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- EMDB-20205: Asymmetric focused reconstruction of human norovirus GI.1 Norwalk... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20205
タイトルAsymmetric focused reconstruction of human norovirus GI.1 Norwalk strain VLP asymmetric unit in T=3 symmetry
マップデータAsymmetric focused reconstruction of human norovirus GI.1 Norwalk strain VLP asymmetric unit in T=3 symmetry
試料
  • ウイルス: Norovirus Hu/1968/US (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
  • リガンド: water
キーワードCaliciviridae / Norovirus / GI.1 / Norwalk / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968) (ウイルス) / Norovirus Hu/1968/US (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jung J / Grant T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: High-resolution cryo-EM structures of outbreak strain human norovirus shells reveal size variations.
著者: James Jung / Timothy Grant / Dennis R Thomas / Chris W Diehnelt / Nikolaus Grigorieff / Leemor Joshua-Tor /
要旨: Noroviruses are a leading cause of foodborne illnesses worldwide. Although GII.4 strains have been responsible for most norovirus outbreaks, the assembled virus shell structures have been available ...Noroviruses are a leading cause of foodborne illnesses worldwide. Although GII.4 strains have been responsible for most norovirus outbreaks, the assembled virus shell structures have been available in detail for only a single strain (GI.1). We present high-resolution (2.6- to 4.1-Å) cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of GII.4, GII.2, GI.7, and GI.1 human norovirus outbreak strain virus-like particles (VLPs). Although norovirus VLPs have been thought to exist in a single-sized assembly, our structures reveal polymorphism between and within genogroups, with small, medium, and large particle sizes observed. Using asymmetric reconstruction, we were able to resolve a Zn metal ion adjacent to the coreceptor binding site, which affected the structural stability of the shell. Our structures serve as valuable templates for facilitating vaccine formulations.
履歴
登録2019年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月29日-
マップ公開2019年6月26日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6out
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20205.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20205.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asymmetric focused reconstruction of human norovirus GI.1 Norwalk strain VLP asymmetric unit in T=3 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 104 pix.
= 111.28 Å		1.07 Å/pix.
x 112 pix.
= 119.84 Å		1.07 Å/pix.
x 98 pix.
= 104.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.45164528 - 0.71380645
平均 (標準偏差)0.004923987 (±0.059667923)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ11298104
Spacing98112104
セルA: 104.86001 Å / B: 119.840004 Å / C: 111.28001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z98112104
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z104.860119.840111.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ304304304
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS98112104
D min/max/mean-0.4520.7140.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Norovirus Hu/1968/US

全体名称: Norovirus Hu/1968/US (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Norovirus Hu/1968/US (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
  • リガンド: water

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超分子 #1: Norovirus Hu/1968/US

超分子名称: Norovirus Hu/1968/US / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 524364 / 生物種: Norovirus Hu/1968/US / Sci species strain: GI.1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.19 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP1 / 直径: 410.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968) (ウイルス)
株: GI/Human/United States/Norwalk/1968
分子量理論値: 56.629828 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MMMASKDATS SVDGASGAGQ LVPEVNASDP LAMDPVAGSS TAVATAGQVN PIDPWIINNF VQAPQGEFTI SPNNTPGDVL FDLSLGPHL NPFLLHLSQM YNGWVGNMRV RIMLAGNAFT AGKIIVSCIP PGFGSHNLTI AQATLFPHVI ADVRTLDPIE V PLEDVRNV ...文字列:
MMMASKDATS SVDGASGAGQ LVPEVNASDP LAMDPVAGSS TAVATAGQVN PIDPWIINNF VQAPQGEFTI SPNNTPGDVL FDLSLGPHL NPFLLHLSQM YNGWVGNMRV RIMLAGNAFT AGKIIVSCIP PGFGSHNLTI AQATLFPHVI ADVRTLDPIE V PLEDVRNV LFHNNDRNQQ TMRLVCMLYT PLRTGGGTGD SFVVAGRVMT CPSPDFNFLF LVPPTVEQKT RPFTLPNLPL SS LSNSRAP LPISSMGISP DNVQSVQFQN GRCTLDGRLV GTTPVSLSHV AKIRGTSNGT VINLTELDGT PFHPFEGPAP IGF PDLGGC DWHINMTQFG HSSQTQYDVD TTPDTFVPHL GSIQANGIGS GNYVGVLSWI SPPSHPSGSQ VDLWKIPNYG SSIT EATHL APSVYPPGFG EVLVFFMSKM PGPGAYNLPC LLPQEYISHL ASEQAPTVGE AALLHYVDPD TGRNLGEFKA YPDGF LTCV PNGASSGPQQ LPINGVFVFV SWVSRFYQLK PVGTASSARG RLGLRR

UniProtKB: Capsid protein VP1

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 226 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 5.75
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 1820 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 78.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 38535
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab inito
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
詳細: Symmetry expansion and signal subtraction of the icosahedral asymmetric units from the whole particle images, followed by asymmetric focused reconstruction towards the apex of the spike domain
使用した粒子像数: 293580
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1ihm

chain_id: A, residue_range: 29-520, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1ihm

chain_id: B, residue_range: 10-520, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1ihm

chain_id: C, residue_range: 29-520, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6out:
Asymmetric focused reconstruction of human norovirus GI.1 Norwalk strain VLP asymmetric unit in T=3 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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