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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2070 | |||||||||
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タイトル | Octameric structure of IMPDH from Pseudomonas aeruginosa in presence of Mg-ATP | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of IMPDH from Pseudomonas Aeruginosa in presence of Mg-ATP | |||||||||
試料 |
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キーワード | IMPDH / nucleotide metabolism / CBS domains | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Labesse G / Vaupre L / alard-Arnaud I / Alexandre T / Lai Kee Him J / Raynal B / Bron P / Munier-Lehmann H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: MgATP regulates allostery and fiber formation in IMPDHs. 著者: Gilles Labesse / Thomas Alexandre / Laurène Vaupré / Isabelle Salard-Arnaud / Joséphine Lai Kee Him / Bertrand Raynal / Patrick Bron / Hélène Munier-Lehmann / 要旨: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (IMPDH) is a rate-limiting enzyme in nucleotide biosynthesis studied as an important therapeutic target and its complex functioning in vivo is still puzzling ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (IMPDH) is a rate-limiting enzyme in nucleotide biosynthesis studied as an important therapeutic target and its complex functioning in vivo is still puzzling and debated. Here, we highlight the structural basis for the regulation of IMPDHs by MgATP. Our results demonstrate the essential role of the CBS tandem, conserved among almost all IMPDHs. We found that Pseudomonas aeruginosa IMPDH is an octameric enzyme allosterically regulated by MgATP and showed that this octameric organization is widely conserved in the crystal structures of other IMPDHs. We also demonstrated that human IMPDH1 adopts two types of complementary octamers that can pile up into isolated fibers in the presence of MgATP. The aggregation of such fibers in the autosomal dominant mutant, D226N, could explain the onset of the retinopathy adRP10. Thus, the regulatory CBS modules in IMPDHs are functional and they can either modulate catalysis or macromolecular assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2070.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2070-v30.xml emd-2070.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2070.png | 105.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2070 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2070 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2070_validation.pdf.gz | 190.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2070_full_validation.pdf.gz | 189.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2070_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2070 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2070 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2070.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of IMPDH from Pseudomonas Aeruginosa in presence of Mg-ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : IMPDH from Pseudomonas aeruginosa in presence of Mg-ATP filtered ...
全体 | 名称: IMPDH from Pseudomonas aeruginosa in presence of Mg-ATP filtered at 16A resolution |
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要素 |
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-超分子 #1000: IMPDH from Pseudomonas aeruginosa in presence of Mg-ATP filtered ...
超分子 | 名称: IMPDH from Pseudomonas aeruginosa in presence of Mg-ATP filtered at 16A resolution タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: octameric / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 430 KDa |
-分子 #1: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
分子 | 名称: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IMPDH / コピー数: 8 / 集合状態: octamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 430 KDa |
組換発現 | 生物種: Bacteria (unknown) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM potassium phosphate pH 8 and 0.1 M KCl |
グリッド | 詳細: Quantifoil R2.2, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 102.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 1 second |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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温度 | 最低: 93.15 K / 最高: 96.15 K / 平均: 95.15 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: JEOL エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
詳細 | Image acquisition is done directly on the CCD camera. It explains why the nominal magnification is 100000 and calibrated magnification 130137. |
日付 | 2011年11月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) 実像数: 80 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / 詳細: Images directly recorded with CCD camera |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 130137 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: 626 Gatan cryo-Holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using a semi-automatic selection program (Boxer). |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, FREALIGN / 使用した粒子像数: 22577 |