+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20659 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of E. coli LonA S679A | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / response to X-ray / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity ...endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / response to X-ray / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Botos I / Lountos GT / Weimin W / Wlodawer A | |||||||||
資金援助 | 米国, ロシア, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of substrate-free E. coli Lon protease provides insights into the dynamics of Lon machinery 著者: Botos I / Lountos GT / Weimin W / Cherry S / Ghirlando R / Kudzhaev AM / Rotanova TV / de Val N / Tropea J / Gustchina A / Wlodawer A | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20659.map.gz | 117.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-20659-v30.xml emd-20659.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20659.png | 213.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20659 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20659 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20659_validation.pdf.gz | 462 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_20659_full_validation.pdf.gz | 461.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20659_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20659_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20659 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20659 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.848 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ATP-dependent protease La
全体 | 名称: ATP-dependent protease La |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: ATP-dependent protease La
超分子 | 名称: ATP-dependent protease La / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: S679A mutant |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 87 KDa |
-分子 #1: Lon protease
分子 | 名称: Lon protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase La |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 87.546266 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNPERSERIE IPVLPLRDVV VYPHMVIPLF VGREKSIRCL EAAMDHDKKI MLVAQKEAST DEPGVNDLFT VGTVASILQM LKLPDGTVK VLVEGLQRAR ISALSDNGEH FSAKAEYLES PTIDEREQEV LVRTAISQFE GYIKLNKKIP PEVLTSLNSI D DPARLADT ...文字列: MNPERSERIE IPVLPLRDVV VYPHMVIPLF VGREKSIRCL EAAMDHDKKI MLVAQKEAST DEPGVNDLFT VGTVASILQM LKLPDGTVK VLVEGLQRAR ISALSDNGEH FSAKAEYLES PTIDEREQEV LVRTAISQFE GYIKLNKKIP PEVLTSLNSI D DPARLADT IAAHMPLKLA DKQSVLEMSD VNERLEYLMA MMESEIDLLQ VEKRIRNRVK KQMEKSQREY YLNEQMKAIQ KE LGEMDDA PDENEALKRK IDAAKMPKEA KEKAEAELQK LKMMSPMSAE ATVVRGYIDW MVQVPWNARS KVKKDLRQAQ EIL DTDHYG LERVKDRILE YLAVQSRVNK IKGPILCLVG PPGVGKTSLG QSIAKATGRK YVRMALGGVR DEAEIRGHRR TYIG SMPGK LIQKMAKVGV KNPLFLLDEI DKMSSDMRGD PASALLEVLD PEQNVAFSDH YLEVDYDLSD VMFVATSNSM NIPAP LLDR MEVIRLSGYT EDEKLNIAKR HLLPKQIERN ALKKGELTVD DSAIIGIIRY YTREAGVRGL EREISKLCRK AVKQLL LDK SLKHIEINGD NLHDYLGVQR FDYGRADNEN RVGQVTGLAW TEVGGDLLTI ETACVPGKGK LTYTGSLGEV MQESIQA AL TVVRARAEKL GINPDFYEKR DIHVHVPEGA TPKDGPAAGI AMCTALVSCL TGNPVRADVA MTGEITLRGQ VLPIGGLK E KLLAAHRGGI KTVLIPFENK RDLEEIPDNV IADLDIHPVK RIEEVLTLAL QNEPSGMQVV TAK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.2 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
---|---|
得られたモデル | PDB-6u5z: |