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- EMDB-20499: Cryo-EM Structure of Thermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the A... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20499
タイトルCryo-EM Structure of Thermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the Alga Chlamydomonas reinhardtii in Nanodiscs
マップデータThermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the Alga Chlamydomonas reinhardtii in nanodiscs
試料
  • 複合体: crTRP1 in nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: TRP-like ion channel
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dihexadecanoate
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
TRP-like ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者McGoldrick LL / Singh AK / Sobolevsky AI
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA206573 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of the thermo-sensitive TRP channel TRP1 from the alga Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Luke L McGoldrick / Appu K Singh / Lusine Demirkhanyan / Ting-Yu Lin / Ryan G Casner / Eleonora Zakharian / Alexander I Sobolevsky /
要旨: Algae produce the largest amount of oxygen on earth and are invaluable for human nutrition and biomedicine, as well as for the chemical industry, energy production and agriculture. The mechanisms by ...Algae produce the largest amount of oxygen on earth and are invaluable for human nutrition and biomedicine, as well as for the chemical industry, energy production and agriculture. The mechanisms by which algae can detect and respond to changes in their environments can rely on membrane receptors, including TRP ion channels. Here we present a 3.5-Å resolution cryo-EM structure of the transient receptor potential (TRP) channel crTRP1 from the alga Chlamydomonas reinhardtii that opens in response to increased temperature and is positively regulated by the membrane lipid PIP. The structure of crTRP1 significantly deviates from the structures of other TRP channels and has a unique 2-fold symmetrical rose-shape architecture with elbow domains and ankyrin repeat domains submerged and dipping into the membrane, respectively. Our study provides a structure of a TRP channel from a micro-organism and a structural framework for better understanding algae biology and TRP channel evolution.
履歴
登録2019年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年9月25日-
更新2019年12月4日-
現状2019年12月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0169
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0169
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pw5
  • 表面レベル: 0.0169
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20499.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Thermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the Alga Chlamydomonas reinhardtii in nanodiscs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 200 pix.
= 190. Å		0.95 Å/pix.
x 200 pix.
= 190. Å		0.95 Å/pix.
x 200 pix.
= 190. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0169 / ムービー #1: 0.0169
最小 - 最大-0.09994492 - 0.15298614
平均 (標準偏差)0.0011471657 (±0.0077296174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 190.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.950.950.95
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z190.000190.000190.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1548552
NX/NY/NZ198170217
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1000.1530.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : crTRP1 in nanodiscs

全体名称: crTRP1 in nanodiscs
要素
  • 複合体: crTRP1 in nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: TRP-like ion channel
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dihexadecanoate

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超分子 #1: crTRP1 in nanodiscs

超分子名称: crTRP1 in nanodiscs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: TRP-like ion channel

分子名称: TRP-like ion channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 99.538742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKVAPAPASG QPGGGSKKPS DYGCQLHYKH ARVVEPESTT DDGMKRLKDV GDKGTLITAA ELGLVDKYRD LKRAGQDILT CDWPYHYSS ILYACYGNQY KILQMVEREF VGSTQELTAM HTTRCWVGKN SAMVAAYQGH LETMLYIIDL DMQGKFTEDL F KQRDVMGK ...文字列:
MKVAPAPASG QPGGGSKKPS DYGCQLHYKH ARVVEPESTT DDGMKRLKDV GDKGTLITAA ELGLVDKYRD LKRAGQDILT CDWPYHYSS ILYACYGNQY KILQMVEREF VGSTQELTAM HTTRCWVGKN SAMVAAYQGH LETMLYIIDL DMQGKFTEDL F KQRDVMGK NAMMWAASQG HTDTIEVLLV RSLYRLLPED CADPLVLKTR WKLVSLLADL ASHCRDYDPG CSRSFFQEVL AS IKYDPVE GARQEEAAAA GGGGSAREGA ALHEPTWGVD DGEEEERRHG VKHSDLVGKS AASTTAAAAA GGKTASGKPG EPG GGGAVK LKDVHITVRT LQGVIVSAYR AGMNCMGVIM YCQSLLQQAR YFDDLVAQLT AWEVKLLDTC RNKQEVQAIL APTE DDPSE PVGYALATFD KAFLSHKFVQ QIFTEKWDTM GVTDYTKSLF GVVWGGCSLV VAFAAWATIC PLVVVARSFL SPVQD FMMR GKVIVDSRFP WHVPLYRWLL TQCALITFTV LLSYLVFSFD PSDPVPASVA PLNTFLAVWC AAILVDEVQE YVEEGR AEY MSSGWNVMDV TMALSYILHY ILRIIAVRVT DNLNILLVVN DLLAAAALMA WFRMVSVFEL SSAIGPLIQM MKQMLIK DV TRFALLVLVI LLGFSVGMEA LFQEACIERD PTTNECTKYT SWGYDWQKDG LVGGMTFLQY IALGNANPVD FEQKRVTG V IFYLIFAIVT AILLLNLFIA MLADTYTRVS TQAMVEFRYR KAKLMASYSR RDFVCPPFNL LHLVCAAVGN GLRRLVWGP DGFTPVSMRK NETVPLFSWY FPQGEEMRQV VVLQRRVVDD FLNSNRVALF REKLNAELPN LVHEMLKQKG KGDGGALAGG GAAASTTVL ATAVSVTAAA GH

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分子 #2: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PIO
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

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分子 #3: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #4: (2S)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bi...

分子名称: (2S)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dihexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: PIK
分子量理論値: 970.992 Da
Chemical component information

ChemComp-PIK:
(2S)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dihexadecanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 1 mM BME
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 71.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 255973
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6pw5:
Cryo-EM Structure of Thermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the Alga Chlamydomonas reinhardtii in Nanodiscs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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