staining EM images of the trimeric Fab/hemagglutinin complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.28 Å/pix.
x 72 pix.
= 308.16 Å		4.28 Å/pix.
x 72 pix.
= 308.16 Å		4.28 Å/pix.
x 72 pix.
= 308.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 1.8
最小 - 最大-10.62073421 - 13.96391296
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-36-36-36
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 308.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.284.284.28
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z308.160308.160308.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-36-36-36
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-10.62113.9640.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : the complex of Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody and avian ...

全体名称: the complex of Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody and avian influenza virus hemagglutinin
要素
  • 試料: the complex of Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody and avian influenza virus hemagglutinin
  • タンパク質・ペプチド: Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: Avian influenza virus hemagglutinin

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超分子 #1000: the complex of Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody and avian ...

超分子名称: the complex of Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody and avian influenza virus hemagglutinin
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The trimeric sample was monodisperse. / 集合状態: one trimeric hemagglutinin binds to three Fab / Number unique components: 2
分子量実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa / 手法: based on protein sequences and SDS-PAGE

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分子 #1: Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody

分子名称: Fab Fragment of HA7 monoclonal antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House Mouse
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #2: Avian influenza virus hemagglutinin

分子名称: Avian influenza virus hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
配列InterPro: Haemagglutinin, influenzavirus A/B

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50mM NaCl, 10mM Tris-HCL,1mM CaCl2, pH7.4
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl formate for 30 seconds
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with carbon support, glow discharged in vacuumed air
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 70,000 times magnification.
日付2011年8月7日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
実像数: 53 / 平均電子線量: 50 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 70000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Image processing was done using EMAN2.The particles were selected by a semi-automatic selection using e2boxer.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 詳細: C3 symmetry was imposed in refinement / 使用した粒子像数: 3172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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