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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20268 | |||||||||
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タイトル | Chikungunya virus p62/E1 complex | |||||||||
マップデータ | Chikungunya virus p62/E1 complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Pallesen J / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2019 タイトル: Human monoclonal antibodies against chikungunya virus target multiple distinct epitopes in the E1 and E2 glycoproteins. 著者: Jose A Quiroz / Ryan J Malonis / Larissa B Thackray / Courtney A Cohen / Jesper Pallesen / Rohit K Jangra / Rebecca S Brown / Daniel Hofmann / Frederick W Holtsberg / Sergey Shulenin / ...著者: Jose A Quiroz / Ryan J Malonis / Larissa B Thackray / Courtney A Cohen / Jesper Pallesen / Rohit K Jangra / Rebecca S Brown / Daniel Hofmann / Frederick W Holtsberg / Sergey Shulenin / Elisabeth K Nyakatura / Lorellin A Durnell / Vinayak Rayannavar / Johanna P Daily / Andrew B Ward / M Javad Aman / John M Dye / Kartik Chandran / Michael S Diamond / Margaret Kielian / Jonathan R Lai / 要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes persistent arthritis in a subset of human patients. We report the isolation and functional characterization of monoclonal ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes persistent arthritis in a subset of human patients. We report the isolation and functional characterization of monoclonal antibodies (mAbs) from two patients infected with CHIKV in the Dominican Republic. Single B cell sorting yielded a panel of 46 human mAbs of diverse germline lineages that targeted epitopes within the E1 or E2 glycoproteins. MAbs that recognized either E1 or E2 proteins exhibited neutralizing activity. Viral escape mutations localized the binding epitopes for two E1 mAbs to sites within domain I or the linker between domains I and III; and for two E2 mAbs between the β-connector region and the B-domain. Two of the E2-specific mAbs conferred protection in vivo in a stringent lethal challenge mouse model of CHIKV infection, whereas the E1 mAbs did not. These results provide insight into human antibody response to CHIKV and identify candidate mAbs for therapeutic intervention. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20268.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20268-v30.xml emd-20268.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20268_fsc.xml | 4.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20268.png | 41 KB | ||
その他 | emd_20268_half_map_1.map.gz emd_20268_half_map_2.map.gz | 6 MB 6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20268 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20268 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20268_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20268_full_validation.pdf.gz | 77.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20268_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20268 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20268 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20268.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Chikungunya virus p62/E1 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.58 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Chikungunya virus p62/E1 complex, half map 1
ファイル | emd_20268_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Chikungunya virus p62/E1 complex, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Chikungunya virus p62/E1 complex, half map 2
ファイル | emd_20268_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Chikungunya virus p62/E1 complex, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Chikungunya virus p62/E1 complex
全体 | 名称: Chikungunya virus p62/E1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Chikungunya virus p62/E1 complex
超分子 | 名称: Chikungunya virus p62/E1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 85 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate |
グリッド | 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 62000 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |