+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20642 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HIV-1 B41 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 13B | ||||||||||||
マップデータ | sharpened map | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yang YR / Ward AB | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2020 タイトル: Autologous Antibody Responses to an HIV Envelope Glycan Hole Are Not Easily Broadened in Rabbits. 著者: Yuhe R Yang / Laura E McCoy / Marit J van Gils / Raiees Andrabi / Hannah L Turner / Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / James Voss / Matthias Pauthner / Thomas M ...著者: Yuhe R Yang / Laura E McCoy / Marit J van Gils / Raiees Andrabi / Hannah L Turner / Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / James Voss / Matthias Pauthner / Thomas M Polveroni / Terrence Messmer / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Dennis R Burton / Andrew B Ward / 要旨: Extensive studies with subtype A BG505-derived HIV envelope glycoprotein (Env) immunogens have revealed that the dominant autologous neutralizing epitope in rabbits is located in an exposed region of ...Extensive studies with subtype A BG505-derived HIV envelope glycoprotein (Env) immunogens have revealed that the dominant autologous neutralizing epitope in rabbits is located in an exposed region of the heavily glycosylated trimer that lacks potential N-linked glycosylation sites at positions 230, 241, and 289. The Env derived from B41, a subtype B virus, shares a glycan hole centered on positions 230 and 289. To test whether broader neutralization to the common glycan hole can be achieved, we immunized rabbits with B41 SOSIP (gp120-gp41 disulfide [SOS] with an isoleucine-to-proline mutation [IP] in gp41) alone, as well as B41 and BG505 coimmunization. We isolated autologous neutralizing antibodies (nAbs) and described their structure in complex with the B41 Env. Our data suggest that distinct autologous nAb lineages are induced by BG505 and B41 immunogens, even when both were administered together. In contrast to previously described BG505 glycan hole antibodies, the B41-specific nAbs accommodate the >97% conserved N241 glycan, which is present in B41. Single-particle cryo-electron microscopy studies confirmed that B41- and BG505-specific nAbs bind to overlapping glycan hole epitopes. We then used our high-resolution data to guide mutations in the BG505 glycan hole epitope in an attempt to broaden the reactivity of a B41-specific nAb, but we recovered only partial binding. Our data demonstrate that the lack of cross-reactivity in glycan hole antibodies is due to amino acid differences within the epitope, and our attempts to rationally design cross-reactive trimers resulted in only limited success. Thus, even for the immunodominant glycan hole shared between BG505 and B41, the prospect of designing prime-boost immunogens remains difficult. A glycan hole is one of the most dominant autologous neutralizing epitopes targeted on BG505 and B41 SOSIP trimer-immunized rabbits. Our high-resolution cryo-electron microscopy (cryoEM) studies of B41 in complex with a B41-specific antibody complex elucidate the molecular basis of this strain-specific glycan hole response. We conclude that even for the immunodominant glycan hole shared between BG505 and B41, the prospect of designing prime-boost immunogens remains difficult. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20642.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-20642-v30.xml emd-20642.xml | 25 KB 25 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20642_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20642.png | 155.1 KB | ||
マスクデータ | emd_20642_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_20642_half_map_1.map.gz emd_20642_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20642 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20642_validation.pdf.gz | 756.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_20642_full_validation.pdf.gz | 756.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20642_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20642_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20642 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_20642_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_20642_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_20642_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 B41 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 13B
全体 | 名称: HIV-1 B41 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 13B |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: HIV-1 B41 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 13B
超分子 | 名称: HIV-1 B41 SOSIP.664 in complex with rabbit antibody 13B タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|---|
分子量 | 理論値: 570 KDa |
-超分子 #2: HIV-1 B41 SOSIP.664
超分子 | 名称: HIV-1 B41 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: B41 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F |
-超分子 #3: rabbit antibody 13B
超分子 | 名称: rabbit antibody 13B / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F |
-分子 #1: SOSIP.664 gp120,SOSIP.664 gp120
分子 | 名称: SOSIP.664 gp120,SOSIP.664 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 58.872902 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAAKKW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDAKAYDTEV HNVWATHACV PTDPNPQEI VLGNVTENFN MWKNNMVEQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCNNV NTNNTNNSTN ATISDWEKME T GEMKNCSF ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAAKKW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDAKAYDTEV HNVWATHACV PTDPNPQEI VLGNVTENFN MWKNNMVEQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCNNV NTNNTNNSTN ATISDWEKME T GEMKNCSF NVTTSIRDKI KKEYALFYKL DVVPLENKNN INNTNITNYR LINCNTSVIT QACPKVSFEP IPIHYCAPAG FA ILKCNSK TFNGSGPCTN VSTVQCTHGI RPVVSTQLLL NGSLAEEEIV IRSENITDNA KTIIVQLNEA VEINCTRPNN NTR KSIHIG PGRAFYATGD IIGNIRQAHC NISKARWNET LGQIVAKLEE QFPNKTIIFN HSSGGDPEIV THSFNCGGEF FYCN TTPLF NSTWNNTRTD DYPTGGEQNI TLQCRIKQII NMWQGVGKAM YAPPIRGQIR CSSNITGLLL TRDGGRDQNG TETFR PGGG NMRDNWRSEL YKYKVVKIEP LGIAPTACKR RVVQRRRRRR |
-分子 #2: SOSIP.664 gp41
分子 | 名称: SOSIP.664 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: B41 |
分子量 | 理論値: 17.357824 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGLGAFILG FLGAAGSTMG AASMALTVQA RLLLSGIVQQ QNNLLRAPEA QQHMLQLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KIICCTNVPW NDSWSNKTIN EIWDNMTWMQ WEKEIDNYTQ HIYTLLEVSQ IQQEKNEQEL LELD |
-分子 #3: rabbit antibody 13B Fragment antigen binding light chain
分子 | 名称: rabbit antibody 13B Fragment antigen binding light chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 11.977202 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQTPAS VSEPVGGTVT INCQASQSRG NNYLSWYQQK PGQSPSLLIY RTSTLASGVP SRFKGSGSGT QFTLTISDLE CADAATYYC LYGYYSSRNP DFAFGGGTEV VVK |
-分子 #4: rabbit antibody 13B Fragment antigen binding heavy chain
分子 | 名称: rabbit antibody 13B Fragment antigen binding heavy chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 12.790192 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: LEESGGGLVQ PEGSLTLTCK ASGFDFSDYH VQWVRQSPGK GLEFIGGIAY TGNIYYASWA KGRFTISKTS STTVTLQMTT LTAADTATY FCARAYGYAS APYAQYFNLW GPGTLVTVSS |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 30 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Detergent was added to sample shortly prior to freezing. | ||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1721 / 平均露光時間: 14.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
---|---|
得られたモデル | PDB-6u59: |