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- EMDB-2048: Cryo-EM structure of the UPF-EJC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2048
タイトルCryo-EM structure of the UPF-EJC complex
マップデータCryo-EM reconstruction of the nonsense-mediated mRNA decay (NMD) complex containing proteins UPF1, UPF2, UPF3 and the Exon Junction Complex (EJC).
試料
  • 試料: Complex containing the NMD proteins UPF1, UPF2 and UPF3 bound to the exon junction complex (EJC)
  • タンパク質・ペプチド: Up-frameshift protein 1
  • タンパク質・ペプチド: Up-frameshift protein 2
  • タンパク質・ペプチド: Up-frameshift protein 3b
  • タンパク質・ペプチド: MAGO
  • タンパク質・ペプチド: Y14
  • タンパク質・ペプチド: Btz
  • タンパク質・ペプチド: eIF4AIII
  • RNA: (U)8 RNA
キーワードNMD / EJC / UPF1 / UPF2 / UPF3 / RNA degradation / GraFix
機能・相同性WIBG, Mago-binding / UPF3 domain / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / Btz domain / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Melero R / Buchwald G / Castano R / Raabe M / Gil D / Lazaro M / Urlaub H / Conti E / Llorca O
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: The cryo-EM structure of the UPF-EJC complex shows UPF1 poised toward the RNA 3' end.
著者: Roberto Melero / Gretel Buchwald / Raquel Castaño / Monika Raabe / David Gil / Melisa Lázaro / Henning Urlaub / Elena Conti / Oscar Llorca /
要旨: Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a eukaryotic surveillance pathway that degrades aberrant mRNAs containing premature termination codons (PTCs). NMD is triggered upon the assembly of the UPF ...Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a eukaryotic surveillance pathway that degrades aberrant mRNAs containing premature termination codons (PTCs). NMD is triggered upon the assembly of the UPF surveillance complex near a PTC. In humans, UPF assembly is prompted by the exon junction complex (EJC). We investigated the molecular architecture of the human UPF complex bound to the EJC by cryo-EM and using positional restraints from additional EM, MS and biochemical interaction data. The heptameric assembly is built around UPF2, a scaffold protein with a ring structure that closes around the CH domain of UPF1, keeping the helicase region in an accessible and unwinding-competent state. UPF2 also positions UPF3 to interact with the EJC. The geometry is such that this transient complex poises UPF1 to elicit helicase activity toward the 3' end of the mRNP.
履歴
登録2012年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年4月10日-
マップ公開2012年4月10日-
更新2016年3月30日-
現状2016年3月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 2.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2048.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the nonsense-mediated mRNA decay (NMD) complex containing proteins UPF1, UPF2, UPF3 and the Exon Junction Complex (EJC).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.2 Å/pix.
x 136 pix.
= 299.2 Å		2.2 Å/pix.
x 136 pix.
= 299.2 Å		2.2 Å/pix.
x 136 pix.
= 299.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.4 / ムービー #1: 2.4
最小 - 最大-6.43814659 - 17.813716889999998
平均 (標準偏差)-0.02877257 (±0.96611029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ136136136
Spacing136136136
セルA=B=C: 299.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z136136136
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z299.200299.200299.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS136136136
D min/max/mean-6.43817.814-0.029

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex containing the NMD proteins UPF1, UPF2 and UPF3 bound to ...

全体名称: Complex containing the NMD proteins UPF1, UPF2 and UPF3 bound to the exon junction complex (EJC)
要素
  • 試料: Complex containing the NMD proteins UPF1, UPF2 and UPF3 bound to the exon junction complex (EJC)
  • タンパク質・ペプチド: Up-frameshift protein 1
  • タンパク質・ペプチド: Up-frameshift protein 2
  • タンパク質・ペプチド: Up-frameshift protein 3b
  • タンパク質・ペプチド: MAGO
  • タンパク質・ペプチド: Y14
  • タンパク質・ペプチド: Btz
  • タンパク質・ペプチド: eIF4AIII
  • RNA: (U)8 RNA

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超分子 #1000: Complex containing the NMD proteins UPF1, UPF2 and UPF3 bound to ...

超分子名称: Complex containing the NMD proteins UPF1, UPF2 and UPF3 bound to the exon junction complex (EJC)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hetero-octameric / Number unique components: 8
分子量実験値: 390 KDa / 理論値: 390 KDa

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分子 #1: Up-frameshift protein 1

分子名称: Up-frameshift protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: UPF1 / 詳細: 115-914 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 90 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain

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分子 #2: Up-frameshift protein 2

分子名称: Up-frameshift protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: UPF2 / 詳細: full length / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain

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分子 #3: Up-frameshift protein 3b

分子名称: Up-frameshift protein 3b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: UPF3b / 詳細: full length / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 56 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: UPF3 domain

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分子 #4: MAGO

分子名称: MAGO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: MAGO / 詳細: full length / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 16 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: WIBG, Mago-binding

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分子 #5: Y14

分子名称: Y14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Y14 / 詳細: residues 66-154 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 10 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: WIBG, Mago-binding

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分子 #6: Btz

分子名称: Btz / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: Btz / 詳細: residues 136-286 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 17 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: Btz domain

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分子 #7: eIF4AIII

分子名称: eIF4AIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: eIF4AIII / 詳細: full length / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 45 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列GO: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
InterPro: Btz domain

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分子 #8: (U)8 RNA

分子名称: (U)8 RNA / タイプ: rna / ID: 8 / Name.synonym: RNA / 詳細: Oligo(U) 8nt / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 3 KDa
配列文字列:
UUUUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.175 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM K-phosphate,150 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 20% sucrose, 0.1% glutaraldehyde
グリッド詳細: Quantifoil grids (R2/2) with thin carbon film on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Manual Application (3.5 microliters) Humidifier Off During Process Blot offset: -2 mm Blot Total: 2 Blot Time: 2 s Wait Time: 30 s Drain Time: 1 s

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 83 K / 最高: 100 K / 平均: 91.5 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected calculating the Fourier Transform of the CCD frames. Phase flipping
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV
日付2010年10月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 平均電子線量: 15 e/Å2 / 詳細: 0.22 nm per pixel, final sampling / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 69494 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.112 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric. 626 cryo-holder (Gatan Inc., Warrendale, PA, USA)
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each CCD Frame using BSOFT
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, XMIPP, SPIDER, BSOFT
詳細: Initial reference obtained by random conical tilt of negative-stained images
使用した粒子像数: 85000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1uw4

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2xb2

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2wjv

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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