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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20238 | |||||||||
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タイトル | Dimeric structure of ACAT1 | |||||||||
マップデータ | Dimeric structure of ACAT1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | MBOAT / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux ...sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux / macrophage derived foam cell differentiation / cholesterol binding / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan N / Qian HW | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structural basis for catalysis and substrate specificity of human ACAT1. 著者: Hongwu Qian / Xin Zhao / Renhong Yan / Xia Yao / Shuai Gao / Xue Sun / Ximing Du / Hongyuan Yang / Catherine C L Wong / Nieng Yan / 要旨: As members of the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) enzyme family, acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferases (ACATs) catalyse the transfer of an acyl group from acyl-coenzyme A to ...As members of the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) enzyme family, acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferases (ACATs) catalyse the transfer of an acyl group from acyl-coenzyme A to cholesterol to generate cholesteryl ester, the primary form in which cholesterol is stored in cells and transported in plasma. ACATs have gained attention as potential drug targets for the treatment of diseases such as atherosclerosis, Alzheimer's disease and cancer. Here we present the cryo-electron microscopy structure of human ACAT1 as a dimer of dimers. Each protomer consists of nine transmembrane segments, which enclose a cytosolic tunnel and a transmembrane tunnel that converge at the predicted catalytic site. Evidence from structure-guided mutational analyses suggests that acyl-coenzyme A enters the active site through the cytosolic tunnel, whereas cholesterol may enter from the side through the transmembrane tunnel. This structural and biochemical characterization helps to rationalize the preference of ACAT1 for unsaturated acyl chains, and provides insight into the catalytic mechanism of enzymes within the MBOAT family. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20238.map.gz | 77.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20238-v30.xml emd-20238.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20238.png | 134.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20238.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20238 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20238 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20238_validation.pdf.gz | 496.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20238_full_validation.pdf.gz | 495.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20238_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20238_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20238 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20238 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20238.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Dimeric structure of ACAT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.114 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ACAT1
全体 | 名称: ACAT1 |
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要素 |
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-超分子 #1: ACAT1
超分子 | 名称: ACAT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sterol O-acyltransferase 1
分子 | 名称: Sterol O-acyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sterol O-acyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 69.745375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMVGEEKMSL RNRLSKSREN PEEDEDQRNP AKESLETPSN GRIDIKQLIA KKIKLTAEAE ELKPFFMKE VGSHFDDFVT NLIEKSASLD NGGCALTTFS VLEGEKNNHR AKDLRAPPEQ GKIFIARRSL LDELLEVDHI R TIYHMFIA ...文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMVGEEKMSL RNRLSKSREN PEEDEDQRNP AKESLETPSN GRIDIKQLIA KKIKLTAEAE ELKPFFMKE VGSHFDDFVT NLIEKSASLD NGGCALTTFS VLEGEKNNHR AKDLRAPPEQ GKIFIARRSL LDELLEVDHI R TIYHMFIA LLILFILSTL VVDYIDEGRL VLEFSLLSYA FGKFPTVVWT WWIMFLSTFS VPYFLFQHWA TGYSKSSHPL IR SLFHGFL FMIFQIGVLG FGPTYVVLAY TLPPASRFII IFEQIRFVMK AHSFVRENVP RVLNSAKEKS STVPIPTVNQ YLY FLFAPT LIYRDSYPRN PTVRWGYVAM KFAQVFGCFF YVYYIFERLC APLFRNIKQE PFSARVLVLC VFNSILPGVL ILFL TFFAF LHCWLNAFAE MLRFGDRMFY KDWWNSTSYS NYYRTWNVVV HDWLYYYAYK DFLWFFSKRF KSAAMLAVFA VSAVV HEYA LAVCLSFFYP VLFVLFMFFG MAFNFIVNDS RKKPIWNVLM WTSLFLGNGV LLCFYSQEWY ARQHCPLKNP TFLDYV RPR SWTCRYVFLE GSDEVDAVEG SHHHHHHHHH H UniProtKB: Sterol O-acyltransferase 1 |
-分子 #2: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydrox...
分子 | 名称: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza- ...名称: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 3VV |
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分子量 | 理論値: 1.03198 KDa |
Chemical component information | ChemComp-3VV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 358264 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |